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HMMER - 用于生物序列分析的配置文件 HMM

概要

对齐
将序列与配置文件对齐

构建
从多个序列比对构建配置文件

嗯转换
将配置文件转换为各种 HMMER 和非 HMMER 格式

嗯嗯
来自配置文件的样本序列

嗯嗯
从文件中检索配置文件 HMM

哈哈
用于 hmmer.org Web 服务器的守护程序，用于类似 phmmer、hmmsearch 和 hmmscan 的搜索

嗯嗯
为 hmmscan 准备 HMM 数据库

扫一扫
针对蛋白质谱数据库搜索蛋白质序列

嗯搜索
针对蛋白质序列数据库搜索蛋白质谱

嗯嗯
收集随机序列上的个人资料分数分布

哈姆统计
配置文件的汇总统计信息

手提钻
针对蛋白质序列数据库对蛋白质序列进行迭代搜索

恩默
针对核苷酸序列搜索核苷酸序列、比对或图谱
数据库

nhmm扫描
根据核苷酸谱数据库搜索核苷酸序列

普默
在蛋白质序列数据库中搜索蛋白质序列

商品描述

HMMER 是一套用于生物序列比对和数据库的程序
同源搜索。 它使用称为“轮廓隐藏马尔可夫模型”的概率模型
(profile HMMs) 来表示单个序列或一个序列的可能进化同源物
序列家族的多重比对。 一个主要的研究途径是提高
HMMER 中的进化预测模型能够识别和准确对齐
越来越遥远的同源物，时间遥远。

HMMER 也被用作一种组织工具，用于对呈指数增长的人数进行分组
将生物序列转化为一组小得多的注释良好的序列家族。 新的
可以通过与精选的序列家族数据库进行比较来注释序列
预建的 HMMER 配置文件，除了或代替与整个序列的比较
数据库。 Pfam、SMART 和 TIGRfams 等数据库均基于此
原理。

HMMER 用于三种主要模式： 在序列数据库中搜索一个序列的新同源物
序列或序列族； 搜索个人资料数据库（如 Pfam）以查找已知内容
查询序列所属的家族，或者它有哪些域； 并自动构建
大型多重比对（即具有有效无限数量的序列）使用
profile 代表一个序列家族。

假设您有一个感兴趣的序列家族的多序列比对，并且您
想要在序列数据库中搜索其他同源物。 这 构建 程序构建
来自多个对齐的配置文件。 这 嗯搜索 程序搜索蛋白质谱
针对蛋白质序列数据库，和 恩默 搜索核苷酸谱
核苷酸序列数据库。

假设您有一个感兴趣的序列，并且您想搜索一个序列数据库
为其他同系物。 这 普默 程序针对一个蛋白质序列搜索单个蛋白质序列
蛋白质序列数据库。 这 手提钻 程序做同样的事情，但迭代地——
在上一轮检测到的同源物被合并到一个新的配置文件中，新的配置文件
个人资料被再次搜索。 普默 像 BLASTP 一样使用，并且 手提钻 被用作
蛋白质 PSI-BLAST。 这 恩默 程序搜索单个核苷酸序列
核苷酸序列。

假设您有要使用基于 HMMER 的配置文件 HMM 分析的序列
像 Pfam 这样的数据库（http://pfam.sanger.ac.uk）。 该 嗯嗯 程序格式化配置文件 HMM
flatfile（例如您将从 Pfam 下载的文件）到 HMMER 二进制数据库。
这款 扫一扫 程序针对该数据库搜索蛋白质序列。 这 nhmm扫描
程序可以类似地针对压缩的数据库搜索核苷酸序列
核苷酸谱，例如来自 Dfam（http://dfam.janelia.org).

假设您要对齐大量序列。 您可以构建一个易于管理的小型
一组代表性序列的比对，建立一个配置文件 构建，并使用该
对齐 程序将任意数量的序列与该配置文件对齐。

HMMER 还包括一些用于处理大型配置文件数据库的辅助工具。
嗯嗯 从数据库中获取一个或多个配置文件。 哈姆统计 打印汇总统计信息
关于配置文件。

为了与其他配置文件软件和以前版本的 HMMER 兼容，
嗯转换 程序将配置文件转换为其他几种格式。 我们打算增加更多支持
随着时间的推移，其他格式。

这款 嗯嗯 程序通过从一个样本中采样来生成（模拟）“同源”序列
轮廓。 它还可以生成“共识”序列。

这款 嗯嗯 程序是一个模拟器，用于收集有关分数分布的统计信息
在随机序列上。

每个程序都有自己的手册页。

使用 onworks.net 服务在线使用 hmmer