plastimatch - 云端在线

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plastimatch - 注册、转换、扭曲或处理图像

概要

塑料匹配 命令 [选项]

商品描述

plastimatch 可执行文件用于对 2D 或 3D 图像进行各种操作，
包括图像配准、变形、重采样和文件格式转换。 表格
选项取决于给定的命令。 可以看到可能的命令列表
通过简单地输入“plastimatch”而无需任何额外的命令行参数：

$ 塑料匹配
plastimatch 版本 1.6.0-beta (5023)
用法：plastimatch 命令[选项]
命令：
添加调整平均边界裁剪
比较组合转换骰子差异
dmap dvh 填充过滤器伽马
头雅可比 mabs 面具探针
注册重新采样比例段统计信息
synth 合成器-vf 阈值缩略图联合
warp xf 转换

有关特定命令的详细用法，请键入：
塑料匹配命令

塑料匹配 地址

这款 加 命令用于将一个或多个图像添加在一起并创建输出图像。
输入图像的贡献可以用权重向量加权。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch add [options] input_file [input_file ...]
选项：
--average 产生一个输出文件，它是
输入文件（如果未指定权重），或
将权重乘以 1/n
- 输出输出图像
- 重量指定权重向量； 图像是
在添加它们之前乘以重量
价值观

例子
将文件 01.mha、02.mha 和 03.mha 相加，并将结果保存在文件中
output.mha，可以运行以下命令：

plastimmatch 添加--输出 output.mha 01.mha 02.mha 03.mha

如果您希望 output.mha 为 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha，那么您应该
做这个：

塑料匹配添加\
--输出输出.mha \
--权重 "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

塑料匹配 调整

这款 调整 命令用于调整图像内的强度值。 调整
可用的操作是截断和线性缩放。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch Adjust [选项]
证据需求：
- 输入输入目录或文件名
- 输出输出图像
可选的：
--pw-线性形成分段线性的字符串
从输入值映射到输出值，
形式为“in1,out1,in2,out2,...”

调整命令可用于对图像进行分段线性调整
强度。 --pw-linear 选项用于从输入强度创建映射
输出强度。 曲线中的输入强度必须从左到
就在字符串中，但输出强度是任意的。

低于第一对或最后一对之后的输入强度被转换为
以 +1 的斜率将曲线外推到无穷大。 不同的斜率可能是
通过指定的特殊输入值指定为正无穷大或负无穷大
-inf 和 +inf。 在这种情况下，该对中的第二个数字是曲线的斜率，而不是
输出强度。

例子
以下命令将向图像中的所有体素添加 100：

塑料匹配调整\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--pw-线性“0,100”

以下命令执行相同的操作，但明确指定了斜率
外推区：

塑料匹配调整\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--pw-linear "-inf,1,0,100,inf,1"

以下命令将输入​​截断到 [-1000,+1000] 的范围内：

塑料匹配调整\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

塑料匹配 平均

这款 命令用于计算多个输入图像的（加权）平均值。
它和plastimatch一样 加 命令，指定了 --average 选项。
请参阅 塑料匹配 加 用于命令行参数列表。

例如：
以下命令将计算三个输入图像的平均值：

塑性平均\
--输出输出文件.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

塑料匹配 自动标签

这款 自动贴标签 命令是一个实验程序，它使用机器学习来识别
CT扫描中的胸椎。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch autolabel [选项]
选项：
-h, --help 显示此帮助信息
- 输入输入图像文件名（必填）
- 网络输入经过训练的网络文件名（必需）
- 输出输出 csv 文件名（必需）

塑料匹配 边界

这款 边界 命令将一个二值标签图像作为输入，并生成一个图像
图像边界作为输出。 边界定义为标签内的体素
在标签外有相邻的体素。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 边界 [选项] input_file
证据需求：
- 输出输出图像的文件名

塑料匹配 作物

这款 作物 命令裁剪出输入文件的矩形部分，并保存该部分
到输出文件。 命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 裁剪 [选项]
证据需求：
--输入=图像输入
--输出=图像输出
--voxels="x-min x-max y-min y-max z-min z-max"（整数）

体素从零开始索引。 换句话说，如果图像的大小为 M
imes N imes P，x 值应介于 0 和 M-1 之间。

例如：
以下命令选择大小为 10 imes 10 imes 10 的区域，其中包含第一个体素
输出图像位于输入图像的位置 (5,8,12)：

塑料匹配作物\
--输入.mha \
--输出输出.mha \
--体素“5 14 8 17 12 21”

塑料匹配 比较

这款 比较 命令通过从另一个文件中减去一个文件来比较两个文件，并且
差异图像的上报统计。 两个输入文件必须相同
几何（原点、尺寸和体素间距）。 命令行用法如下所示
如下：

用法：plastimatch 比较 image_in_1 image_in_2

例如：
以下命令从 synth_2 中减去 synth_1，并报告统计信息：

$ plastimatch 比较 synth_1.mha synth_2.mha
最小值 -558.201904 AVE 7.769664 最大值 558.680847
梅 85.100204 MSE 18945.892578
DIF 54872 编号 54872

