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hhblits - 迭代搜索 HMM 数据库的快速同源性检测方法

概要

哈布利茨 -i 询问 [选项]

商品描述

HHblits 2.0.16 版（2013 年 XNUMX 月）：基于 HMM-HMM 的闪电般快速迭代序列
search HHblits 是一个敏感的、通用的、迭代的序列搜索工具
表示 HMM 的查询和数据库序列。 您可以搜索 HHblits 数据库
从单个查询序列、多序列比对 (MSA) 或 HMM 开始。
HHblits 打印出数据库 HMM/MSA 的排序列表，也可以通过以下方式生成 MSA
将重要的数据库 HMM/MSA 合并到查询 MSA 上。

Remmert M.、Biegert A.、Hauser A. 和 Soding J. HHblits：闪电般的迭代
通过 HMM-HMM 比对进行蛋白质序列搜索。 纳特。 方法 9:173-175 (2011) (C)
约翰内斯·苏丁、迈克尔·雷默特、安德烈亚斯·比格特、安德烈亚斯·豪瑟

-i
输入/查询：a3m、a2m 或 aXNUMXm 中的单序列或多序列比对 (MSA)
FASTA 格式，或 hhm 格式的 HMM

可能是“标准输入”或“标准输出”。

配置

-d
数据库名称（例如 uniprot20_29Feb2012）（默认值=）

-n [1,8] 迭代次数（默认值 = 2）

-e [0,1] 包含在结果对齐中的 E 值截止值 (def=0.001)

输入 对准 格式：
-M a2m 使用 A2M/A3M（默认）：大写 = 匹配； 小写 = 插入；

'-' = 删除； '.' = 与插入物对齐的间隙（可以省略）

-M 第一
使用 FASTA：第一个序列中有残基的列是匹配状态

-M [0,100]
使用 FASTA：间隔小于 X% 的列是匹配状态

输出 opţiuni:
-o
将结果以标准格式写入文件（默认= )

-oa3m
以 a3m 格式写入具有重要匹配的结果 MSA

-ops
以 PSI-BLAST 格式写入重要匹配的结果 MSA

- 欧姆
为重要匹配的结果 MSA 编写 HHM 文件

-奥利斯
每次迭代后以 A3M 格式编写 MSA

-ofas
以 FASTA 格式编写重要匹配的成对对齐方式
以 a3m 和 a2m 格式输出（例如 -Oa3m)

-qhhm
写入上次迭代的查询输入 HHM 文件（默认值=关闭）

-seq
最大限度。 显示的查询/模板序列的数量（默认值 = 1）

-阿里夫
对齐列表中每行的列数（默认值 = 80）

-p [0,100]
摘要和对齐列表中的最小概率（默认值 = 20）

-E [0,信息[
摘要和对齐列表中的最大 E 值（默认值 = 1E+06）

-Z
汇总命中列表中的最大行数（默认值 = 500）

-z
摘要命中列表中的最小行数（默认值 = 10）

-B
对齐列表中的最大对齐数（默认值 = 500）

-b
对齐列表中的最小对齐数（默认值 = 10）

预过滤器选项

-noprefilt
禁用所有过滤步骤

-无添加过滤器
禁用所有过滤步骤（快速预过滤除外）

-nodb过滤器
禁用预过滤 HMM 的额外过滤

-无块过滤器 在维特比中搜索完整矩阵

-最大过滤
允许通过第二个预过滤器的最大命中数（默认值 = 2）

应用于查询 MSA、数据库 MSA 和结果 MSA 的过滤器选项

-all 显示结果 MSA 中的所有序列； 不过滤结果 MSA

-ID [0,100] 最大成对序列同一性 (def=90)

-差异 [0,信息[
通过选择最多样化的序列集来过滤 MSA，至少保留这么多
每个长度为 50 的 MSA 块中的 seqs (def=1000)

-冠状病毒 [0,100] 主序列的最小覆盖率 (%) (def=0)

-qid [0,100] 与主序列的最小序列同一性 (%) (def=0)

-qsc [0,100] 具有主序列的每列最小分数（默认值 =-20.0）

-内夫 [1，无限]
多序列比对的目标多样性（默认=关闭）

嗯-嗯 对准 opţiuni:
-不重新对齐
不要使用 MAC 算法重新对齐显示的命中 (def=realign)

