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metastudent - 根据蛋白质序列预测基因本体术语

概要

元学生-i FASTA_文件 -o 结果文件前缀 [--调试] [--保持临时] [--沉默]
[--output-blast] [--blast-only] [--all-predictions] [--ontologies=机动特遣队 or BPO or CCO or
业务流程外包、业务流程外包 or ...] [--with-images] [--blast-kickstart-databases=BLAST_RESULT_FILE（S）]
[--temp-dir=DIR] [--配置=配置文件]！！！确保您的 fasta 文件最多包含 500
序列！！！

商品描述

Metastudent 根据分子功能本体论 (MFO) 预测基因本体论 (GO) 术语，
输入蛋白的生物过程本体论 (BPO) 和细胞成分本体论 (CCO)
通过从已注释的蛋白质进行基于同源性的推断来获得序列。

下载 Metastudent 运行所需的大数据文件（总共 1 GB）
首次使用该程序时自动。下载可重新启动。你也可以
明确调用
元学生数据 （默认为 /usr/bin/metastudentdata）下载数据文件。
如果数据目录（默认为 /usr/share/metastudent-data）不可写并且
你不是root，操作是
重新尝试 须藤（8）。

输出 格式
对于每个选定的本体（参见 --本体论），生成一个输出文件（参见 -o）。 每个
每个文件中的行将蛋白质与 GO 术语和可靠性相关联
关联（0.0 到 1.0）。使用以下格式：<蛋白质
ID>

参考文献：

Hamp, T.、Kassner, R.、Seemayer, S.、Vicedo, E.、Schaefer, C.、Achten, D....和 ​​Rost, B.
（2013）。基于同源性的推断为蛋白质功能预测设定了很高的标准。 BMC
生物信息学，14（增补 3），S7。

配置

-i FASTA_FILE
输入 fasta 文件。请尝试删除任何特殊格式（例如空格）
在将它们用作输入之前在序列中。由于内存使用率较高，请确保您的
fasta 文件最多包含 500 个序列。

-o 结果文件前缀
输出文件的文件名前缀。 GO 术语以本体的形式组织。
Metatstudent 以不同的方式对待每个本体，并为每个本体输出一个结果文件。
例如，如果 =./myresult 和 MFO（分子功能本体）和 BPO
（生物过程本体）选择本体（参见选项 --本体论）， 然后
metastudent 创建两个输出文件： ./myresult.MFO.txt 和 ./myresult.BPO.txt.

-调试
打印额外的调试消息。

--保持温度
是否在 Metastudent 完成后保留临时目录（它们可以是
当错误发生或与错误结合时很有用 --blast-kickstart-数据库).

- 沉默的
没有进度消息（stdout），只有错误（stderr）。

--输出爆炸
是否输出 BLAST 运行的结果。与以下组合有用
--blast-kickstart-数据库。输出文件名格式为
结果文件前缀..blast。

--仅爆炸
是否只输出 BLAST 运行的结果，而不输出其他内容。查看选项
--输出爆炸 和 --blast-kickstart-数据库.

--所有预测
是否输出各个预测变量的预测结果。文件名
输出文件的格式为...txt。

--没有名字
是否在输出预测中排除实际的 GO 术语名称作为列
文件。

--带图像
是否还生成将预测的 GO 项显示为 GO 图的图像。
此选项只能与一个输入序列一起使用并且仅在连接时使用
上网。

--本体=机动特遣队 or BPO or CCO or 业务流程外包、业务流程外包 or ...
要为其创建预测的本体的逗号分隔列表。默认为
MFO、BPO、CCO。如果结合使用 --blast-kickstart-数据库、数量和
本体的顺序必须与 kickstart 文件相对应。

--blast-kickstart-databases=
由于运行 BLAST 通常是元学生中花费时间最长的部分，因此
选项允许您重复使用先前运行的输出。这对于测试很有用，因为
例如，不同的参数或当您失去预测时。的数量
kickstart 文件必须与本体的数量相对应（请参阅选项 --本体论).
用逗号分隔文件路径。例如：
--blast-kickstart-databases=,（两者的启动
本体）或 --blast-kickstart-databases=, （仅 kickstart BPO；
注意逗号）。

--temp-dir=目录
要使用的父临时目录，而不是在 tmpDir 中指定的目录
元学生配置文件。

--config=文件
自定义元学生配置文件的路径；覆盖所有设置
配置文件可在本手册页的 FILES 部分中找到。

使用 onworks.net 服务在线使用 Metastudent