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macs2_predictd - 基于模型的 ChIP 测序分析

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用法：macs2 预测 [-h] -i IFILE [I文件...]

[-f {自动、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、领结、BAMPE}]
[-g GSIZE] [-s TSIZE] [--bw BW] [-m MFOLD MFOLD] [--outdir OUTDIR] [--rfile RFILE]
[--详细详细]

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

-i IFILE [IFILE ...]， --i文件 IFILE [I文件...]
ChIP-seq 比对文件。 如果多个文件被指定为“-t AB C”，那么它们将
全部阅读并合并。 请注意，对端数据不应该与此一起使用
命令。 必需的。

-f {汽车，BAM，SAM，床，ELAND，ELANDMULTI，ELANDEXPORT，领结，BAMPE}， - 格式
{汽车、BAM、SAM、BED、ELAND、ELANDMULTI、ELANDEXPORT、领结、BAMPE}
标签文件的格式，“AUTO”、“BED”或“ELAND”或“ELANDMULTI”或“ELANDEXPORT”或
“SAM”或“BAM”或“BOWTIE”。 默认的 AUTO 选项会让 MACS 决定哪个
文件格式。 如果您选择，请检查 README 文件中的定义
ELAND/ELANDMULTI/ELANDEXPORT/SAM/BAM/BOWTIE。 默认：“自动”

-g G尺寸， --gsize 尺寸
有效基因组大小。 它可以是 1.0e+9 或 1000000000，或者是shortss:'hs' for human
(2.7e9)，'mm' 代表鼠标 (1.87e9)，'ce' 代表秀丽隐杆线虫 (9e7)，'dm' 代表果蝇
(1.2e8)，默认值：hs

-s 尺码， --tsize 尺码
标签大小。 这将覆盖自动检测的标签大小。 默认：未设置

--bw BW
用于选择区域以计算片段大小的带宽。 该值仅用于
在构建移位模型时。 默认值：300

-m MFOLD MFOLD， --mfold 折叠 折叠
选择高置信度富集比MFOLD范围内的区域
建立模型的背景。 区域中的折叠富集必须低于上
限，且高于下限。 用作“-m 10 30”。 默认值：5 50

--outdir 外向
如果指定，则所有输出文件都将写入该目录。 默认值：
当前工作目录

--r文件 档案
用于绘制 X 相关图的 R 脚本文件名的前缀。 默认：'预测'
和 R 文件将是 predict_model.R

--详细 详细
设置运行时消息的详细级别。 0：只显示关键信息，1：显示
附加警告信息，2：显示进程信息，3：显示调试信息。
默认：2

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