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primeDLRS、primeGSRf - 来宾主机树协调工具

概要

主要DLRS [配置] 序列文件 主机文件 [gs文件]

商品描述

来宾-主机树协调工具，可以分析例如来宾树拓扑，
对帐属性和重复损失率。 基于贝叶斯 MCMC 框架
使用底层 GSR 模型。 旧程序名称 primeGSRf 仍可用作
符号链接到primeDLRS。

1) 来宾树拓扑及其发散时间用重复建模-
损失过程符合基因进化模型（GEM）。

2) 使用用户定义的替换模型对序列进化进行建模。

3) 客树边缘的序列进化率变化（松弛分子钟）
使用来自用户选择的分布的 iid 值建模。

4) 位点（位置）上的序列进化率变化根据
离散化的 Gamma 分布。

该实现使用宿主树的离散化来执行其计算。
请查看可用选项，因为您需要更改默认设置。 选项 -r
可能有助于避免因缩放而导致的数字问题。

序列文件 是一个文件，其中包含来宾树叶的对齐序列。

主机文件 是一个带有主机树的 PrIME Newick 文件，包括。 发散时间。 叶子必须有
时间 0 和根有时间 > 0。

文件 是一个制表符分隔的文件，如果信息不是，则将访客树叶与宿主树叶联系起来
包括在 主机文件。

配置

-h, -u, -?
显示帮助（此文本）。

-o 文件
输出文件名。 默认为标准错误。

-s UNSIGNED_INT
伪随机数生成器的种子。 默认为随机种子。

-i UNSIGNED_INT
迭代次数。 默认为 .

-t UNSIGNED_INT
细化，即采样每个- 第一次迭代。 默认为 .

-w UNSIGNED_INT
输出诊断到 stderr 每-th 样本。 默认为 .

-q 不输出诊断信息。 默认不静音。

-m MCMC|PDHC|PD
执行类型（MCMC，后密度爬山从初始值，或只是
初始后验密度）。 默认为 .

-Sm UniformAA|JC69|F81|JTT|UniformCodon|ArveCodon
替代模型。 默认情况下。

-苏 DNA|氨基酸|密码子
...浮动(n*(n-1)/2)>
用户定义的替代模型。 Pi 和 R 的大小必须适合数据类型（DNA：n=4，
氨基酸：n=20，密码子：n=62）。 R 作为展平的上三角矩阵给出。
不要同时使用选项 -Su 和 -Sm。

-锡 UNSIGNED_INT
序列进化率的离散化 Gamma 分布的步数
网站的变化。 默认为（无变化）。

-埃德 Gamma|InvG|LogN|均匀
来宾树边缘上的 iid 序列进化率变化分布。
默认为（不要与 -Sn 混淆）。

-Ep FLOAT FLOAT
序列进化率的初始均值和方差。 默认为简单规则-
基于主机树时间的拇指。

-Ef 修正序列进化率的均值和方差。 默认不固定。

-Gi 文件
具有初始来宾树拓扑的文件名。

-GG 修复初始来宾树拓扑，即不执行分支交换。 非固定
默认。

-血糖 修复初始来宾树边缘长度（除了拓扑），即修复边缘
长度。 默认不固定。

-BP FLOAT FLOAT
初始重复和丢失率。 默认为 和 。

-Bf 修复初始重复和丢失率。 默认不固定。

-BT FLOAT
覆盖宿主树中根上方边的时间跨度。 如果值 <=0，则跨度
将被设置为等于从根到叶的时间。 默认为主机树文件中的值。
另请参阅选项 -Dtt。

-DT FLOAT
近似离散化时间步长。 设置为 0 以将每条边等分
部分（见 -Di）。 默认为 . 有关根上方的边，请参阅 -Dtt。

-迪 UNSIGNED_INT
每条边切入的最小部分数。如果 -Dt 设置为 0，这将成为
零件的确切数量。 最小值 2. 默认为 。 有关根上方的边，请参阅 -Dtt。

-DTT UNSIGNED_INT
覆盖宿主树中根上方边的离散化点数。 经过
默认情况下，无论时间跨度如何，这都设置为一个点的数量
（假设）根到叶边缘

-r 重新调整宿主树，使从根到叶的时间等于 1.0。 全部推断
参数将参考新的比例。 默认关闭。 注意离散化
参数不会重新调整。

-Z 不打印经过的挂墙时间和 CPU 时间

-W 不打印命令行

-调试信息
显示杂项。 在迭代之前向 stderr 发送信息。 默认不显示。

退出 状态

0 程序执行成功。

1 发生了一些错误

网址

prime-phylo 主页： http://prime.sbc.su.se

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