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mincresample - 沿新的空间维度重新采样 minc 文件

概要

小样 [ ]

商品描述

小样 将使用新体素沿新空间维度重新采样 minc 文件
职位。 输入文件中的每个体积（由空间维度 xspace, yspace
和 zspace）根据命令行选项重新采样。 非空间维度是
保留其原始顺序，但可以重新排序空间维度以给出
横向、矢状或冠状图像。 新的体素值使用三重计算
线性、三次三次或最近邻插值。

世界 坐标

世界坐标是指相对于某个物理原点的毫米坐标
（扫描仪或某些解剖结构）。 体素坐标只是
索引到给定体素的图像体积。 为了指定合适的
重采样选项，有必要了解 MINC 坐标转换的工作原理。

MINC 图像体积的每个维度都由名称指定 - 空间维度是
xspace、yspace 和 zspace。 约定是正 xspace 坐标从
患者的左侧到右侧，正 y 空间坐标从患者后部开始
到前和正 zspace 坐标从下到上运行。 对于每个
这些空间维度，世界坐标转换由一对指定
属性：步进和启动。 xspace 世界坐标，例如使用 x 计算
= v*step + start，其中 x 是 x 世界坐标，v 是体素计数（从
零）。 因此 step 属性的大小指定了体素和
step 属性的符号指定轴的方向。

还有一个转折点：MINC 文件允许具有非正交轴
尺寸与命名轴不完全对齐。 可以有一个 direction_cosine
给出轴的真实方向的属性。 例如，通常 xspace
维度应该与世界 x 轴对齐，即。 方向余弦 = (1,0,0); 然而，
方向余弦可能为 (0.9, 0.43589, 0)。

这些属性（step、start 和 direction_cosines）提供了体素的转换
坐标到世界坐标。 与许多元素或样本相结合
轴，它们提供了输出采样位置的完整描述。
然而，当我们重新采样数据时，我们经常对世界的变化感兴趣
坐标：从 MRI 扫描仪的坐标系到 PET 扫描仪的坐标系，
例如，或从其采集空间中的体积到标准化的坐标
空间。 这种世界坐标的变化可以通过使用
转换 (.xfm) 文件。 因此，一般来说，重采样涉及三个
转换：从输入文件的体素坐标到其世界坐标
（由输入文件指定），从输入世界坐标到输出世界
坐标（由转换文件指定），以及来自输出文件的世界
坐标到其体素坐标（由命令行选项指定）。

通常，很少使用方向余弦 - 轴重新定向由
世界坐标的变化（转换文件）。 同样，重采样位置
（输出世界到体素转换）通常是相对于模型文件（即
重新采样这个文件，使它看起来像那个文件）。 虽然有很多选择
转换的完整规范，通常不需要指定更多
比他们中的几个。

配置

请注意，可以以缩写形式指定选项（只要它们是唯一的）和
可以在命令行的任何地方给出。

常见问题 选项

-2 创建 MINC 2.0 格式的输出文件。

-破坏者
覆盖现有文件。

-noclobber
不要覆盖现有文件（默认）。

-冗长
打印出计算的每个切片的进度信息（默认）。

-安静的 不要打印出进度信息。

重采样 规范

给出输出采样的选项（以下所有选项，除了 -转型） 是
按照它们在命令行中出现的顺序进行解析。 因此一个命令 -喜欢
文件.mnc -zn元素 34 -z步 2 将给出一个类似于文件中的采样 文件.mnc 但是
沿 34 mm 处有 2 个样品 空间 轴。 默认采样取自
输入文件，根据任何转换进行转换。

-转型 文件.xfm
指定一个提供世界坐标变换的文件（默认是身份
转型）。

-invert_transformation
在使用之前反转转换。

-noinvert_transformation
不要反转转换（默认）。

-tfm_输入_采样
转换输入采样（使用指定的转换 -转型)
连同数据并将其用作默认采样（默认）。

-use_input_sampling
使用输入采样作为默认采样，原样，无需变换，即使
尽管数据正在被转换（旧行为）。

-喜欢 文件.mnc
指定一个模型文件，该文件为输出世界提供体素转换和编号
元素（即转换此文件，使其看起来像那个文件）。

-标准抽样
将采样设置为标准值（开始 = 0，步长 = 1，方向余弦点
沿适当的轴）。

-空间类型 绳子
设置输出空间的名称（通常为 本国的____ or 塔莱拉赫_).

