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pacoxph - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管提供商中运行 pacoxph

这是命令 pacoxph,可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管提供商中运行

程序:

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pacoxph - 使用 Cox 比例风险模型执行全基因组关联分析

概要


帕考夫 [ 命令行 选项 ]

商品描述


帕考夫 以有效的方式对大型插补数据集运行线性回归。

附加选项


其他要求 命令 线 选项
-p, --现象 文件
从中读取表型数据 文件

-一世, - 信息 文件
从中读取 SNP 信息 文件 (例如 MLINFO 文件)。

-d, - 剂量 文件
SNP 预测器(例如 MLDOSE/MLPROB)文件名。

可选 命令 线 选项
-米, - 地图 文件
映射文件名,包含每个 SNP 的碱基对位置。

-n, --nids NUMBER
要分析的人数。

-C, --铬 文件
染色体(要传递到输出)。

-o, - 出去 文件
输出文件名(默认为 回归.out.txt ).

-是的, --跳过 NUMBER
在预测器(剂量/概率)文件中要跳过多少列(默认为 2)。

-t, --特性 NUMBER
分析了多少特征(默认为 2)。

-G, --ngpreds NUMBER
每个标记有多少预测变量列(默认 1 = MLDOSE;否则使用 2 表示 MLPROB)。

-一种, --分离 文件
分隔字段的字符(默认为空格)。

-r, - 分数
使用分数测试。

-e, --无头
不要在输出中报告标题行。

-l ——阿尔科夫
报告所有协变量的估计值(大输出!)。

-b, - 相互作用
用于与 SNP 分析交互的协变量(默认为 no
互动,0)。

-k, --仅交互
喜欢 - 相互作用 但没有与 SNP 相互作用的协变量(默认为
无交互,0)。

- 帮帮我 打印帮助。

使用 onworks.net 服务在线使用 pacoxph


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