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macsyfinder - macsyfinder 1.0.2 的手册页

商品描述

用法：macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--复制子拓扑{线性，圆形}] [--拓扑文件拓扑文件] [--idx]
[--基因间最大空间 INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--min-mandatory-genes-required MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--需要最小基因 MIN_GENES_REQUIRED
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--多位点
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evalue-select I_EVALUE_SEL] [--coverage-profile COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-搜索后缀
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--配置文件后缀 PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--log LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--previous-run PREVIOUS_RUN] 系统 [系统 ...]

MacSyFinder 是一种检测二皮类细菌蛋白质分泌系统的工具
来自蛋白质数据集。

阵地 参数：
系统
要检测的系统。 这是一个强制性选项，没有关联的关键字
它。 检测所有蛋白质分泌系统和相关附属物：设置为
“全部”（不区分大小写）。 否则，可以指定单个或多个系统。
例如：“T2SS T4P”。

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

输入 数据集 opţiuni:
--序列数据库 序列数据库
fasta 格式的序列数据集的路径。

--db 类型 {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,无序}
要处理的数据集类型。 “unordered_replicon”对应一个
非组装基因组，“无序”到宏基因组数据集，“ordered_replicon”到
组装的基因组，以及“gembase”到一组复制子，其中序列标识符
遵循这个约定：">RepliconName SequenceID"。

--复制拓扑 {线性，圆形}
复制子的拓扑结构（此选项仅在 db_type 为
“ordered_replicon”或“gembase”。

--拓扑文件 拓扑文件
拓扑文件路径。 拓扑文件允许您指定拓扑（线性或
循环）对于每个副本（此选项仅当 db_type 为
“ordered_replicon”或“gembase”。 拓扑文件是一个表格文件，有两个
列：第一个是复制子名称，第二个是相应的拓扑：
“复制线性”

--idx 强制为序列数据集建立索引，即使它们以前是
计算并出现在数据集位置（默认 = False）

产品 发现 opţiuni:
--基因间最大空间 INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
共定位标准：配置文件不匹配的组件的最大数量
允许在两个匹配的组件之间将它们视为连续的。 选项
仅对“有序”数据集有意义。 第一个值必须与系统匹配，
其次是一些组件。 此选项可以重复多次：
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --基因间最大空间 鞭毛 20"

--最小强制基因要求 MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
系统评估所需的最少数量的强制基因。 首先
value 必须对应一个系统名称，第二个 value 对应一个整数。 这个选项
可以重复多次：“--minmandatory-genes-required T2SS 15
--min-mandatorygenes-必需 鞭毛 10"

--必需的最小基因 MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
系统评估所需的最少基因数量（包括
“强制性”和“附件”组件）。 第一个值必须对应于
系统名称，第二个值为整数。 这个选项可以重复几次
次：“--min-genesrequired T2SS 15 --必需的最小基因 鞭毛 10"

--max-nb-基因 最大_NB_GENES 最大_NB_GENES
系统评估所需的最大基因数。 第一个值必须
对应一个系统名称，第二个值对应一个整数。 这个选项可以
重复几次：“--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-基因 鞭毛 10

--多位点 多位点
允许为指定系统存储多位点系统。 这些系统是
指定为逗号分隔列表 (--多位点 sys1,sys2) 默认为 False

附加选项 哈默 执行 和 命中 过滤：
--嗯 HMMER_EXE
Hmmer 程序的路径。

--索引数据库 INDEX_DB_EXE
用于 Hmmer 的索引器。 该值可以是“makeblastdb”或
'formatdb' 或这些二进制文件之一的路径（默认值 = makeblastb）

--e-value-搜索 E_VALUE_RES
在 Hmmer 搜索期间要报告的命中的最大 e 值。 （默认值 = 1）

--i-evalue-选择 I_EVALUE_SEL
为系统检测选择 Hmmer 命中的最大独立 e 值。
（预设= 0.001）

--覆盖范围 覆盖范围_概况
命中对齐中所需的最小轮廓覆盖率以允许命中选择
用于系统检测。 （默认值 = 0.5）

途径 opţiuni:
-d DEF_DIR, --def DEF_目录
系统定义文件的路径。

-o OUT_DIR， --输出目录 输出目录
存储结果的目录的路径。 如果指定了 outdir res-search-dir
将被忽略。

-r RES_SEARCH_DIR， --res-搜索目录 RES_SEARCH_DIR
存储 MacSyFinder 搜索结果目录的目录路径
（默认当前工作目录）。

--res-search-后缀 RES_SEARCH_SUFFIX
Hmmer 原始输出文件的后缀。

--res 提取后缀 RES_EXTRACT_SUFFIX
给过滤的命中输出文件的后缀。

-p 配置文件_目录， --配置文件目录 资料目录
配置文件目录的路径。

--profile-后缀 配置文件后缀
配置文件的后缀。 对于每个“基因”元素，相应的配置文件是
在“profile_dir”中搜索，在名称基于基因名称+
个人资料后缀。 例如，如果基因名为“gspG”，后缀为
'.hmm3'，则配置文件应放置在指定位置并命名
'gspG.hmm3'

一般用途总体评估 opţiuni:
-w 工人_注意， - 工人 工人_NB
MacSyFinder 要使用的工作线程数。 在用户想要运行的情况下
MacSyFinder 处于多线程模式。 （0 表示将使用所有内核，默认为 1）

-v, --冗长
增加详细程度。 有 4 个级别：错误消息（默认）、
警告 （-v), 信息 (-vv) 和调试。(-vvv)

- 日志 日志文件
存储“macsyfinder.log”日志文件的目录的路径。

--配置 配置文件
要使用的假定 MacSyFinder 配置文件的路径。

--上一次运行 上一个运行
先前 MacSyFinder 运行目录的路径。 它允许人们跳过 Hmmer
在同一数据集上的搜索步骤，因为它使用以前的运行结果和参数
关于 Hmmer 检测。 上次运行的配置文件将是
用过的。 （与选项冲突 --配置, --序列数据库, --profile-后缀,
--重新提取后缀, --e-值-res, --db 类型, --嗯)

有关更多详细信息，请访问 MacSyFinder 网站并查看 MacSyFinder 文档。

使用 onworks.net 服务在线使用 macsyfinder