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mincreshape - 从 minc 文件中切出一个 hyperslab（尺寸重新排序）

概要

细碎形状 [ ] .mnc .mnc

商品描述

Mincreshape的 主要工作是从 minc 文件中切出一个 hyperslab 并将其放入一个新的
minc 文件。 “什么是 hyperslab？”，你问。 它只是一个指定的多维框
带有一个起始索引（一个给出体素坐标的向量）和一个计数向量（一些
沿每个轴的体素）。 体积中的单个切片是一个超切片（计数为 1
在切片方向上），从大体积中拉出的小块是一个超平板，一个
多回波 MRI 数据集中的单个回波体积是一个超切片，一个时间点
动态采集是一个超级平板——你懂的。 查看 -开始, -计数 和
-调光 有关如何执行此操作的更多详细信息的选项（并查看示例！）。 如果你
沿维度仅拉出一个点，您可以选择制作
维度消失，所以 细碎形状 使您能够降低维度
minc 文件。 同样，您也不受限于指定仅在
输入文件，您可以扩展到输入文件中的维度范围之外，并且
此外，您可以给出一个将沿维度翻转数据的计数。

仿佛这一切还不够， 细碎形状 具有重新排序维度的能力。 最多
明显的情况是将横向图像转换为冠状图像。 但是你可以输入一个
维度名称列表以获取任意维度顺序。

你想要更多！？！ 好吧好吧。 微整形 使所有 minc 库 ICV 操作
在命令行上可用。 对于那些喜欢定义事物的人来说，ICV 就是一个图像
转换变量（不要问我为什么这么称呼它）它基本上可以让你告诉
数据它会是什么样子。 换句话说，它为你做了一堆转换。
这些转换包括改变体素值的类型、范围和归一化，
扩展或收缩图像（通过体素复制或平均）以给出指定的
图像大小，并将矢量图像转换为标量。

为了让您不要感到困惑，让我在这里清楚地告诉您： 细碎形状 做所有的
首先进行 ICV 转换，然后将 hyperslab 和维度重新排序的东西应用于
结果。 所以如果你想把它们混合在一起（比如 -img大小, -开始, -计数),
首先在你的脑海中弄清楚。

好的，请坐稳：这是选项列表。

配置

请注意，可以以缩写形式指定选项（只要它们是唯一的）和
可以在命令行的任何地方给出。

常见问题 选项

-2 创建 MINC 2.0 格式的输出文件。

-破坏者
覆盖现有文件。

-noclobber
不要覆盖现有文件（默认）。

-冗长
打印出复制的每个数据块的进度信息（默认）。 一块
大小不同主要取决于您是否重新订购尺寸和
允许的内部缓冲区有多大。

-安静的 不要打印出进度信息。

-max_chunk_size_in_kb 尺寸
指定复制缓冲区的最大大小（以千字节为单位）。 默认为 4096 KB
（4兆）。

图片 转变 选项 （像素 类型 和 范围）：

类型、符号和有效范围的默认值是使用输入文件的那些。 如果类型是
指定，则符号和有效范围都设置为该类型的默认值。 如果符号是
指定，则有效范围设置为类型和符号的默认值。

-文件类型
不要做任何类型转换（默认）。

-字节 以 8 位整数格式存储输出体素。

-短 以 16 位整数格式存储输出体素。

-int 以 32 位整数格式存储输出体素。

-长 被取代 -int.

-漂浮 以 32 位浮点格式存储输出体素。

-双
以 64 位浮点格式存储输出体素。

-签
将值写为有符号整数（短和长的默认值）。 被忽略
浮点类型。

-未签名
将值写为无符号整数（字节的默认值）。 忽略浮动
点类型。

-有效范围 分钟 最大
在整数表示中指定输出体素值的有效范围。
默认是类型和符号的完整范围。 此选项被忽略
浮点值。

-图像范围 分钟 最大
将图像标准化为给定的最小和最大实际值（不是体素值）。

-标准化
将整个输入文件的图像标准化为真实的最小值和最大值。

-不规范化
不标准化图像（默认）。

-nopixfill
不要转换输入文件中的超出范围的值，只需复制它们即可。

-像素填充
用最小的可能值（默认）替换输入文件中的超出范围的值。

-像素填充值 折扣值
指定新的像素值以替换输入文件中的超出范围的值。

图片 转变 选项 （尺寸 方向 和 尺寸）：

-标量
将矢量图像转换为标量图像（矢量图像是具有 矢量维度
作为变化最快的维度）。 向量维度被删除，值是
平均。

-标量
不要将矢量图像转换为标量图像（默认）。

+方向
翻转图像以提供空间轴的正步长值。 注意翻转
空间轴的数量仅适用于“图像尺寸”。 这是最快的两个
文件中的不同（非矢量）维度。 如果你想翻转一个非图像
尺寸，您可以将其转换为图像尺寸 - 变暗 名称= -1 （
-1 表示不真正改变大小）。 查看示例。

