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Prettyplot - 用漂亮的格式绘制序列比对

概要

漂亮的情节 -序列 序列集 [-矩阵文件 矩阵[-残留线 整数]
[-重新打破 整数[- 颜色 布尔[-身份 绳子]
[-相似性 绳子[-科瑟 绳子[- 彩色 布尔[阴影 绳子]
[-对 排列[-身份 整数[-框 布尔[-boxcol 布尔]
[-盒子使用 绳子[-芋头 布尔[-最大名称长度 整数[-数 布尔]
[-列表选项 布尔[-复数 浮动[-共识 布尔]
[-碰撞 布尔[-替代 名单[-显示分数 整数]
[-肖像 布尔] -图形 图形

漂亮的情节 -救命

商品描述

漂亮的情节 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“Alignment:Multiple,Display”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-序列 序列集

-矩阵文件 矩阵
这是比较序列时使用的评分矩阵文件。 默认情况下它是
文件“EBLOSUM62”（用于蛋白质）或文件“EDNAFULL”（用于核酸序列）。 这些
文件位于 EMBOSS 安装的“data”目录中。

额外 部分
-残留线 整数
每行显示的残基数 默认值：50

-重新打破 整数
默认值：$(residuesperline)

- 颜色 布尔
默认值：是

-身份 绳子
默认值：红色

-相似性 绳子
默认值：绿色

-科瑟 绳子
默认值：黑色

- 彩色 布尔
默认值：N

阴影 绳子
设置为 BPLW 以进行正常着色（黑色、浅色、浅色、白色），因此对 = 1.5,1.0,0.5
和阴影 = BPLW 残留分数 颜色 1.5 或以上... 黑色 (B) 1.0 到 1.5 ... 棕色
(P) 0.5 到 1.0 ... WHEAT (L) 低于 0.5 .... WHITE (W) 仅允许使用四个字母
是 BPLW，按任何顺序排列。

-对 排列
默认值：1.5,1.0,0.5

-身份 整数

-框 布尔
默认值：是

-boxcol 布尔
默认值：N

-盒子使用 绳子
默认值：灰色

-芋头 布尔
默认值：是

-最大名称长度 整数
默认值：10

-数 布尔
默认值：是

-列表选项 布尔
默认值：是

-复数 浮动
默认值：@( $(sequences.totweight) / 2)

共识 部分
-共识 布尔
默认值：N

-碰撞 布尔
默认值：是

-替代 名单
值为 0：正常碰撞检查。 （默认） 1：比较相同的分数与
找到最大分数。 所以如果任何其他残基匹配相同的分数，那么碰撞
已经发生了。 2:如果另一个残差大于或等于匹配分数并且
这些不匹配则发生了碰撞。 3：检查所有不在
当前的共识。如果这些中的任何一个给出匹配或相同分数的最高分
然后发生了碰撞。

-显示分数 整数
默认值：-1

-肖像 布尔
默认值：N

输出 部分
-图形 图形

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