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gt-gff3 - 解析、可能转换和输出 GFF3 文件。

概要

gt gff3 [选项...] [GFF3_file ...]

商品描述

-种类 [是|否]
对 GFF3 特征进行排序（内存消耗与输入文件大小成正比）
（默认：否）

-排序线 [是|否]
在严格的行基础上对 GFF3 特征进行排序（未按 GenomeTools 的定义排序）
（默认：否）

-排序号 [是|否]
为序列区域启用自然数字排序（未按定义排序
GenomeTools)（默认值：否）

-整齐的 [是|否]
尝试在解析过程中整理 GFF3 文件（默认：否）

-保留剂 [是|否]
如果可用，请使用源文件中提供的原始 ID（内存消耗
与输入文件大小成正比）（默认值：否）

-checkids [是|否]
根据需要确保 ID 属性在每个 GFF3_file 的范围内是唯一的
根据 GFF3 规范（内存消耗与输入文件大小成正比）。
如果具有相同 Parent 属性的要素没有被 # 线 GFF3
解析器尝试将它们视为多行功能。 这至少需要匹配
序列 ID 和类型。 （默认：否）

-阿迪达斯 [是|否]
自动添加缺少的“##sequence-region”行（默认值：是）

-修复区域边界 [是|否]
自动调整“##sequence-region”行以包含它们的所有特征（内存
消耗与输入文件大小成正比（默认值：否）

-插件 [是|否]
在现有外显子特征之间添加内含子特征（默认：否）

-抵消 [折扣值]
通过给定的偏移量转换所有特征

-偏移文件 [文件名]
通过文件中给定的偏移量转换所有特征（默认值：未定义）

-设置源 [绳子]
设置 资源 每个特征的值（第二列）（默认值：未定义）

-类型检查 [绳子]
使用 OBO 文件中给出的本体来验证父子关系。 如果不
给出参数，则使用 gtdata/obo_files 目录中的 SOFA.obo 文件。 如果
给出一个参数，它用作 OBO 文件名。 在这样的文件的情况下
不存在 .奥博 被添加到参数并从
gtdata/obo_files 目录被尝试。 （默认：未定义）

-xrf检查 [绳子]
根据 a 检查 Dbxref 和 Ontology_term 属性的正确语法
缩写定义文件。 如果没有给出参数，GO.xrf_abbs 文件来自
使用 gtdata/xrf_abbr 目录。 如果给出参数，则将其用作特定的
缩写文件的文件名。 在这样的文件不存在的情况下，
.xrf_abbr 被添加到参数并从
gtdata/xrf_abbr 目录被尝试。 （默认：未定义）

-表演 [是|否]
显示 GFF3 输出（默认：是）

-v [是|否]
详细（默认：否）

-宽度 [折扣值]
设置 FASTA 序列打印的输出宽度（0 禁用格式化）（默认值：0）

-o [文件名]
将输出重定向到指定文件（默认值：未定义）

-gzip [是|否]
写入 gzip 压缩输出文件（默认：无）

-bzip2 [是|否]
写入 bzip2 压缩输出文件（默认：无）

-力 [是|否]
强制写入输出文件（默认值：否）

-救命
显示帮助并退出

-版
显示版本信息并退出

选项的文件格式 -偏移文件:

提供给选项的文件 -偏移文件 定义了一个名为“offsets”的映射表。 它映射
GFF3_file 中给出的序列区域条目偏移量。 它可以定义为
如下：

偏移量 = {
字符 1 = 1000，
字符 2 = 500
}

使用此示例时，所有带有 seqid “chr1”的特征都将偏移 1000 并且所有
带有 seqid “chr2” 500 的特征。

If -偏移文件 使用，包含在给定 GFF3 文件中的所有序列区域的偏移量
必须定义。

REPORTING BUGS

将错误报告给[电子邮件保护]>.

使用 onworks.net 服务在线使用 gt-gff3