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probabel - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 probabel

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 probabel,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


probabel - 包装三个 ProbABEL 二进制文件,简化它们的使用

概要


概率 铬启动 铬停止 方法 同类群组 型号 表型 [OTHER_OPTIONS]

商品描述


概率 是三个 ProbABEL 二进制文件的包装器: 线性的, 病理学家帕考夫.

它旨在通过保存全基因组关联研究 (GWAS) 来简化运行
用户的宝贵时间有两种方式:

1)它运行所有染色体的回归分析 铬启动铬停止.

2) 与上面提到的三个二进制文件相比, 概率 用户不需要
指定所需基因数据文件的位置。 他们的位置在市中心
在配置文件中管理(/etc/probabel_config.cfg 默认)。

配置


其他要求 命令 线 选项
铬启动
开始分析的染色体编号。

铬端
分析结束时的染色体数。

请注意,可以通过指定相同的数字来运行单个染色体的分析
铬启动铬停止. 实际上,这是对 X 或 Y 进行分析的方法
染色体

方法 使用哪种回归方法,可以是其中之一 线性, 物流, or 考克斯.

同类群组 队列中定义的名称 /etc/probabel_config.cfg 文件。 使用
来自配置文件的群组标识符,三个实际的 ProbABEL 二进制文件知道
在哪里可以找到基因型信息文件(剂量文件和/或概率文件)
文件)。

型号 要使用的遗传模型。 可以是 - 添加剂 对于加性模型
(需要剂型中的基因型数据),或 --所有型号 运行所有遗传模型:
加性、隐性、显性、过度显性和 2df。

表型
表型文件的名称,不带扩展名(应该是 .PHE!)。

其他 选项
在(强制性)先前的选项之后列出的任何选项都将传递给底层证券
二进制: 线性的, 病理学家 or 帕考夫,具体取决于 方法.

最常用的选项是 -o 选项,后跟文件名,这指定
输出文件的文件名的开头。

额外 选项
-H, - 帮帮我 获取有关如何跑步的额外帮助 概率. 在这种情况下没有其他
需要指定选项。

示例


这运行使用线性回归和加性遗传的全基因组关联扫描
队列模型 我的大队列 对于表型 我的表型:

概率 1 22 线性 "My_Large_Cohort" --additive my_phenotype

使用 onworks.net 服务在线使用probabel


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