mia-2dmyoica-full - 云端在线

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mia-2dmyoica-full - 运行一系列 2D 图像的注册。

概要

mia-2dmyoica-完整 -i -o [选项]

商品描述

mia-2dmyoica-完整 本程序实现了二维版的运动补偿
Wollny G、Kellman P、Santos A、Ledesma-Carbayo MJ，“自动
自由呼吸获得的心肌灌注数据的运动补偿使用
独立成分分析》，医学影像分析，2012，
DOI:10.1016/j.media.2012.02.004。 该软件可能首先运行线性配准，然后
非线性配准或两者之一。此版本的程序可以运行所有
并行注册。

配置

文件IO
-i --in-file=（输入，必填）； 细绳
输入灌注数据集

-o --out-file=（输出，需要）； 细绳
输出灌注数据集

-r --注册=
注册图像的文件名基础。 图像类型和编号方案
取自输入数据集中给出的输入图像。

--save-cropped=(输出); 细绳
保存裁剪设置到此文件，图像文件将使用名称的词干
作为文件名基础

--save-feature=(输出); 细绳
保存分割特征图像和初始 ICA 混合矩阵

--save-refs=(输出); 细绳
对于每个注册通过，将参考图像保存到具有给定的文件
名称库

--save-regs=(输出); 细绳
对于每个注册通过保存中间注册图像

政策和帮助 & 资料包
-V --verbose=警告
输出的详细程度，打印给定级别和更高优先级的消息。
从最低级别开始支持的优先级是：
info - 低级消息
追踪 - 函数调用跟踪
失败 - 报告测试失败
警告 - 警告
错误 - 报告错误
调试 - 调试输出
消息 - 普通消息
致命 - 只报告致命错误

- 版权
印刷版权信息

-h --帮助
打印此帮助

-？ - 用法
打印一个简短的帮助

- 版
打印版本号并退出

ICA的
-C --组件=0
ICA 组件 0 = 自动估计ICA 组件 0 = 自动
估计

--规范化
标准化 IC

--no-meanstrip
不要从混合曲线中剥离平均值

-s --segscale=0
分割并缩放 LV 周围的裁剪框（0 = 无分割）段和
在 LV 周围缩放裁剪框（0 = 无分割）

-k --跳过=0
跳过系列开头的图像，例如因为它们属于其他
模式在系列开始时跳过图像，例如因为它们
是其他方式

-m --max-ica-iter=400
ICA 中的最大迭代次数 ICA 中的最大迭代次数

-E --segmethod=功能
分割方法
增量峰值 - 峰值增强图像的差异
功能 - 特征图像
增量特征 - 特征图像的差异

-b --min-呼吸频率=-1
必须考虑混合曲线的最小平均频率源自
呼吸。 健康的休息呼吸频率是每分钟 12 次。 负值
禁用测试。 值 0.0 强制将系列标识为
用初始屏气获得。最小平均频率混合曲线可以
得考虑源于呼吸。 一个健康的休息呼吸频率是
每分钟 12 个。 负值将禁用测试。 值 0.0 强制
系列被识别为通过初始屏气获得。

机加工
--线程=-1
用于处理的最大线程数，这个数字应该更低
或等于机器中逻辑处理器内核的数量。 (-1:
自动估计）。用于处理的最大线程数，这
number 应该小于或等于逻辑处理器内核的数量
机器。 （-1：自动估计）。

注册
-L --线性优化器=gsl:opt=单纯形,步长=1.0
用于最小化线性配准的优化器 字符串值
将用于构建插件。 有关支持的插件，请参阅
插件：最小化/单一成本

--线性变换=仿射
要使用的线性变换 字符串值将用于构造一个
插入。 有关支持的插件，请参阅 PLUGINS:2dimage/transform

-O -​​-non-linear-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
优化器用于非线性配准中的最小化。 字符串
value 将用于构建插件。 有关支持的插件，请参阅
插件：最小化/单一成本

-a --start-c-rate=16
刺中的起始系数，除以 --c-rate-divider
刺中的每次通过.起始系数率，除以
--c-rate-divider 每次通过。