-塔莱拉赫
将输出空间的名称设置为 talairach_。

-单位 绳子
设置输出空间的单位。

-起源 ox oy oz
指定第一个体素的坐标。 这与起始值不同
如果方向余弦是非标准的。 同样，开始不仅仅是一个
原点在轴上的垂直投影，它是平行投影
（如在多维平行四边形投影中）。 转换处理
通过此选项正确。

-n元素 nx ny nz
沿每个世界维度的元素数量。

-xn元素 nx
沿 xspace 维度的元素数。

-yn元素 ny
沿 y 空间维度的元素数。

-zn元素 nz
沿 zspace 维度的元素数。

-step 跨步 步长 步
沿着每个世界维度在体素之间步进。

-x步 跨步
沿 xspace 维度在体素之间步进。

-y步长 步长
沿 y 空间维度在体素之间步进。

-z步 步
沿 zspace 维度在体素之间步进。

-开始 开始 开始 启动
沿每个世界维度的第一个体素中心的位置。

-x启动 开始
第一个体素中心沿 xspace 维度的位置。

-ystart 开始
第一个体素中心沿 y 空间维度的位置。

-z启动 启动
第一个体素中心沿 zspace 维度的位置。

-目录 x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
每个世界轴的方向余弦。

-xdircos x1 x2 x3
xspace 维度的方向余弦。

-ydircos y1 y2 y3
y 空间维度的方向余弦。

-zdircos z1 z2 z3
zspace 维度的方向余弦。

尺寸 订购

默认是保留原始尺寸顺序。

-横
写出横向切片。

-矢状面
写出矢状切片。

-冠
写出冠状切片。

输出 data 类型 和 范围

类型、符号和有效范围的默认值是使用输入文件的那些。 如果类型是
指定，则符号和有效范围都设置为该类型的默认值。 如果符号是
指定，则有效范围设置为类型和符号的默认值。

-字节 以 8 位整数格式存储输出体素。

-短 以 16 位整数格式存储输出体素。

-int 以 32 位整数格式存储输出体素。

-长 被取代 -int.

-漂浮 以 32 位浮点格式存储输出体素。

-双
以 64 位浮点格式存储输出体素。

-签
将值写为有符号整数（短和长的默认值）。 被忽略
浮点类型。

-未签名
将值写为无符号整数（字节的默认值）。 忽略浮动
点类型。

-范围 分钟 最大
指定输出体素值的有效范围。 默认为全范围
键入并签名。 对于浮点值，将忽略此选项。

-保持真实范围
保留输入体积的真实最小值和最大值，以便值是
在输出上以相同的方式缩放。 这对于重新采样标签特别有用
插入强度值没有意义的体积。

-nokeep_real_range
重新计算每个输出切片的实际最小值和最大值。 这是默认设置。

处理 of 未定义 （无效的） 素 价值观

-充满 落在输入体积之外的输出体素具有未定义的值。 当。。。的时候
-充满 选项，这些体素被赋予一个有效值之外的值
范围（小于有效最小值，如果类型、符号和有效范围允许）所以
以便其他软件可以检测到它们。 这些体素的值不是
包括在内 图像最大 和 图像最小 变量。

-无填充
对于输入之外的点使用零的实际/物理值（不是体素值）
体积。 这些点包括在计算中 图像最大 和 图像最小
变量。 这是默认设置。

-填充值 填充值
为输入之外的点指定实际/物理值（不是体素值）
体积。 这些点不包括在计算中 图像最大 和 图片-
分钟 变量。

插值 选项

-三线
在体素之间进行三线性插值。 体积的边缘位于
维度的第一个和最后一个体素的中心。 这是默认设置。

-三三次
在体素之间进行三次三次插值。 体积的边缘位于
维度的第一个和最后一个体素的中心。

-最近的邻居
在体素之间进行最近邻插值（即找到最接近的体素
点并使用其值）。 体积的边缘在第一个的边缘
和一个维度的最后一个体素（中心 +/- 半体素分离）。

-正弦 如 Thacker 所述，在体素之间进行重新归一化的窗口正弦插值
等。 JMRI 10:582-588 (1999)。

-宽度 n
指定 sinc 插值核的半宽，范围从 1 到
10. 完整的 sinc 核宽度为 n * 2 + 1，因此从 3 到 21 不等。
默认值为 5，表示全角为 11。

-汉宁
使用带有 sinc 插值的汉宁窗。 这是默认设置。

-汉明
使用带有 sinc 插值的汉明窗。

通用 选项

-救命 打印命令行选项的摘要并退出。

-版
打印程序的版本号并退出。

示例

在标准采样网格上的标准化空间中重新采样个人的大脑：

mincresample individual.mnc in_std_space.mnc \
-变换 transform_to_standard_space.xfm \
-像standard_sampling.mnc

对 MRI 体积重新采样以与 PET 体积匹配，但分辨率更高：

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-转换 mri_to_pet.xfm -like pet.mnc \
-步骤 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-n 元素 256 256 64

将横向体积转换为矢状体积：

mincresample 横向.mnc 矢状.mnc \
-矢状 -最近

将 256x256x64 (1x1x2mm) 横向体积变成 256x128x256 (1x1x1mm) 矢状体积：

mincresample 横向.mnc sagittal.mnc -sagittal \
-zstep 1 -znelem 128

在 PET 体积上获得更精细的轴向采样：

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zstep 2 -z元素46

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