报告的统计数据解释如下：

MIN 差异图像的最小值
AVE 差异图像的平均值
MAX 差异图像的最大值
MAE 差分图像的平均平均值
MSE 图像之间的均方差
DIF 不同强度的像素数
NUM 差异图像中的体素总数

塑料匹配 撰写

这款 撰写 命令用于组合两个转换。 命令行用法如下所示
如下：

用法：plastimatch compose file_1 file_2 outfile

注意：先应用file_1，然后应用file_2。
输出文件 = 文件_2 o 文件_1
x -> x + file_2(x + file_1(x))

变换可以是任何类型，包括平移、刚性、仿射、itk B 样条、
本机 B 样条或矢量场。 输出文件始终是一个向量场。

还有一个限制是至少一个输入文件必须是
本机 B 样条或矢量场。 此限制是必需的，因为这就是
选择输出矢量场的分辨率和体素间距。

例如：
假设我们想用向量场 (vf.mha) 组合一个刚性变换 (rigid.tfm)，
使得输出变换等效于首先应用刚性变换，并且
第二个向量场。

plastimatch composerigid.tfm vf.mha composition_vf.mha

塑料匹配 CONVERT

这款 兑换 命令用于将文件从一种格式转换为另一种格式。 作为一部分
在转换过程中，它还可以应用（线性或可变形）几何变换
到输入图像。 实际上， 兑换 只是一个别名 经 命令。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 转换 [选项]
选项：
- 算法用于变形的算法，或者
“itk”或“native”，默认为native
--ctatts ct 属性文件（由 dij warper 使用）
- 默认值为未知像素设置的值
值，默认为 0
--dicom-with-uids 设置为 false 以从创建中删除 uid
dicom 文件名，默认为 true
--dif dif 文件（由 dij warper 使用）
- 暗淡体素中输出图像的大小“x [yz]”
--方向余弦
x、y 和 z 轴的方向； 指定
无论是预设值，
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} 或 9
数字矩阵字符串“abcdefghi”
--剂量规模按此值缩放剂量
- 固定的固定图像（将输出大小与此匹配
图片）
- 输入输入目录或文件名； 可以是
图像、结构集文件（cxt 或
dicom-rt), 剂量文件 (dicom-rt,
monte-carlo 或 xio)、dicom 目录，或
xio目录
--input-cxt 输入一个 cxt 文件
--input-dose-ast 输入一个星形剂量体积
--input-dose-img 输入剂量体积
--input-dose-mc 输入蒙特卡罗音量
--input-dose-xio 输入 xio 剂量体积
--输入前缀输入结构集目录
图像（每个文件一张图像）
--input-ss-img 输入一个结构集图像文件
--input-ss-list 输入一个结构集列表文件
包含名称和颜色
--插值重采样时使​​用的插值，
最近邻居的“nn”或
“线性”为三线性，默认为
线性
--元数据患者元数据（您可以使用这个
选项多次），选项已写入
如“XXXX，YYYY=字符串”
--模态模态元数据：例如 {CT, MR, PT},
默认为 CT
- 起源第一个图像体素的位置 mm "xy
z"
--输出颜色图创建一个可以使用的颜色图文件
带3d切片机
--output-cxt 输出一个 cxt 格式的结构集文件
--output-dicom 创建一个包含 dicom 的目录和
dicom-rt 文件
--output-dij 创建一个 dij 矩阵文件
--output-dose-img 创建剂量图像体积
--输出-img 输出图像； 可以是 mha, mhd, nii,
nrrd 或 ITK 支持的其他格式
--output-labelmap 为每个创建一个结构集图像
体素标记为单一结构
--输出点集创建一个可以使用的点集文件
带3d切片机
--输出前缀创建一个带有单独图像的目录
对于每个结构
--输出前缀-fcsv
使用单独的 fcsv 创建一个目录
每个结构的点集文件
--output-ss-img 创建一个结构集图像
允许重叠结构
--output-ss-list 创建结构集列表文件
包含名称和颜色
--输出类型输出图像的类型，{uchar,
短，浮动，...}
--输出-vf 从输入 xf 创建一个向量场
--输出-xio 创建一个包含 xio-format 的目录
档
--患者编号患者 ID 元数据：字符串
- 患者姓名患者姓名元数据：字符串
--患者位置患者位置元数据：其中之一
{hfs,hfp,ffs,ffp}
--前缀格式光栅化结构的文件格式，
“mha”或“nrrd”
--prune-empty 从输出中删除空结构
--引用-ct dicom 目录用于设置 UID 和
元数据
--系列说明
系列描述元数据：字符串
--simplify-perc 删除顶点的百分比
从输出折线
- 间距以毫米为单位的体素间距“x [yz]”
--version 显示程序版本
--xf 用于扭曲图像的输入变换
--xor-contours 重叠轮廓应该异或
而不是 or'd

例子
第一个示例演示如何将 DICOM 卷转换为 NRRD。 DICOM 图像
构成卷的文件必须存储在单个目录中，在本例中为
称为“dicom-in-dir”。 因为没有指定 --output-type 选项，输出
类型将与输入 DICOM 卷的类型匹配。 输出文件的格式
(NRRD) 由文件扩展名决定。