-麦克 [0,1][
MAC 重新对齐的后验概率阈值 (def=0.350) 参数控制
对齐贪婪：0：全局 > 0.1：局部

-glob/-loc
使用全局/局部对齐模式进行搜索/排名（def=local）

-realign_max
重新调整最大命中（默认值 = 1000）

-替代
显示出这么多重要的替代对齐方式（def = 2）

-预合并 合并在对齐剩余命中之前查询 MSA 的命中 (def=3)

-转移 [-1,1]
profile-profile 得分偏移量 (def=-0.03)

-ssm {0,...,4}
0：无 ss 评分 1,2：对齐后或对齐期间的 ss 评分 [默认 = 2] 3,4：ss
比对后或比对期间评分，预测与预测

-ssw [0,1]
ss 得分权重 (def=0.11)

间隙 成本 opţiuni:
-缺口 [0,信息[
过渡伪计数混合物 (def=1.00)

-差距 [0,信息[
开放间隙的过渡伪计数混合物（默认值 = 0.15）

-目瞪口呆 [0,1.5]
用于扩展间隙的过渡伪计数混合物 (def=1.00)

-间隙 ]0,无限]
增加/减少删除间隙开放惩罚的因素（def = 0.60）

-间隙 ]0,无限]
增加/减少插入物的间隙开放惩罚的因素（def = 0.60）

-缺口 ]0,无限]
增加/减少差距扩大惩罚的因素删除（def = 0.60）

-gapi ]0,无限]
增加/减少插入物的间隙扩展惩罚的因素（def = 0.60）

-egq [0,inf[ 与查询残基对齐的末端间隙的惩罚（位）（def = 0.00）

-egt [0,inf[ 与模板残基对齐的末端间隙的惩罚（位）（def = 0.00）

伪计数 （件） opţiuni:
-PCM {0,...,2}
pc 混合物 'tau' 的位置依赖性（pc 模式，默认值 = 2） 0：无伪计数：
tau = 0 1：常数 tau = a 2：多样性依赖：tau = a/(1 +
((Neff[i]-1)/b)^c)（Neff[i]：第 i 列周围本地 MSA 中的有效序列数）

-PCA [0,1] 整体伪计数混合物 (def=1.0)

-PCB [1,inf[ Neff 阈值对于 -PCM 2 (定义=1.5)

-PCC [0,3] 消光指数 c 为 -PCM 2 (定义=1.0)

-pre_pca [0,1]
PREFILTER 伪计数混合物 (def=0.8)

-pre_pcb [1,inf[ Neff 的 PREFILTER 阈值 (def=1.8)

特定于上下文 伪计数：
-nocontxt
使用替换矩阵而不是上下文特定的伪计数

-上下文 用于计算特定于上下文的伪计数的上下文文件
(默认=./data/context_data.lib)

-cslib
用于快速数据库预过滤的列状态文件（默认值=./data/cs219.lib）

预测二级结构

-地址 添加用 PSIPRED 预测的二元结构以产生 MSA

-psipred 包含 PSIPRED 可执行文件的目录（默认=）

-psipred_数据
包含 PSIPRED 数据的目录（默认=）

其他 opţiuni:
-v
详细模式：0：无屏幕输出 1：仅警告 2：详细（def=2）

-内夫最大 ]1,20] 当查询 MSA 的多样性 Neff 时跳过进一步的搜索迭代

变得大于 neffmax（默认值 = 10.0）

-中央处理器
要使用的 CPU 数量（用于共享内存 SMP）（默认值 = 2）

-分数 将所有成对比较的分数写入文件

-阿塔布 将表格布局中的所有对齐方式写入文件

-最大分辨率
最大 HMM 列数 (def=15002)

-最大内存 [1,inf[ 最大可用内存 GB (def=3.0)

示例

hhblits -i 查询.fas -o 查询.hhr -d ./uniprot20

hhblits -i 查询.fas -o 查询.hhr -oa3m 查询.a3m -n 1 -d ./uniprot20

从下载数据库ftp://toolkit.genzentrum.lmu.de/pub/HH-suite/databases/>.

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