这是 gt-tirvish 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
gt-tirvish - 识别末端反向重复 (TIR) 元件，例如 DNA 转座子。
概要
gt 愚蠢的 [选项...] -index INDEXNAME
商品描述
-指数 [绳子]
指定增强后缀数组索引的名称（强制）（默认值：未定义）
-种子 [折扣值]
指定精确重复的最小种子长度（默认值：20）
-薄荷糖 [折扣值]
指定每个 TIR 的最小长度（默认值：100）
-maxtirlen [折扣值]
指定每个 TIR 的最大长度（默认值：1000）
-薄荷派 [折扣值]
指定 TIR 的最小距离（默认值：500）
-maxtirdist [折扣值]
指定 TIR 的最大距离（默认值：10000）
-垫 [折扣值]
为扩展对齐指定匹配分数（默认值：2）
-错误 [折扣值]
为扩展对齐指定 mismatchscore（默认值：-2）
-ins [折扣值]
指定扩展对齐的插入分数（默认值：-3）
-的 [折扣值]
为扩展对齐指定删除分数（默认值：-3）
-xdrop [折扣值]
为扩展对齐指定 xdropbelowscore（默认值：5）
-类似 [折扣值]
在 [1..100%] 范围内指定 TIR 相似性阈值（默认值：85.000000）
-重叠 [...]
指定 no|best|longest|all（默认值：best）
-mintsd [折扣值]
指定每个 TSD 的最小长度（默认值：2）
-maxtsd [折扣值]
指定每个 TSD 的最大长度（默认值：11）
-维克 [折扣值]
指定将被搜索的核苷酸数量（向左和向右）
对于预测 TIR 的 5' 和 3' 边界附近的 TSD（默认值：60）
-嗯
在 HMMER3 中配置用于域检测的 HMM 模型（以空格分隔，以 -- 结尾）
格式 省略此选项可禁用 pHMM 搜索。
-pdomevalcutoff [折扣值]
pHMM 搜索的全局 E 值截止默认值 1E-6
-pdom截止 [...]
特定于模型的分数截止选择 TC（可信截止）| GA（收集截止）|
NONE（无截止）（默认：GA）
-maxgaplen [折扣值]
当链接 pHMM 命中时，片段之间的最大允许间隙大小（以氨基酸为单位）
对于蛋白质域（默认值：50）
-refseqs [绳子]
指定要扫描内部候选的基因序列的名称（默认：
不明确的）
-seqids [是|否]
在 GFF3 输出中使用序列描述而不是序列号（默认：是）
-MD5 [是|否]
将 MD5 哈希添加到 GFF3 输出中的 seqid（默认值：否）
-救命
显示基本选项的帮助并退出
-帮助+
显示所有选项的帮助并退出
-版
显示版本信息并退出
REPORTING BUGS
将错误报告给[电子邮件保护]>.
使用 onworks.net 服务在线使用 gt-tirvish
