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gmx-x2top - 从坐标生成原始拓扑

概要

gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>][-o [<.top>][-r [<.rtp>]]
[-ff [-[没有]v[-下一个 [-[无]H14]
[-[不]alldih[-[不]remdih[-[没有]对[-芋头 ]
[-[不] PB[-[没有]pdbq[-[无]参数[-[没有]回合]
[-kb [-kt [-kp ]

商品描述

GMX x2顶 从坐标文件生成基本拓扑。 该计划假设所有
当根据原子名称和数量定义杂化时存在氢
债券。 该程序还可以使 .rtp文件 条目，然后您可以将其添加到 .rtp文件
数据库。

什么时候 -参数 设置后，将打印平衡距离和角度以及力常数
在所有交互的拓扑中。 平衡距离和角度取自
输入坐标，力常数是用命令行选项设置的。 力量
目前有些支持的字段是：

G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield（官方配发）

oplsaa OPLS-AA/L 全原子力场（2001 氨基酸二面体）

对应的数据文件在library目录下可以找到名字
原子名2type.n2t. 有关文件格式的更多信息，请查看手册的第 5 章。
默认情况下，力场选择是交互式的，但您可以使用 -ff 选项
改为在命令行上指定上面的短名称之一。 在这种情况下 GMX x2顶
只是寻找相应的文件。

配置

指定输入文件的选项：

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

指定输出文件的选项：

-o [<.top>] （顶部） （可选）
拓扑文件

-r [<.rtp>] （输出.rtp） （可选）
pdb2gmx 使用的残留类型文件

其他选项：

-ff (oplsa)
模拟的力场。 键入“选择”进行交互式选择。

-[没有]v （否）
在顶级文件中生成详细输出。

-下一个 (3)
排除次数

-[无]H14 （是）
对氢原子使用第三邻域相互作用

-[不]alldih （否）
生成所有合适的二面角

-[不]remdih （否）
删除与不适当的键相同的二面角

-[没有]对 （是）
在拓扑文件中输出 1-4 个交互（对）

-芋头 （冰）
你的分子名称

-[不] PB （是）
使用周期性边界条件。

-[没有]pdbq （否）
使用提供的 B 因子 .pdb 原子电荷文件

-[无]参数 （是）
在输出中打印参数

-[没有]回合 （是）
四舍五入测量值

-kb (400000)
键合力常数 (kJ/mol/nm^2)

-kt (400)
角力常数 (kJ/mol/rad^2)

-kp (5)
二面角力常数 (kJ/mol/rad^2)

知 问题

· 原子类型选择是原始的。 几乎不使用化学知识

· 周期性边界条件搞砸了键合

· 不会产生不当的二面角

· 原子到原子类型的转换表不完整（原子名2type.n2t 文件中
数据目录）。 请扩展它并将结果发送回 GROMACS 工作人员。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-x2top