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gmx-rms - 使用参考结构和 RMSD 矩阵计算 RMSD

概要

gmx 有效值 [-s [<.tpr/.gro/...>][-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>][-n [<.ndx>][-o [<.xvg>]]
[-mir [<.xvg>][-a [<.xvg>][-距离 [<.xvg>][-m [<.xpm>]]
[-垃圾桶 [<.dat>][-bm [<.xpm>][-b [-e ]
[-dt [tu [-[现在[-xvg ]
[-什么 [-[不] PB[-合身 [-上一个 ]
[-[不]拆分[-跳过 [-跳过2 [-最大限度 ]
[-分钟 [-bmax [-bmin [-[没有]MW]
[-n级别 [-ng ]

商品描述

GMX 有效值 通过计算均方根偏差 (RMSD) 比较两个结构，
与大小无关的 rho 相似性参数（RHO) 或缩放的 rho (罗氏)，见马约罗夫 &
Crippen, 蛋白质 22, 273 (1995)。 这是由 -什么.

来自轨迹的每个结构（-f) 与参考结构进行比较。 参考资料
结构取自结构文件（-s).

使用选项 -mir 也与参考结构的镜像进行比较
计算。 这可用作“重要”值的参考，请参阅 Maiorov &
Crippen, 蛋白质 22，273（1995）。

附加选项 -上一个 产生与前一帧指定帧数的比较
前。

附加选项 -m 产生一个矩阵 .xpm 中每个结构的比较值的格式
相对于彼此结构的轨迹。 这个文件可以用for可视化
例 xv 并且可以转换为 postscript GMX xpm2ps.

附加选项 -合身 控制结构在彼此之上的最小二乘拟合：
完全拟合（旋转和平移）、仅平移或根本不拟合。

附加选项 -兆瓦 控制是否进行质量加权。 如果您选择该选项
（默认）并提供有效的 .tpr 文件质量将从那里获取，否则
群众将从 原子质量数据 文件 GMX库. 这对蛋白质很好，
但不一定适用于其他分子。 指定的默认质量为 12.011 amu（碳）
到未知原子。 您可以通过打开 -调试 标志和
检查日志文件。

通过 -f2，“其他结构”取自第二条轨迹，这会生成一个
一个轨迹与另一个轨迹的比较矩阵。

附加选项 -垃圾桶 对比较矩阵进行二进制转储。

附加选项 -bm 产生一个平均键角偏差矩阵，类似于 -m
选项。 仅考虑比较组中原子之间的键。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr/.gro/...>] （白杨.tpr）
结构+质量（db）： 时间 伟大 g96 资料库 断断续续

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) （可选）
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-n [<.ndx>] （索引.ndx） （可选）
索引文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr/xmgr 文件

-mir [<.xvg>] （rmsdmir.xvg） （可选）
xvgr/xmgr 文件

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-距离 [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

-垃圾桶 [<.dat>] (rmsd.dat) （可选）
通用数据文件

-bm [<.xpm>] (债券.xpm) （可选）
X PixMap 兼容矩阵文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

tu （PS）
时间值单位：fs、ps、ns、us、ms、s

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-什么 (有效值)
结构差异度量：rmsd、rho、rhosc

-[不] PB （是）
中国人民银行支票

-合身 （旋转+反式）
适合参考结构：rot+trans，translation，none

-上一个 (0)
与前一帧比较

-[不]拆分 （否）
时间为零的分割图

-跳过 (1)
只将每个第 nr 帧写入矩阵

-跳过2 (1)
只将每个第 nr 帧写入矩阵

-最大限度 （-1）
比较矩阵中的最高水平

-分钟 （-1）
比较矩阵中的最低水平

-bmax （-1）
键角矩阵中的最大水平

-bmin （-1）
键角矩阵中的最小水平

-[没有]MW （是）
使用质量加权进行叠加

-n级别 (80)
矩阵中的级别数

-ng (1)
计算 RMS 之间的组数

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