这是 kraken 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
您的姓名
kraken - 为短 DNA 序列分配分类标签
概要
鲲 [选项]
配置
- D b 您的姓名
Kraken DB 的名称(默认值:无)
--线程 民
线程数(默认值:1)
--fasta-输入
输入为 FASTA 格式
--fastq-输入
输入是 FASTQ 格式
--gzip 压缩
输入是 gzip 压缩的
--bzip2-压缩
输入是 bzip2 压缩的
- 快的
快速操作(使用first hit或hits)
--最小点击数 民
在快速操作中,分类所需的命中数 注意:如果
- 快的 未指定
--未分类 文件名
将未分类的序列打印到文件名
--分类出 文件名
将分类序列打印到文件名
- 输出 文件名
将输出打印到文件名(默认:stdout); “-”会抑制正常输出
--仅分类输出
未分类序列不打印 Kraken 输出
--预加载
在分类前将 DB 加载到内存中
--配对
提供的两个文件名是双端读取
--检查名称
确保每对读取具有彼此一致的名称; 忽略如果
--配对 未指定
- 帮帮我 打印此消息
- 版
打印版本信息
如果没有指定 *-input 或 *-compressed 标志,并且文件是常规的
文件,尝试自动格式检测。
使用 onworks.net 服务在线使用 kraken