塑料匹配转换\
--输入dicom-in-dir \
--output-img 输出文件.nrrd

此示例进一步将图像强度的类型转换为浮动。

塑料匹配转换\
--输入dicom-in-dir \
--output-img 输出文件.nrrd \
--输出型浮点数

下一个示例显示如何将输出图像重新采样为不同的几何图形。 这
--origin 选项设置图像的第一个体素（的中心）的位置，
--dim 选项设置体素数，--spacing 选项设置体素之间的距离
体素。 原点和间距的单位假定为毫米。

塑料匹配转换\
--输入dicom-in-dir \
--output-img 输出文件.nrrd \
--origin "-200 -200 -165" \
--dim "250 250 110" \
--spacing "2 2 2.5"

一般来说，手动指定输出文件的几何形状很繁琐。 如果
您想将输出文件的几何形状与现有文件匹配，您可以执行此操作
使用 --fixed 选项。

塑料匹配转换\
--输入dicom-in-dir \
--output-img 输出文件.nrrd \
--固定参考.nrrd

下一个示例展示了如何使用以下命令将 DICOM RT 结构集文件转换为图像
--output-ss-img 选项。 因为 DICOM RT 中的结构是折线，所以它们是
光栅化以创建图像。 输出图像的体素是 32 位整数，其中
如果体素位于相应的整数中，则每个整数的第 i 位的值为 XNUMX
结构，如果体素位于结构之外，则值为零。 结构名称
使用 --output-ss-list 选项存储在单独的文件中。

塑料匹配转换\
--输入结构.dcm \
--output-ss-img 输出文件.nrrd \
--output-ss-list 输出文件.txt

在前面的示例中，未指定输出文件的几何形状。 当。。。的时候
未指定 DICOM RT 结构集的几何形状，假定与几何形状匹配
与轮廓相关的 DICOM CT 图像。 如果关联的 DICOM CT 图像是
和结构集文件在同一个目录下，会自动找到。
否则，我们必须使用 --dicom-dir 选项告诉 plastimatch 它所在的位置。

塑料匹配转换\
--输入结构.dcm \
--output-ss-img 输出文件.nrrd \
--输出-ss-list outfile.txt \
--dicom-dir ../ct-目录

塑料匹配 DICE

塑料比赛 骰子 使用 Dice 系数，Hausdorff 比较二值标签图像
距离，或等高线平均距离。 输入图像被视为布尔值，其中
非零值意味着体素在结构内部，零值意味着
体素在结构之外。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch dice [options] reference-image test-image
选项：
--all 计算 Dice、Hausdorff 和轮廓均值
距离（相当于 --dice --hausdorff
--轮廓平均值）
--contour-mean 计算轮廓平均距离
--dice 计算骰子系数（默认）
--hausdorff 计算 Hausdorff 距离和平均 Hausdorff
距离

例如：
以下命令计算 mask1.mha 和 mask2.mha 的所有三个统计信息：

塑料匹配骰子 --all mask1.mha mask2.mha

塑料匹配 DIFF

塑料比赛 差异 命令从另一个图像中减去一个图像，并将输出保存为
新图片。 两个输入文件必须具有相同的几何形状（原点、尺寸和体素
间距）。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch diff image_in_1 image_in_2 image_out

例如：
以下命令计算file1.nrrd减去file2.nrrd，并将结果保存在
输出文件.nrrd：

plastimatch 差异 file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

塑料匹配 地图

塑料比赛 地图 命令将二进制标签图像作为输入，并创建一个距离
映射图像作为输出。 输出图像具有相同的图像几何形状（原点、
尺寸，体素间距）作为输入图像。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch dmap [选项]
证据需求：
- 输入输入目录或文件名
- 输出输出图像
可选的：
- 算法一个字符串，指定使用的算法
对于距离图计算，要么
“毛雷尔”、“danielsson”或“itk-danielsson”
（默认为“丹尼尔森”）
--inside-positive 结构内的体素应该是
正（默认情况下它们是负的）
--最大距离
距离大于此的体素
number 的距离将被截断为
这个号码
--squared-distance 返回平方距离而不是
距离

例如：
以下命令从二进制标签图图像计算距离图文件 dmap.nrrd
标签.nrrd.:

plastimatch dmap --输入标签.nrrd --输出 dmap.nrrd

塑料匹配 DRR

该命令正在建设中。

塑料匹配 DVH

这款 录像带 命令从给定的剂量图像和结构创建剂量值直方图 (DVH)
设置图像。 命令行用法给出如下：

用法：plastimatch dvh [选项]
--input-ss-img 文件
--input-ss-list 文件
--输入剂量文件
--output-csv 文件
--输入单位 {gy,cgy}
--累积
--num-bins
--bin-宽度

所需的输入是--input-dose、--input-ss-img、--input-ss-list 和--output-csv。
输入剂量的单位必须是 Gy 或 cGy。 将生成 DVH bin 值
对于在结构集文件中找到的所有结构。 输出将生成为
ASCII csv 格式的电子表格文件，可由 OpenOffice.org 或 Microsoft Excel 读取。

默认是差分（标准）直方图，而不是累积 DVH
在放疗中最为常见。 要创建累积 DVH，请使用 --cumulative 选项。

默认是创建 256 个 bin，每个 bin 的宽度为 1 Gy。 您可以调整这些值
使用 --num-bins 和 --bin-width 选项。

例如：
要为单个 2 Gy 部分生成 DVH，我们可能会选择 250 个 bin，每个 bin 宽度为 1
cGy。 如果输入剂量已在 cGy 中指定，您将使用以下命令：