--c-分频器=2
每次传递的有效速率分配器。每次传递的有效速率分配器。

-d --start-divcurl=10000
开始 divcurl 权重，除以 --divcurl-divider
pass.Start divcurl 权重，除以 --divcurl-divider
通过。

--divcurl-分隔符=2
Divcurl 权重缩放与每个新的 pass.Divcurl 权重缩放与每个
新通行证。

-R --参考=-1
全局参考所有图像都应该对齐。 如果设置为非负
值，图像将与此参考对齐，裁剪后的输出
图像日期将被注入到原始图像中。 如果你离开 -1
不在乎。 在这种情况下，所有图像都被配准到平均位置
所有图像都应对齐的运动全局参考。 如果设置为
非负值，图像将与此引用对齐，并且
裁剪后的输出图像日期将被注入到原始图像中。 离开
如果您不在乎，则为 -1。 在这种情况下，所有图像都被注册到一个
运动的平均位置

-w --imagecost=图像:权重=1,cost=ssd
图像成本，不指定 src 和 ref 参数，这些将由
该程序。 字符串值将用于构建插件。 为了
支持的插件见PLUGINS:2dimage/fullcost

-l --毫克水平=3
多分辨率级别多分辨率级别

-p --线性通道=3
线性注册通过（0 到禁用）线性注册通过（0 到
禁用）

-P --非线性通道=3
非线性配准通过（0 表示禁用）非线性配准通过
（0 表示禁用）

插件： 1d/样条bc

镜面 在边界上镜像的样条插值边界条件

（无参数）

重复 在边界处重复值的样条插值边界条件

（无参数）

零 样条插值边界条件假设外部值为零

（无参数）

插件： 一维/样条内核

样条 B-spline kernel创建，支持的参数有：

d = 3; [0, 5] 中的整数
样条度数。

妈妈们 OMoms-spline 内核创建，支持的参数有：

d = 3; [3, 3] 中的整数
样条度数。

插件： 2d图像/成本

公司 具有掩蔽支持的局部归一化互相关。，支持的参数
是：

w = 5; 输入 [1, 256]
用于评估局部十字的窗口的半宽
相关性。

LSD 最小二乘距离测量

（无参数）

mi 基于样条解析的互信息，支持的参数有：

切 = 0; 浮动在 [0, 40]
在高强度和低强度下切割的像素百分比
离群值。

宾士 = 64; 输入 [1, 256]
用于运动图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=3]; 工厂
用于运动图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件
见插件：1d/splinekernel

罗宾斯 = 64; 输入 [1, 256]
用于参考图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=0]; 工厂
用于参考图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件-
ins见PLUGINS:1d/splinekernel

NCC 归一化互相关。

（无参数）

神经生长因子 该函数根据归一化梯度评估图像相似度
领域。 提供多种评估内核，支持的参数有：

评估 = ds; 字典
插件子类型。 支持的值是：
sq - 差的平方
ds - 尺度差的平方
点 - 标量乘积核
交叉 - 交叉产品内核

SSD 2D imaga cost：平方差之和，支持的参数有：

自动阈值 = 0; 浮动在 [0, 1000]
通过仅获取强度值来使用移动图像的自动屏蔽
到大于给定阈值的帐户。

规范 = 0; 布尔值
设置指标是否应按图像像素数进行归一化。

ssd-自动屏蔽
2D 图像成本：平方差的总和，基于给定的自动屏蔽
阈值，支持的参数有：

阈值 = 0; 双倍的
参考图像的阈值强度值。

阈值 = 0; 双倍的
源图像的阈值强度值。

插件： 二维图像/全成本

图片 也处理多分辨率的广义图像相似性成本函数
加工。 实际的相似性度量被赋予 es 额外参数。，
支持的参数有：

成本 = 固态硬盘； 工厂
成本函数核。 有关支持的插件，请参阅 PLUGINS:2dimage/cost

调试 = 0; 布尔值
保存中间结果用于调试。

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

标签图像
映射两个图像的标签并处理标签的相似性成本函数
保留多分辨率处理，支持的参数有：

调试 = 0; [0, 1] 中的整数
将距离变换写入 3D 图像。

最大标签 = 256; [2, 32000] 中的整数
要考虑的最大标签数。

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

蒙面图像
广义掩码图像相似性成本函数也处理多
分辨率处理。 提供的面具应该是密集填充的区域
多分辨率处理，否则掩码信息可能会丢失
缩小图像时。 参考掩码和转换后的掩码
学习图像由二进制AND组合而成。 给出了实际的相似性度量
es 额外参数，支持的参数有：

