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gmx-nmeig - 将 Hessian 对角化以进行正常模式分析

概要

gmx nmeig [-f [<.mtx>][-s [<.tpr>][-的 [<.xvg>][醇 [<.xvg>]]
[-骨 [<.xvg>][-质量控制 [<.xvg>][-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-xvg [-[没有]米[-第一 [-最后的 ]
[-最大规格 [-T [-[否]constr[-宽度 ]

商品描述

GMX 纳米格 计算（Hessian）矩阵的特征向量/值，可以是
计算方式 GMX 运行. 特征向量被写入轨迹文件（-v）。 该
结构首先写入 t=0。 特征向量被写成框架
特征向量数作为时间戳。 特征向量可以分析为 GMX 分析。 一个
可以从特征向量生成结构的集合 GMX 纳米. 当质量
使用加权，生成的特征向量将被缩放回普通笛卡尔
生成输出之前的坐标。 在这种情况下，它们将不再完全是
在标准笛卡尔范数中正交，但在质量加权范数中它们将是正交的。

该程序可以选择性地用于计算对热容和
通过提供额外的文件参数来计算焓 -qcorr. 参见 GROMACS 手册，第 1 章，
详情。 结果包括减去给定的谐波自由度
温度。 总校正值打印在终端屏幕上。 推荐的方式
得到更正的是：

GMX 纳米格 -s 拓扑文件 -f 纳米.mtx -第一 7 -最后的 10000 -T 300 -质量控制 [-构造]

这款 -构造 在模拟过程中使用键约束时应使用选项
所有 此 共价 债券. 如果不是这种情况，您需要分析
量化修正.xvg 自己存档。

为了使事情更加灵活，该程序还可以在以下情况下考虑虚拟站点
计算量子修正。 选择时 -构造 和 -质量控制， -开始 和 末端 选项
也会自动设置。 再次，如果你认为你更了解它，请检查
此 特征频率.xvg 输出。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.mtx>] (hessian.mtx)
黑森矩阵

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

指定输出文件的选项：

-的 [<.xvg>] （特征频率.xvg）
xvgr/xmgr 文件

醇 [<.xvg>] （特征值.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-骨 [<.xvg>] （频谱.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-质量控制 [<.xvg>] （quant_corr.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-v [<.trr/.cpt/...>] （特征向量.trr）
全精度轨迹： TRR CPT TNG

其他选项：

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-[没有]米 （是）
通过乘积划分 Hessian 的元素 开方（质量）涉及的原子之前
对角化。 这应该用于“正常模式”分析

-第一 (1)
要写掉的第一个特征向量

-最后的 (50)
要写掉的最后一个特征向量

-最大规格 (4000)
频谱中要考虑的最高频率 (1/cm)

-T (298.15)
使用正常模式时计算量子热容和焓的温度
修正经典模拟的计算

-[否]constr （否）
如果在仿真中使用了约束，但在正常模式分析中没有使用约束
（这是推荐的方法）您需要设置它以进行计算
量子修正。

-宽度 (1)
生成光谱时高斯峰 (1/cm) 的宽度 (sigma)

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-nmeig