phyutility - 云端在线

程序：

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phyutility - 用于操作序列和系统发育的工具

概要

植物效用

商品描述

Phyutility 是一个命令行程序，可以对
树和数据矩阵。

配置

获取有关特定命令使用选项的帮助 -h

指令
树木：

共识
计算共识树。 使用像 -con -t -在-出去
.

兑换
转换树文件。 使用像 -vert -in -出去.

叶刺
叶片稳定性指数计算。 使用像 -ls -in .

移动
血统移动计算。 使用像 -lm -names -树
-在-出去.

修剪
修剪血统。 使用像 -pr -names -在-出去.

重新root
重新植树。 使用像 -rr -names -在-出去.

薄
薄树。 使用像 -tt # -in -出去.

树栖
支持一组树。 使用像 -ts -tree -在-出去.

序列：

清洁
根据阈值修剪序列。 使用像 -clean # -in -出去-aa
.

CONCAT
连接对齐。 使用像 -concat -in -出去-aa
力aa>。

比格特
从 NCBI 获取 seqs。 对于选项运行 phyutility -h ncbiget。

NCBI搜索
搜索 NCBI。 对于选项运行 phyutility -h ncbisearch。

解析
解析基因库结果。 对于选项运行 phyutility -h 解析。

例

phyutility -con -t 0.5 -in testall.tre -out test.con
将 testall.tre 中的树集合与小于 0.5 的折叠分支一致
频率。

phyutility -vert -in test.tre -out testvert.nex
将 test.tre 中的 newick 树文件转换为 testvert.nex 中的 nexus。

phyutility -concat -in test.aln test2.aln -out testall.nex
在 testall.nex 中将 2 个对齐文件连接到 nexus。

使用 onworks.net 服务在线使用 phyutility