塑料匹配dvh \
--input-ss-imgstructures.mha \
--input-ss-liststructures.txt \
--input-dose 剂量.mha \
--输出-csv dvh.csv \
--输入单位 cgy \
--num-bins 250 \
--bin 宽度 1

塑料匹配 填

这款 填 命令用于以恒定强度填充图像区域。 该区域
填充由蒙版文件定义，蒙版图像中具有非零强度的体素
被填满。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 填充 [选项]
选项：
- 输入输入目录或文件名； 可以是图像
或 dicom 目录
- 面具遮罩图像的输入文件名
--掩码值为掩码内的像素设置的值（对于
“填充”），或面具外（对于“面具”
- 输出输出文件名（用于图像文件）或目录
（用于 dicom）
- 输出格式arg 应该是 dicom 输出的“dicom”
--输出类型输出图像的类型，{uchar、short、
漂浮， ...}

例子
假设我们有一个文件前列腺.nrrd，它在前列腺外为零，并且非零
前列腺内部。 我们可以用 1000 的强度填充前列腺，同时离开
使用以下命令将非前列腺区域与其原始强度。

塑料匹配填充\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--掩码值 1000 \
--mask 前列腺.nrrd

塑料匹配 FILTER

这款 过滤 命令将过滤器应用于输入图像，并创建过滤后的图像作为其
输出。 过滤器可以是内置的，也可以是自定义的。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 过滤器 [选项] input_image
选项：
--gabor-k-fib 在索引 i 内选择 Gabor 方向
长度为 n 的斐波那契螺线； 指定为
"in" 其中 i 和 n 是整数，而 i 是
0 到 n-1 之间
--高斯宽度均匀高斯的宽度（以毫米为单位）
平滑滤波器
- 核心内核映像文件名
- 输出输出图像文件名
--输出内核输出内核文件名
- 图案过滤器类型：{gabor, gauss, kernel},
默认为高斯

支持的内置过滤器是“gabor”和“gauss”。 对于高斯，宽度
可以使用 --gauss-width 选项控制高斯。 Gabor 滤波器目前是
仅限于过滤器方向的自动选择，其间隔准均匀
单位球体。 自定义过滤器是通过提供一个内核文件来指定的，它是
与图像卷积。

例如：
下面的命令将从一个内的第一个 gabor 过滤器生成一个过滤后的图像
10 个滤波器组。：

plastimatch 过滤器 --pattern gabor 测试/rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha

塑料匹配 GAMMA

这款 伽玛 命令使用所谓的伽马标准比较两个图像。 伽马
标准指定图像在参考图像内的给定位置相似
如果在比较图像附近存在具有相似强度的体素。 无论是本地
可以使用此命令执行伽马和全局伽马。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch gamma [选项] image_1 image_2
选项：
--分析阈值
浮动剂量的分析阈值（对于
例如，输入 0.1 以应用 10%
参考剂量）。 最终阈值剂量
(Gy) 是通过乘以这个来计算的
值和给定的参考剂量（或
如果未给予最大剂量）。 （默认是
0.1）
--compute-full-region 使用此选项，完整的伽马图将被
在整个图像区域生成
（即使是低剂量地区）。 这是
建议不要使用此选项
加快计算速度。 它没有
对伽马通过率的影响。
--剂量耐受性剂量的比例系数
区别。 （例如，如果您想输入 0.02
应用 2% 剂量差异标准）
（默认值为0.03）
--dta-tolerance 协议距离 (DTA) 缩放
以毫米为单位的系数（默认为 3）
--gamma-max 要计算的伽马最大值；
较小的值运行得更快（默认为
2.0）
--固有重采样
间距值 [mm]。 参考资料
图像本身将由此重新采样
值（注意：将比较图像重新采样为
ref-image 已经是固有的）。 如果 arg
0，此选项被禁用。 （默认是
-1.0）
--interp-search 有了这个选项，智能插值
搜索将用于附近的点
参照点。 这将消除
精细重采样的需要。 然而，它
将需要更长的时间来计算。
--local-gamma 使用此选项，剂量差异为
根据局部剂量计算
区别。 否则，给定的参考
将使用剂量，这称为
全球伽马。
- 输出输出图像
--output-failmap 二进制伽马评估的文件路径
结果。
--输出文本伽马评估的文本文件路径
结果。
--参考剂量处方剂量 (Gy) 用于
计算剂量耐受性； 如果没有指定，
那么参考体积中的最大剂量是
用过的
--resample-nn 使用此选项，最近的邻居将
用于代替线性插值
在将比较图像重新采样到
参考图像。 不推荐用于
更好的结果。

例如：
伽马图像是使用默认参数从两个输入图像生成的。 这会
是全局伽马，使用参考图像的最大强度作为伽马
归一化值。：

塑料匹配伽马 --output gamma.mha \
参考-image.mha 比较-image.mha

塑料匹配 HEADER

这款 头 命令用于显示有关卷的简单属性，例如
图像数据类型和图像几何。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch header [options] input_file [input_file ...]
选项：
-h, --help 显示此帮助信息
--version 显示程序版本

