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prank - 计算概率多序列比对

概要

恶作剧 序列文件

恶作剧 [可选参数] -d=序列文件 【可选参数】

商品描述

概率对齐套件 (PRANK) 是一个概率多重对齐程序，用于
DNA、密码子和氨基酸序列。 它基于一种新颖的算法，可以处理
正确插入并避免高估删除事件的数量。

此外，PRANK 借鉴了系统发育学和
正确地考虑了序列之间的进化距离。 最后，恶作剧
允许定义要对齐的序列的潜在结构，然后，
与对齐同时，预测结构单元在
序列。

配置

输入输出 有无库存
-d=序列文件
FASTA 格式的输入序列文件。

-t=树文件
要使用的树文件。 如果未设置，则会生成近似的 NJ 树。

-o=输出文件
设置输出文件的名称。 如果未设置， 输出文件 被设置为 产量.

-f=输出格式
设置输出格式。 输出格式 可以是其中之一 法斯塔 （默认）， 飞利浦,
飞利浦, 帕姆或 关系.

-米=模型文件
要使用的模型文件。 如果未设置， 模型文件 被设置为 HKY2/WAG.

-支持
计算后支撑。

-showxml
输出对齐 xml 文件。

-showtree
输出对齐引导树。

-showanc
输出祖先序列。

-显示所有
输出所有这些。

-无锚
不要使用 Exonerate 锚定。 （免责单独安装。）

-nomaft
不要将 MAFFT 用于引导树。 （MAFFT 需单独安装。）

-njtree 从输入对齐（并重新对齐）估计树。

-短名称
在第一个空格字符处截断名称。

-安静的 减少输出。

对准 合并
-d1=对齐文件
FASTA 格式的第一个输入对齐文件。

-d2=对齐文件
FASTA 格式的第二个输入对齐文件。

-t1=树文件
第一次对齐的树文件。 如果未设置，则近似的 NJ 树为
产生。

-t2=树文件
第二个对齐的树文件。 如果未设置，则近似的 NJ 树为
产生。

型号 有无库存
-F, +F 强制插入总是被跳过。

-差距=#
设置间隙打开率。 默认是 0.025 对于 DNA 和 0.005 对于蛋白质。

-间隙=#
设置间隙扩展概率。 默认是 0.75 对于 DNA 和 0.5
蛋白质。

-密码子 使用经验密码子模型编码 DNA。

-脱氧核糖核酸, -蛋白质
分别使用 DNA 或蛋白质模型。 禁用模型的自动检测。

-termgap
正常惩罚端子间隙。

-提名
没有丢失的数据。 用 -F 用于端子间隙。

-保持 不要从预先对齐的序列中删除间隙。

其他 有无库存
-迭代=#
多轮重新对齐迭代； 默认情况下，迭代五次并保留最好的
结果。

-一次 只运行一次。 与 -iterate=1 相同。

-修剪树
修剪没有序列数据的引导树分支。

-修剪数据
修剪没有引导树叶的序列数据。

- 使用日志
较慢但应该适用于更多数量的序列。

-翻译
将输入数据转换为蛋白质序列。

-mt翻译
使用 mt 表将输入数据转换为蛋白质序列。

-转变
不要对齐，只需转换为不同的格式。

-DNA=DNA 序列文件
用于蛋白质比对反向翻译的 DNA 序列文件。

-救命 显示具有更多选项的扩展帮助页面。

-版
显示版本并检查更新。

作者

恶作剧 由阿里·洛伊蒂诺亚 (Ari Loytynoja) 撰写。

本手册页最初由 Manuel Prinz 编写[电子邮件保护]> 用于 Debian
项目（并可能被其他人使用）。

使用 onworks.net 服务在线恶作剧