成本 = 固态硬盘； 工厂
成本函数核。 有关支持的插件，请参阅
插件：2dimage/maskedcost

文献 =（输入，字符串）
参考图像。

参考掩码 =（输入，字符串）
参考图像掩码（二进制）。

SRC =（输入，字符串）
学习形象。

src-掩码 =（输入，字符串）
研究图像掩码（二进制）。

重量 = 1; 漂浮
成本函数的权重。

插件： 二维图像/IO

BMP BMP 2D 图像输入/输出支持

可识别的文件扩展名：.BMP、.bmp

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位

数据池 与内部数据池之间的虚拟 IO

可识别的文件扩展名：.@

迪康 DICOM 的 2D 图像 io

可识别的文件扩展名：.DCM、.dcm

支持的元素类型：
有符号 16 位，无符号 16 位

外 一个用于 OpenEXR 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.EXR、.exr

支持的元素类型：
无符号 32 位，浮点 32 位

JPG 用于 jpeg 灰度图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.JPEG、.JPG、.jpeg、.jpg

支持的元素类型：
无符号 8 位

PNG 一个用于 png 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.PNG、.png

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位

原 RAW 2D 图像输出支持

可识别的文件扩展名：.RAW、.raw

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

TIF TIFF 2D 图像输入/输出支持

可识别的文件扩展名：.TIF、.TIFF、.tif、.tiff

支持的元素类型：
二进制数据，无符号 8 位，无符号 16 位，无符号 32 位

远景 一个用于 vista 图像的 2dimage io 插件

可识别的文件扩展名：.V、.VISTA、.v、.vista

支持的元素类型：
二进制数据，有符号 8 位，无符号 8 位，有符号 16 位，无符号 16 位，
有符号 32 位、无符号 32 位、浮点 32 位、浮点 64
位

插件： 二维图像/掩蔽成本

公司 具有掩蔽支持的局部归一化互相关。，支持的参数
是：

w = 5; 输入 [1, 256]
用于评估局部十字的窗口的半宽
相关性。

mi 基于样条解析的带掩码的互信息，支持的参数有：

切 = 0; 浮动在 [0, 40]
在高强度和低强度下切割的像素百分比
离群值。

宾士 = 64; 输入 [1, 256]
用于运动图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=3]; 工厂
用于运动图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件
见插件：1d/splinekernel

罗宾斯 = 64; 输入 [1, 256]
用于参考图像的直方图箱数。

内核 = [bspline:d=0]; 工厂
用于参考图像 parzen 直方图的样条内核。 对于支持的插件-
ins见PLUGINS:1d/splinekernel

NCC 具有掩蔽支持的归一化互相关。

（无参数）

SSD 带掩蔽的平方差的总和。

（无参数）

插件： 2d 图像/变换

仿射 仿射变换（六自由度），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

硬性 刚性变换（即旋转和平移，三度
自由），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

旋转中心 = [[0,0]]; 2df向量
相对旋转中心，即<0.5,0.5>对应的中心
支持矩形。

回转 旋转变换（即围绕一个给定的中心旋转一度
自由），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

旋转中心 = [[0,0]]; 2df向量
相对旋转中心，即<0.5,0.5>对应的中心
支持矩形。

仿样 可以由一组 B 样条系数描述的自由形式变换
和一个底层的 B 样条内核，支持的参数是：

茴香酸 = [[0,0]]; 2df向量
以像素为单位的各向异性系数率，非正值将是
被 'rate' 值覆盖..

