gmx-x2top - 云端在线

这是 gmx-x2top 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


gmx-x2top - 从坐标生成原始拓扑

概要


gmx x2top [-f [<.gro/.g96/...>][-o [<.top>][-r [<.rtp>]]
[-ff [-[没有]v[-下一个 [-[无]H14]
[-[不]alldih[-[不]remdih[-[没有]对[-芋头 ]
[-[不] PB[-[没有]pdbq[-[无]参数[-[没有]回合]
[-kb [-kt [-kp ]

商品描述


GMX x2顶 从坐标文件生成基本拓扑。 该计划假设所有
当根据原子名称和数量定义杂化时存在氢
债券。 该程序还可以使 .rtp文件 条目,然后您可以将其添加到 .rtp文件
数据库。

什么时候 -参数 设置后,将打印平衡距离和角度以及力常数
在所有交互的拓扑中。 平衡距离和角度取自
输入坐标,力常数是用命令行选项设置的。 力量
目前有些支持的字段是:

G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield(官方配发)

oplsaa OPLS-AA/L 全原子力场(2001 氨基酸二面体)

对应的数据文件在library目录下可以找到名字
原子名2type.n2t. 有关文件格式的更多信息,请查看手册的第 5 章。
默认情况下,力场选择是交互式的,但您可以使用 -ff 选项
改为在命令行上指定上面的短名称之一。 在这种情况下 GMX x2顶
只是寻找相应的文件。

配置


指定输入文件的选项:

-f [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
结构文件: 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

指定输出文件的选项:

-o [<.top>] (顶部) (可选)
拓扑文件

-r [<.rtp>] (输出.rtp) (可选)
pdb2gmx 使用的残留类型文件

其他选项:

-ff (oplsa)
模拟的力场。 键入“选择”进行交互式选择。

-[没有]v (否)
在顶级文件中生成详细输出。

-下一个 (3)
排除次数

-[无]H14 (是)
对氢原子使用第三邻域相互作用

-[不]alldih (否)
生成所有合适的二面角

-[不]remdih (否)
删除与不适当的键相同的二面角

-[没有]对 (是)
在拓扑文件中输出 1-4 个交互(对)

-芋头 (冰)
你的分子名称

-[不] PB (是)
使用周期性边界条件。

-[没有]pdbq (否)
使用提供的 B 因子 .pdb 原子电荷文件

-[无]参数 (是)
在输出中打印参数

-[没有]回合 (是)
四舍五入测量值

-kb (400000)
键合力常数 (kJ/mol/nm^2)

-kt (400)
角力常数 (kJ/mol/rad^2)

-kp (5)
二面角力常数 (kJ/mol/rad^2)

问题


· 原子类型选择是原始的。 几乎不使用化学知识

· 周期性边界条件搞砸了键合

· 不会产生不当的二面角

· 原子到原子类型的转换表不完整(原子名2type.n2t 文件中
数据目录)。 请扩展它并将结果发送回 GROMACS 工作人员。

使用 onworks.net 服务在线使用 gmx-x2top



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