例如：
我们可以显示任何支持的文件类型的几何图形，例如 mha、nrrd 或 dicom。 我们
可以运行如下命令：

$ plastimatch 头输入.mha
类型 = 浮动
飞机 = 1
原点 = -180 -180 -167.75
尺寸 = 512 512 120
间距 = 0.7031 0.7031 2.5
方向 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

从header信息中，我们看到图像有120个切片，每个切片为512 x
512 像素。 切片间距为 2.5 mm，面内像素间距为 0.7031 mm。

塑料匹配 雅各比安

这款 雅各比安 命令计算向量场的雅可比行列式。 要么
可以计算雅可比行列式图像或其汇总统计量。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch jacobian [选项]
选项：
- 输入图像的输入目录或文件名
--输出-img 输出图像； 可以是 mha, mhd, nii, nrrd,
或 ITK 支持的其他格式
--输出统计输出统计文件； .txt 格式

例如：
要从矢量场文件 vf.mha 创建雅可比行列式图像，请运行以下命令：

塑料匹配雅可比\
--输入vf.mha --输出-img vf_jac.mha

塑料匹配 单克隆抗体

这款 单克隆抗体 命令执行基于多图谱的分割 (MABS) 操作。 命令
可以在几种训练模式中的一种或分段模式下运行。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch mabs [选项] command_file
选项：
--atlas-selection 只运行图集选择
--转换预处理图集
- 输出执行时输出（非dicom）目录
细分
--output-dicom 执行时输出 dicom 目录
分割
--pre-align 预处理图集
- 部分使用 mabs 对指定图像进行分割
或目录
--train 执行完整的训练以找到最好的
配准和分割参数
--train-atlas-selection run 只是训练图集选择
--train-registration 执行有限的训练以找到
仅最佳配准参数

在运行 mabs 命令之前，您必须创建一个配置文件，并且您必须
将您的训练数据排列成正确的目录格式。 完整描述
命令文件的语法和用法示例，请参考 mabs_指南 和
segment_command_file_reference.

塑料匹配 MASK

这款 面膜 命令用于以恒定强度填充图像区域。 该区域
填充由蒙版文件定义，蒙版图像中强度为零的体素为
填充。 因此，它是倒数 填 命令。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 掩码 [选项]
选项：
- 输入输入目录或文件名； 可以是
图像或 dicom 目录
- 面具遮罩图像的输入文件名
--掩码值为掩码内的像素设置的值（对于
“填充”），或面具外（对于“面具”
- 输出输出文件名（用于图像文件）或
目录（用于 dicom）
- 输出格式arg 应该是 dicom 输出的“dicom”
--输出类型输出图像的类型，{uchar、short、
漂浮， ...}

例子
假设我们有一个名为patient.nrrd的文件，它在患者之外为零，并且
患者体内非零。 如果我们想用
值 -1000，我们使用以下命令。

塑料口罩\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--否定掩码\
--掩码值-1000 \
--mask 病人.nrrd

塑料匹配 机器学习转换

待写。

塑料匹配 探测

塑料比赛 探测器 命令用于检查图像强度或矢量场
体积内一个或多个位置的位移。 探头位置可以是
在世界坐标（以毫米为单位）中指定，使用 --location 选项，或作为图像索引
使用 --index 选项。 如果位置或索引位于，则对其进行线性插值
体素之间。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 探针 [选项] 文件
选项：
-i, --index 体素索引列表，例如
“ijk；ijk；……”
-l, --location 空间位置列表，例如
“ijk；ijk；……”

该命令将为每个请求的探测输出一行。 每条输出线包括
以下字段。：

PROBE# 探针编号，从零开始
INDEX 探针的（分数）位置作为体素索引
LOC 探针在世界坐标中的位置
VALUE 强度（对于体积）或位移
（对于向量场）

例如：
我们使用 index 选项查看坐标 (2,3,4) 处的图像强度，以及位置
查看两个不同位置的图像强度的选项：

质体匹配探针 \
--index "2 3 4" \
--location "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
输入文件

输出将包括三个探测结果。 每个探针显示探针索引，体素
指数、体素位置和强度。

0：2.00、3.00、4.00； -22.37、-21.05、-19.74； -998.725891
1：19.00、19.00、19.00； 0.00, 0.00, 0.00; -0.000197
2：19.38、19.38、19.38； 0.50, 0.50, 0.50; -9.793450

塑料匹配 报名注册

塑料比赛 寄存器 命令用于执行线性或可变形的配准
两个图像。 命令行用法给出如下：

用法：plastimatch register command_file

命令文件是一个普通的文本文件，它包含一个全局部分和一个
或更多阶段部分。 全局部分以仅包含字符串的行开始
“[GLOBAL]”，每个阶段都以包含字符串“[STAGE]”的行开头。

global 部分用于设置输入文件、输出文件和全局参数，而
每个阶段部分定义了一个连续的处理阶段。 对于一个完整的
命令文件语法说明，请参考
注册_命令_文件_参考.