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

核心 = [bspline:d=3]; 工厂
转换样条内核.. 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

罚款 =; 工厂
变换惩罚项。 有关支持的插件，请参阅
插件：2dtransform/splinepenalty

率 = 10; 浮动在 [1, inf)
以像素为单位的各向同性系数率。

翻译 仅平移（两个自由度），支持的参数有：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

vf 这个插件实现了一个转换，为每个定义了一个翻译
定义转换域的网格点。，支持
参数是：

图像边界 = 镜子； 工厂
图像插值边界条件。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinebc

图像内核 = [bspline:d=3]; 工厂
图像插值器内核。 有关支持的插件，请参阅
插件：1d/splinekernel

插件： 2d变换/样条惩罚

卷曲 divcurl 对转换的惩罚，支持的参数是：

卷曲 = 1; 浮动在 [0, inf)
卷曲的惩罚权重。

DIV = 1; 浮动在 [0, inf)
分歧的惩罚权重。

规范 = 0; 布尔值
如果惩罚应该相对于图像进行归一化，则设置为 1
大小。

重量 = 1; 浮在 (0, inf)
惩罚能量的权重。

插件： 最小化/单一成本

达斯 带自动步长校正的梯度下降，支持的参数有：

福托尔 = 0; 加倍 [0, inf)
如果标准的相对变化低于..

最大步长 = 2; 双输入 (0, inf)
最大绝对步长。

马克西特 = 200; 输入 [1, inf)
停止准则：最大迭代次数。

最小步 = 0.1; 双输入 (0, inf)
最小绝对步长。

托拉 = 0.01; 加倍 [0, inf)
如果应用于 x 的更改的 inf 范数低于此值，则停止。

粤港澳大湾区 带二次步长估计的梯度下降，支持的参数有：

福托尔 = 0; 加倍 [0, inf)
如果标准的相对变化低于..

格托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
如果梯度的 inf 范数低于此值，则停止。

马克西特 = 100; 输入 [1, inf)
停止准则：最大迭代次数。

规模 = 2; 双输入 (1, inf)
回退固定步长缩放。

步 = 0.1; 双输入 (0, inf)
初始步长。

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
如果 x-update 的 inf 范数低于此值，则停止。

国标 基于 GNU 科学库的 multimin 优化器的优化器插件
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/，支持的参数有：

每股收益 = 0.01; 双输入 (0, inf)
基于梯度的优化器：在 |grad| 时停止< eps，单工：停止时
单纯形尺寸 < eps..

ITER = 100; 输入 [1, inf)
最大迭代次数。

选择 = GD; 字典
要使用的特定优化器.. 支持的值是：
BFGS - 布罗伊登-弗莱彻-戈德法布-香恩
BFGS2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann（最有效的版本）
CG-FR - Flecher-Reeves 共轭梯度算法
gd - 梯度下降。
单 - Nelder 和 Mead 的单纯形算法
CG-PR - Polak-Ribiere 共轭梯度算法

步 = 0.001; 双输入 (0, inf)
初始步长。

TOL = 0.1; 双输入 (0, inf)
一些容差参数。

没有 使用 NLOPT 库的最小化算法，用于描述
优化器请参阅'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms'，支持的参数有：

