oligotm - 云端在线

程序：

您的姓名

oligotm - 在标准输出上打印寡核苷酸的熔化温度

概要

寡核苷酸 [选项] {oligo}

其中 oligo 是 2 到 36 个碱基之间的 DNA 序列

商品描述

寡核苷酸 在标准品上打印给定脱氧核糖核苷酸的熔解温度
输出。 它是 oligotm 库的一部分。

配置

-MV 单价浓度
以 mM 为单位的单价阳离子浓度，默认为 50 mM。

-dv 二价浓度
以 mM 为单位的二价阳离子浓度，默认为 0 mM。

-n dNTP_conc
以 mM 为单位的脱氧核苷酸三磷酸浓度，默认为 0 mM。

-d DNA浓度
以 nM 为单位的 DNA 链浓度，默认为 50 nM。

-tp [0|1]
规定了热力学参数表和熔融温度的方法
计算：

· 0 Breslauer 等人，1986 年和 Rychlik 等人，1990 年（primer3 使用直到和
包括 1.1.0 版）。 这是默认设置，但是 而不去 推荐值。

· 1 使用来自 SantaLucia 1998 的最近邻参数。 本篇 is 此 建议
折扣值.

-sc [0..2]
指定熔解温度计算的盐校正公式：

· 0 Schildkraut 和 Lifson 1965，由primer3 使用，直到并包括1.1.0 版。
这是默认设置，但是 而不去 推荐值。

· 1 圣卢西亚 1998。 本篇 is 此 建议 折扣值.

· 2 Owczarzy 等人，2004 年。

-i
打印对用于热力学计算的出版物的引用。

参考

请在 WWW 上引用 Rozen, S., Skaletsky, H. “Primer3 为一般用户
生物学家程序员。”在 S. Krawetz 和 S. Misener, eds. Bioinformatics Methods and
分子生物学方法系列中的协议。 Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
365-386页。

使用 onworks.net 服务在线使用 oligotm