例子
如果您想使用 B 样条注册注册 image_2.mha 以匹配 image_1.mha，
像这样创建一个命令文件：

# 命令文件.txt
[全球的]
固定=image_1.mha
移动=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[阶段]
xform=b样条线
impl=plastimmatch
线程=openmp
最大数量=30
正则化_lambda=0.005
网格空间=100 100 100
资源=4 4 2

然后，像这样运行注册：

塑料匹配寄存器 command_file.txt

上面的例子只执行了一个注册阶段。 如果你想做
多阶段注册，使用多个 [STAGE] 部分。 像这样：

# 命令文件.txt
[全球的]
固定=image_1.mha
移动=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficients.txt

[阶段]
xform=b样条线
impl=plastimmatch
线程=openmp
最大数量=30
正则化_lambda=0.005
网格空间=100 100 100
资源=4 4 2

[阶段]
最大数量=30
网格空间=80 80 80
资源=2 2 1

[阶段]
最大数量=30
网格空间=60 60 60
资源=1 1 1

有关更多示例，请参阅 图像_注册_指南.

塑料匹配 重新采样

这款 重新采样 命令可用于更改图像的几何形状。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch resample [选项]
必需：--input=file
--输出=文件
可选：--subsample="xyz"
--fixed=文件
--origin="xyz"
--spacing="xyz"
--size="xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--interpolation={nn, 线性}
--default_val=值

例如：
我们可以使用 --subsample 选项将整数个体素合并为单个体素。
例如，如果我们想将一个大小为 3x3x1 体素的立方体合并为一个体素，我们会
请执行下列操作。

塑料匹配重采样 \
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--子样本“3 3 1”

塑料匹配 规模

这款 规模 命令通过将每个体素乘以常数来缩放图像或矢量场
计算值。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch scale [options] input_file
选项：
- 输出输出图像或矢量场的文件名
- 重量通过这个缩放输入图像或向量场
价值（浮动）

例如：
此命令创建一个图像强度（或体素长度）两倍大的输出文件
作为输入值：

platimatch scale --output output.mha --weight 2.0 input.mha

塑料匹配 段

这款 段 命令执行简单的基于阈值的分割。 命令行用法是
给出如下：

用法：plastimatch 段 [选项]
选项：
-h, --help 显示此帮助信息
- 输入输入图像文件名（必填）
--下限较低的阈值（包括体素
高于此值）
--output-dicom 输出 dicom 目录（用于 RTSTRUCT）
--输出-img 输出图像文件名
--上限上限阈值（包括体素
低于此值）

例如：
假设我们有一个水箱的 CT 图像，我们希望创建一个图像
有水的地方，有空气的地方为零。 然后我们可以这样做：

塑料匹配段\
--输入水.mha \
--output-img 水标签.mha \
--下限-500

如果我们想创建一个 DICOM-RT 结构集，我们应该指定一个 DICOM 图像
作为输入。 这将允许 plastimatch 使用正确的患者创建 DICOM-RT
姓名、患者 ID 和 UID。 输出文件将被称为“ss.dcm”。

塑料匹配段\
--输入 water_dicom \
--输出-dicom water_dicom \
--下限-500

塑料匹配 统计资料

plastimatch stats 命令将有关图像的一些基本统计信息显示在
屏幕上。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 统计文件 [文件 ...]

输入文件可以是 2D 投影图像、3D 体积或 3D 矢量场。

例如：
以下命令显示 3D 体积 synth_1.mha 的统计信息。

$ plastimmatch stats synth_1.mha
最小值 -999.915161 AVE -878.686035 最大值 0.000000 NUM 54872

报告的统计数据解释如下：

MIN 图像中的最小强度
AVE 图像中的平均强度
MAX 图像中的最大强度
NUM 图像中的体素数

例如：
以下命令显示 3D 矢量场 vf.mha 的统计信息：

$ plastimatch 统计数据 vf.mha
最小值：0.000 -0.119 -0.119
平均值：13.200 0.593 0.593
最大值：21.250 1.488 1.488
平均绝对值：13.200 0.594 0.594
能量：MINDIL -6.79 MAXDIL 0.166 MAXSTRAIN 41.576 TOTSTRAIN 70849
最小扩张时间：(29 19 19)
雅可比：MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
Min abs 雅可比在：（28 36 36）
二阶导数：MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
整合机 1.524e+06
最大二阶导数：(29 36 36)

“Min, Mean, Max, and Mean abs”对应的行各有三个数字，
对应于 x、y 和 z 坐标。 因此，他们计算这些统计数据
每个矢量方向分开。

其余统计数据说明如下：

MINDIL 最小膨胀
MAXDIL 最大膨胀
MAXSTRAIN 最大应变
TOTSTRAIN 总应变
MINJAC 最小雅可比行列式
MAXJAC 最大雅可比行列式
MINABSJAC 最小绝对雅可比行列式
MINSECDER 最小二阶导数
MAXSECDER 最大二阶导数
TOTSECDER 总二阶导数
INTSECDER 积分二阶导数

塑料匹配 合成器

这款 合成器 命令创建一个合成图像。 以下类型的图像可以
创建，通过指定适当的 --pattern 选项。 这些模式中的每一个都带有
可用于测试的合成结构集和合成剂量。

