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odinreco - ODIN 序列的自动重建

概要

奥丁雷科 [ 选项 ] -r

商品描述

odinreco：ODIN 序列的自动重建

odinreco 为成像序列（自旋扭曲、
EPI，稀有，...）。 它从获取的信号中检索有关信息
文件“recoInfo”与原始数据一起存储在磁盘上。 记录信息
文件包含有关每个采集窗口的 k 空间位置的信息
(ADC)。 作为输出，odinreco 生成一堆具有不同图像格式的文件
（取决于选项 -f 以及 ODIN 可用的第三方库）。 文件名
每个文件的开头都以给定的输出前缀开头。

配置

-BCW：所有叶片的相关权重与所有叶片的平均值（在图像空间中）

-男朋友: 用于叶片相位校正的滤波器功能（选项=高斯 NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , 默认=NoFilter)

-bfw: 用于叶片相位校正的滤波器函数的宽度。[0.0 (0%) ... 1.0
(100%) 叶片宽度； -1.0 (100%) ...中心宽度的 0.0 (0%)]（默认值=1.0）

-bkf: Blade-keyhole 滤波器函数（及其参数）（options=Gauss NoFilter Triangle
Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp ，默认 = CosSq)

-bkt: Blade-keyhole 过渡宽度（过采样 k 空间中心的分数）
（默认 = 0.20）

-bwf：每个刀片的 kspace 加权的窗口/过滤器功能（选项 = Gauss NoFilter
三角形 Hann Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp ，默认=三角形）

-bww：每个刀片的 kspace 权重的窗口/过滤器宽度（默认值 = 1.0）

-cp: 使用带共轭相位校正的直接傅里叶变换而不是网格化

-dce：用于场漂移计算的 TE，如果非零 [ms]（默认值 = 0.0ms）

-DCS：用于漂移校正的配方中的索引选择字符串（空格分隔的列表
'dim=selection'，例如 te=2)

-DCW: 使用此前缀将字段漂移存储到文件

-dd: 禁用场漂移校正

-df: 转储文件的输出格式（文件扩展名）（默认 = nii）

-dg: 禁用 GRAPPA 插值

- dh: 禁用零差重建

-dm: 禁用基于场图的多频重建

-dp: 转储文件的前缀（默认=./dump）

-ds：禁用切片时间校正

-他: 相对于第一回波平均值的电平，用于设置指数衰减拟合的掩码
（默认 = 0.50）

-f: 空格分隔的输出格式列表（文件扩展名），可能的格式是 '3db
分析 asc coi dat dcm 双浮点 gz hdr idx ima interfile jdx mag mhd nii ph
png pos pro reg s16bit s32bit s8bit smp u16bit u32bit u8bit '（默认= nii）

-ff: k 空间滤波器函数（及其参数）（options=Gauss NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , 默认=NoFilter)

-调频: 从此文件加载场图数据

-fp：过滤平台宽度（0=无平台，1=完整平台）（默认=0.0）

-gd：在自动校准线中丢弃的 k-psace 点的分数，因为高
残差（默认值 = 0.0）

-gp: 用于 GRAPPA 插值的相邻测量 k 空间线的数量
（默认 = 2）

-gr：用于 GRAPPA 插值的读取方向上的邻居数（默认值 = 5）

-gs：用于网格化的网格的比例因子（默认值=1.0）

-gt：存储 GRAPPA 模板图像

-ip：用于对最终图像进行额外处理的命令行参数（默认值=无）

-j：reco 中的并发作业（线程）数（默认值 = 24）

-kg1d: 一维 k 空间网格的核函数（选项=高斯 NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , 默认=Gauss(0.36169))

-kg2d: 一维 k 空间网格的核函数（选项=高斯 NoFilter Triangle Hann
Hamming CosSq Blackman BlackmanNuttall Exp , 默认=Gauss(0.36169))

-kh：钥匙孔重建，例如用于螺旋桨

-ks：存储k空间数据

-kw1d: 1d k 空间网格的内核宽度 [Pixel] (默认 = 4.24264Pixel)

-kw2d: 2d k 空间网格的内核宽度 [Pixel] (默认 = 3.0Pixel)

-mf：多频重建的最大频率数（默认值=256）

-mn: 在滑动窗口最大强度投影中，在每个
方向（默认 = 4）

-先生: 等待黑板数据时重构的最大递归，零表示没有
递归（默认值=100）

-o: 输出文件的前缀（默认=./image）

-pc：使用相位校正组合通道的相位

-pe: 计​​算所有通道的组合相位时幅度加权的指数
（默认 = 0.0）

-pf: FIFO（命名管道）的文件名，从中获取原始数据

流行: 通道组合后 3D 体积的后处理配方（默认 = 空）

-prp: 通道组合前 3D 体积后处理的配方（默认值=空）

-pt: 组合和存储来自所有渠道的阶段时间进程

-pz：用零填充丢失的原始数据（中断的测量）

-qs: 质量控制：检查数据中的峰值

-rd: 将信号数据及其协议转储到具有此前缀的文件中，不重建
图片

-射频: 从这个文件中读取 reco recipe (pipeline layout)

-rp：Reco recipe（流水线布局）

-s: 选择某些尺寸范围（'dim=selection' 的空格分隔列表，例如
切片=3)

-sc：单独存储通道中的图像而不是组合它们

-sp: 除幅度外还存储相位

-sw：滑动窗口重建，例如用于螺旋/螺旋桨

-t1f：使用这种类型的 T1 拟合，可以是“简单”、“幅度”之一（默认值=简单）

-t1l：用于设置 T1 拟合掩码的相对于第一个回波平均值的级别（默认值 = 0.50）

-t1m：T1 拟合上限 [ms]（默认值 = 3000.0ms）

-至: 以秒为单位的 reco 超时，0 = 无限（默认 = 0）

-类型: 图像表示类型 (options=automatic float double s32bit u32bit s16bit
u16bit s8bit u8bit ，默认=自动）

-w方言: 使用给定的格式方言写入数据。 （默认为无方言）

-wp: 将协议单独存储到此文件中。

-zp: 相位方向上最终图像的最小尺寸获得零填充（默认= 0）

-zr: 读取方向上最终图像的最小尺寸获得零填充（默认= 0）

-zs：切片方向上最终图像的最小尺寸获得零填充（默认值=0）

-v 或者用于调试/跟踪所有组件或单个
组件，分别。 日志级别的可能值为：0(noLog)、1(errorLog)、
2（警告日志），3（信息日志）。

-h, - 帮帮我, -救命, - 版 : 打印帮助文本或版本信息

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