-方向
翻转图像以给出空间轴的负步长值。

-任何方向
不要沿空间轴翻转图像（默认）。

+x方向
翻转图像以给出正 xspace:step 值（从左到右）。

-x方向
翻转图像以给出负 xspace:step 值（从右到左）。

-xany方向
不要沿 x 轴翻转图像。

+y方向
翻转图像以给出正 yspace:step 值（后到前）。

-y方向
翻转图像以给出负 yspace:step 值（前后）。

-yany方向
不要沿 y 轴翻转图像。

+z方向
翻转图像以给出正 zspace:step 值（从劣到优）。

-z方向
翻转图像以给出负 zspace:step 值（从优到劣）。

-滑稽方向
不要沿 z 轴翻转图像。

-保持观望
调整图像大小时保留纵横比。 这意味着体素被复制
（或平均）沿每个图像维度的相同次数。

-nokeepspect
调整图像大小时不要强制保留纵横比（默认）。

-img大小 尺寸
指定所需的图像大小（如果 -行大小 or -colsize 没有给）。

-行大小 尺寸
指定图像中所需的行数。

-colsize 尺寸
指定图像中所需的列数。

- 变暗 尺寸=尺寸
指定命名维度的大小 (尺寸=尺寸）。 请注意，仅调整大小
适用于“图像尺寸”——通常是两个变化最快的（非矢量）
方面。 要进行尺寸调整，所有变化最快的尺寸直到
命名维度转换为图像维度，然后这些维度受
方向选项。 维度名称和大小必须在一个命令行中
参数，所以如果你使用空格（这是可以的），记得使用引号来隐藏它们
从外壳。

重塑 opţiuni:

-横
写出横向切片。

-矢状面
写出矢状切片。

-冠
写出冠状切片。

-二阶 dim1,dim2,dim3，...
指定维度顺序，其中 暗淡？ 是维度的名称。 你可以给
比文件中存在的维度更少：假设它们是变化最快的
输出文件中的尺寸（所以 -横 完全等同于 -二阶
z空间，y空间，x空间）。 同样，名称之间允许有空格，但请记住
用引号将它们从 shell 中隐藏起来。

-调光 暗淡=开始[,数]
指定维度的维度下标范围 暗淡。 如果 数 丢失或
0，则表示为 1，但从输出文件中删除维度（a
计数为 1 将保持大小为 1) 的维度。 一个负 数 意味着翻转数据
沿着那个维度 - 在这种情况下 开始 指定最高体素坐标
对于维度 (-调光 x空间=3,-3 给出了一个翻转的版本
-调光 x空间=1,3）。 选项 -开始 和 -计数 提供另一种方式
指定相同的信息。

-开始 坐标0,坐标1,坐标2，...

指定 hyperslab 的起始角（坐标从变化最慢的
尺寸到最快）。 如果给出的坐标少于存在的维度
文件，则假定它们适用于变化最慢的维度，并且
剩余坐标设置为 0。见 -调光 更多细节。 两个都 -开始 和
-计数 在图像之后给出与输入文件维度相对应的向量
已应用转换 (ICV) 选项。

-计数 size0,size1,size2，...
指定要读取的 hyperslab 的边长（坐标从变化最慢的
尺寸到最快）。 如果给出的尺寸少于文件中存在的尺寸，
然后假设它们适用于变化最慢的维度和其余的
尺寸设置为尺寸的完整尺寸。 看 -调光 ，了解更多详情。
以上皆是 -开始 和 -计数 给出与输入文件维度对应的向量
已应用图像转换 (ICV) 选项。

失踪 data opţiuni:

-无填充
对输入体积之外的点使用零值（默认）。

-充满 对输入体积之外的点使用填充值（最小可能值）。

-填充值 折扣值
为输入体积外的点指定填充值（这是一个真实值，
不是像素值）。

通用 选项 所有 命令：

-救命 打印命令行选项的摘要并退出。

-版
打印程序的版本号并退出。

例子：

假设我们有一个尺寸为 zspace、yspace、xspace（即横向）的体积
和大小 128, 256, 256. 如果我们想从中取出切片 40（保持坐标
zspace 维度的信息），那么我们可以使用

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -dimrange zspace=40,1

或者，我们可以使用

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

或者干脆

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -start 40 -count 1

如果我们想摆脱 zspace 维度，我们可以使用

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -dimrange zspace=40,0

让我们从中间取出一个块并沿 xspace 翻转它：

mincreshape 原始.mnc 新.mnc \
-开始 40,10,240 -计数 1,200,-200

但是为什么要克制自己呢？ 让我们越界：

mincreshape 原始.mnc 新.mnc \
-开始 40,-100,340 -计数 1,200,-200

如果你想要一个矢状体积，使用这个：

mincreshape original.mnc new.mnc -矢状面

一些侧身怎么样 - 翻转 x 和 y。 并转换为字节以节省空间，同时
我们正在：

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -dimorder xspace,yspace -byte

您喜欢按 x,y,z 顺序存储卷（即 z 变化最快！我认识一些人
做！）？ 好的。

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -dimorder xspace,yspace,zspace

但你是一个极简主义者（并且不介意冒险）。 这是同样的事情（但它
可能会中断另一个文件）：

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -dimorder zspace

让我们确保所有维度都具有负步长属性（请参阅选项 +direction
一些细节）：

mincreshape 原始.mnc 新.mnc -方向 -dimsize zspace=-1

使用 onworks.net 服务在线使用 mincreshape