· 甜甜圈——一个甜甜圈形状的结构

· gauss -- 高斯模糊

· grid -- 一个3D网格

· 肺——带有肿瘤的合成肺

· rect -- 统一背景内的统一矩形

· 球体——均匀背景内的均匀球体

· xramp -- 在 x 方向上线性变化强度的图像

· yramp -- 在 y 方向上线性改变强度的图像

· zramp -- 在 z 方向上线性变化强度的图像

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch synth [选项]
选项：
- 背景背景区域强度
--圆柱中心圆柱中心位置 mm "x [y
z]"
--圆柱半径圆柱体尺寸 mm "x [yz]"
--dicom-with-uids 设置为 false 以从创建中删除 uid
dicom 文件名，默认为 true
- 暗淡体素中输出图像的大小“x [yz]”
--方向余弦
x、y 和 z 轴的方向； 指定
无论是预设值，
{identity,rotated-{1,2,3},sheared} 或 9
数字矩阵字符串“abcdefghi”
--甜甜圈中心甜甜圈中心位置 mm "x [yz]"
--甜甜圈半径甜甜圈的大小（毫米）“x [yz]”
--甜甜圈圈甜甜圈圈的数量（2 个圈用于
传统甜甜圈）
--剂量中心以 mm "xyz" 为单位的剂量中心位置
--剂量大小剂量孔径尺寸 mm "x [y
z]"，或矩形角的位置
毫米“x1 x2 y1 y2 z1 z2”
- 固定的固定图像（将输出大小与此匹配
图片）
- 前景前景区域强度
--gabor-k-fib 在索引 i 内选择 Gabor 方向
长度为 n 的斐波那契螺线； 指定的
作为“in”，其中 i 和 n 是整数，并且
i 在 0 和 n-1 之间
--高斯中心高斯中心的位置 mm "x [y
z]"
--高斯标准以毫米为单位的高斯宽度“x [yz]”
--grid-pattern 体素中的网格图案间距“x [yz]”
- 输入输入图像（将合成图案添加到
现有图像）
--肺肿瘤位置肿瘤位置 mm "z" 或 "xyz"
--元数据患者元数据（您可以使用这个
多次选择）
--噪音均值高斯噪声的平均强度
--noise-std 高斯噪声的标准偏差
- 起源第一个图像体素的位置 mm "xy
z"
- 输出输出文件名
--output-dicom 输出 dicom 目录
--output-dose-img 输出剂量图像的文件名
--output-ss-img 输出结构集图像的文件名
--output-ss-list 包含输出文件的文件名
结构名称
--输出类型输出图像的数据类型：{uchar,
短，ushort，ulong，浮动}，默认是
浮动
--患者编号患者 ID 元数据：字符串
- 患者姓名患者姓名元数据：字符串
--患者位置患者位置元数据：其中之一
{hfs,hfp,ffs,ffp}
- 图案要创建的合成图案：{圆柱体，
甜甜圈，剂量，gabor，高斯，网格，肺，
噪声，矩形，球体，xramp，yramp，
zramp}，默认为高斯
--半影剂量半影宽度（mm）
--rect-size 以毫米为单位的矩形宽度“x [yz]”，或
矩形角的位置 mm "x1
x2 y1 y2 z1 z2"
- 间距以毫米为单位的体素间距“x [yz]”
--球体中心以毫米“xyz”为单位的球心位置
--球体半径以毫米为单位的球体半径“x [yz]”
--音量大小以毫米为单位的输出图像大小“x [yz]”

例子
创建一个立方体水体模型 30 x 30 x 40 cm，在水的中心位置为零
表面：

塑料匹配合成器\
--pattern 矩形 \
--输出 water_tank.mha \
--rect-size "-150 150 0 400 -150 150" \
--origin "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--spacing "1 1 1" \
--dim "500 500 300"

创建具有两个不同肿瘤位置的肺体模，并输出到 dicom：

塑料匹配合成器\
--pattern 肺 \
--output-dicom 肺吸入 \
--lung-tumor-pos "0 0 10"
塑料匹配合成器\
--pattern 肺 \
--output-dicom 肺呼气 \
--lung-tumor-pos "0 0 -10"

塑料匹配 合成音

这款 合成器-vf 命令创建一个合成向量场。 以下几种载体
可以通过指定适当的选项来创建字段。

· gauss -- 高斯扭曲

·radial——径向膨胀或收缩

· 翻译——统一翻译

· 零——处处为零的向量场

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch synth-vf [选项]
选项：
- 暗淡体素中输出图像的大小“x [yz]”
--方向余弦
x、y 和 z 轴的方向； 指定
任一预设值，{身份，
旋转-{1,2,3}，剪切}，或 9 位
矩阵字符串“abcdefghi”
- 固定的用于设置图像大小的输入图像
产量
--高斯中心高斯扭曲中心的位置“x [y
z]"
--gauss-mag 高斯扭曲的位移幅度
毫米“x [yz]”
--高斯标准以毫米为单位的高斯标准宽度“x [yz]”
- 起源第一个图像体素的位置 mm "xy
z"
- 输出输出文件名
--径向中心径向经线中心位置"x [y
z]"
--radial-mag 径向翘曲的位移大小
毫米“x [yz]”
- 间距以毫米为单位的体素间距“x [yz]”
--音量大小以毫米为单位的输出图像大小“x [yz]”
--xf-gauss 高斯扭曲
--xf-radial 径向膨胀（或收缩）
--xf-trans mm“xyz”中的统一翻译
--xf-zero 空变换

