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kraken - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 kraken

这是 kraken 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


kraken - 为短 DNA 序列分配分类标签

概要


[选项]

配置


- D b 您的姓名
Kraken DB 的名称(默认值:无)

--线程
线程数(默认值:1)

--fasta-输入
输入为 FASTA 格式

--fastq-输入
输入是 FASTQ 格式

--gzip 压缩
输入是 gzip 压缩的

--bzip2-压缩
输入是 bzip2 压缩的

- 快的
快速操作(使用first hit或hits)

--最小点击数
在快速操作中,分类所需的命中数 注意:如果
- 快的 未指定

--未分类 文件名
将未分类的序列打印到文件名

--分类出 文件名
将分类序列打印到文件名

- 输出 文件名
将输出打印到文件名(默认:stdout); “-”会抑制正常输出

--仅分类输出
未分类序列不打印 Kraken 输出

--预加载
在分类前将 DB 加载到内存中

--配对
提供的两个文件名是双端读取

--检查名称
确保每对读取具有彼此一致的名称; 忽略如果
--配对 未指定

- 帮帮我 打印此消息

- 版
打印版本信息

如果没有指定 *-input 或 *-compressed 标志,并且文件是常规的
文件,尝试自动格式检测。

使用 onworks.net 服务在线使用 kraken


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