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则：目标值的绝对变化低于
这个值。

福托尔 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则：目标值的相对变化低于
这个值。

更高 = inf; 双倍的
更高的边界（对所有参数都相等）。

本地选择 = 无； 字典
主要可能需要的局部最小化算法
最小化算法.. 支持的值是：
gn-orig-直接-l - 分割矩形（原始实现，
局部偏向）
gn-直接-l-noscal - 分割矩形（未缩放，局部偏置）
GN-ISRES - 改进的随机排名演化策略
牛顿 - 截断牛顿
gn-直接-l-兰德 - 分割矩形（局部偏置，随机）
新华 - 通过迭代进行无导数无约束优化
构造二次近似
gn-direct-l-rand-noscale - 分割矩形（未缩放，局部
有偏见的，随机的）
GN-原始直接 - 分割矩形（原始实现）
ld-牛顿-先导 - 预处理截断牛顿
ld-tnewton-重启 - 用最速下降重新开始截断牛顿
gn-直接 - 分割矩形
内尔德米德 - Nelder-Mead 单纯形算法
眼镜蛇 - 线性逼近的约束优化
GN-CRS2-LM - 带有局部变异的受控随机搜索
ld-var2 - 移位的有限内存变量度量，等级 2
ld-var1 - 移位的有限内存变量度量，等级 1
LD-MMA - 移动渐近线的方法
ld-lbfgs-诺塞达尔 - 没有任何
ld-lbfgs ‐ 低存储 BFGS
gn-直接-l - 分割矩形（局部偏置）
没有 - 不要指定算法
恩波比卡 - 无导数有界约束优化
ln-sbpx - Nelder-Mead 的 Subplex 变体
新的绑定 - 无导数有界约束优化
迭代构造的二次近似
实践 - 通过主轴的无梯度局部优化
付款方式
gn-直接-noscal - 分割矩形（未缩放）
ld-tnewton-precond-重新启动 - 预处理截断牛顿与
最速下降重启

降低 = -inf; 双倍的
下边界（对所有参数都相等）。

马克西特 = 100; [1, inf) 中的整数
停止准则：最大迭代次数。

选择 = ld-lbfgs; 字典
主要的最小化算法。 支持的值是：
gn-orig-直接-l - 分割矩形（原始实现，
局部偏向）
g-mlsl-lds ‐ 多级单联动（低差异序列，
需要基于局部梯度的优化和边界）
gn-直接-l-noscal - 分割矩形（未缩放，局部偏置）
GN-ISRES - 改进的随机排名演化策略
牛顿 - 截断牛顿
gn-直接-l-兰德 - 分割矩形（局部偏置，随机）
新华 - 通过迭代进行无导数无约束优化
构造二次近似
gn-direct-l-rand-noscale - 分割矩形（未缩放，局部
有偏见的，随机的）
GN-原始直接 - 分割矩形（原始实现）
ld-牛顿-先导 - 预处理截断牛顿
ld-tnewton-重启 - 用最速下降重新开始截断牛顿
gn-直接 - 分割矩形
奥拉格-eq - 具有等式约束的增广拉格朗日算法
仅由
内尔德米德 - Nelder-Mead 单纯形算法
眼镜蛇 - 线性逼近的约束优化
GN-CRS2-LM - 带有局部变异的受控随机搜索
ld-var2 - 移位的有限内存变量度量，等级 2
ld-var1 - 移位的有限内存变量度量，等级 1
LD-MMA - 移动渐近线的方法
ld-lbfgs-诺塞达尔 - 没有任何
g-mlsl ‐ 多级单联动（需要局部优化和
界）
ld-lbfgs ‐ 低存储 BFGS
gn-直接-l - 分割矩形（局部偏置）
恩波比卡 - 无导数有界约束优化
ln-sbpx - Nelder-Mead 的 Subplex 变体
新的绑定 - 无导数有界约束优化
迭代构造的二次近似
奥格拉格 - 增广拉格朗日算法
实践 - 通过主轴的无梯度局部优化
付款方式
gn-直接-noscal - 分割矩形（未缩放）
ld-tnewton-precond-重新启动 - 预处理截断牛顿与
最速下降重启
ld-slsqp ‐ 顺序最小二乘二次规划

步 = 0; 加倍 [0, inf)
无梯度方法的初始步长。

停止 = -inf; 双倍的
停止准则：函数值低于该值。

托拉 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则：所有 x 值的绝对变化都低于此
计算值。

克托尔 = 0; 加倍 [0, inf)
停止准则：所有 x 值的相对变化都低于此
计算值。

例

使用自动 ICA 估计注册“segment.set”中给出的灌注系列。
跳过开头的两张图片，否则使用默认参数。 存储
结果是'registered.set'。

mia-2dmyoica-full -i segment.set -o Registration.set -k 2

作者

格特·沃尔尼

版权

本软件版权所有 (c) 1999-2015 德国莱比锡和西班牙马德里。 它来了
绝对没有保证，您可以根据 GNU 的条款重新分发它
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选项“--版权”。

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