塑料匹配 阈值

这款 门槛 命令从输入强度图像创建二进制标签图图像。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 阈值 [选项]
选项：
- 以上高于该值的输出值高
- 以下低于该值的输出值高
- 输入输入目录或文件名
- 输出输出图像
- 范围形成阈值范围列表的字符串
形式 "r1-lo,r1-hi,r2-lo,r2-hi,...",
这样具有强度在任何范围内的体素
范围 ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) 输出值高

例如：
当输入强度为 1 时，以下命令创建一个值为 XNUMX 的二值标签图像
介于 100 和 200 之间，否则为 0。：

塑性匹配阈值 \
--输入 input_image.nrrd \
--输出 output_labe.nrrd \
--范围“100,200”

塑料匹配 缩略图

这款 缩略图 命令生成一个轴向切片的二维缩略图图像
输入音量。 输出图像不需要与整数切片完全对应
数字。 切片内输出图像的位置始终居中。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch 缩略图 [选项] 输入文件
选项：
- 输入文件
- 输出文件
--thumbnail-dim 大小
--缩略图间距大小
--slice-loc 位置

例如：
我们在轴向位置 10 处创建一个分辨率为 10 x 0 像素的二维图像，并且
尺寸为 20 x 20 毫米：

塑料比赛缩略图 \
--输入输入.mha --输出输出.mha \
--缩略图变暗 10 \
--缩略图间距 2 \
--切片-loc 0

塑料匹配 UNION

这款 工会 命令创建一个二进制卷，它是两个输入图像的逻辑联合。
如果任一输入图像中的体素不为零，则输出图像中的体素值为 XNUMX，
如果体素在两个输入图像中都为零，则值为零。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch union [options] input_1 input_2
选项：
-h, --help 显示此帮助信息
- 输出输出图像的文件名
--version 显示程序版本

例如：
以下命令创建一个体积，它是两个输入图像的并集：

塑化结合\
--输出 itv.mha \
相位_1.mha 相位_2.mha

塑料匹配 WARP

这款 经 命令是别名 兑换。 Please refer to请参阅 塑料匹配 兑换 等加工。为
命令行参数列表。

例子
使用由 plastimatch 寄存器生成的 B 样条系数扭曲图像
命令（保存在文件 bspline.txt 中），执行以下操作：

塑化经纱\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--xf bspline.txt

在前面的例子中，输出文件几何由几何决定
bspline 系数文件中的信息。 您可以重新采样到不同的几何体
使用 --fixed 或 --origin、--dim 和 --spacing。

塑化经纱\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--xf bspline.txt \
--固定参考.nrrd

扭曲结构集图像时，其中整数位对应于结构
成员资格，您需要使用最近邻插值而不是线性
插值。

塑化经纱\
--输入结构-in.nrrd \
--输出结构-out​​.nrrd \
--xf bspline.txt \
--插值nn

有时，位于输入图像几何之外的体素会被扭曲成
输出图像的几何形状。 默认情况下，这些区域用
强度为零。 您可以使用
--default-value 选项。

塑化经纱\
--输入文件.nrrd \
--输出输出文件.nrrd \
--xf bspline.txt \
--默认值-1000

除了图像和结构，从 3D Slicer 导出的地标也可以
扭曲。

塑化经纱\
--输入fixed_landmarks.fcsv \
--输出点集 warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

有时，可能需要应用由向量场明确定义的变换
而不是使用 B 样条系数。 为了允许这一点，--xf 选项也接受
矢量场体积。 例如，前面的例子会变成。

塑化经纱\
--输入fixed_landmarks.fcsv \
--输出点集 warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

塑料匹配 XF-转换

这款 xf-转换 命令在转换类型之间进行转换。 变换可以是
B 样条变换或向量场。 有两种不同的 B 样条
转换格式：plastimatch 原生格式和 ITK 格式。 此外
转换转换类型， xf-转换 命令还可以更改网格间距
B 样条变换。

命令行用法给出如下：

用法：plastimatch xf-convert [选项]
选项：
- 暗淡以体素“x [yz]”为单位的输出图像大小
--grid-spacing B 样条网格间距，单位为 mm "x [yz]"
- 输入输入 xform 文件名（必需）
--nobulk 省略 itk_bspline 的批量转换
- 起源第一个图像体素在 mm "xyz" 中的位置
- 输出输出 xform 文件名（必需）
--输出类型要创建的 xform 类型（必需），选择
来自 {bspline, itk_bspline, vf}
- 间距以毫米为单位的体素间距“x [yz]”

例如：
我们想将 B 样条变换转换为向量场。 如果 B 样条变换是
在原生格式中，矢量场几何由在
转换头。：

platimatch xf 转换 \
--输入 bspline.txt \
--输出 vf.mha \
--输出类型vf

同样，如果我们想将一个向量场转换成一组 B 样条系数
每个方向的控制点间距为 30 mm。

platimatch xf 转换 \
--输入 vf.mha \
--输出bspline.txt \
--输出类型 bspline \
--网格间距 30

使用 onworks.net 服务在线使用 plastimatch