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pymol - 免费且灵活的分子图形和建模包

概要

酚 [选项[档]

商品描述

多年来，PyMOL 已成为功能强大的分子查看器，支持动画、
高质量渲染、晶体学和其他常见的分子图形活动。
它已被遍布全球的数百（甚至数千）科学家采用
三十个国家。 然而，PyMOL 仍然是一项正在进行的工作，随着发展
预计将持续数年。

配置

目前支持以下选项：

-2 以两键鼠标模式启动。

-c 命令行模式，没有 GUI。 用于批量操作。

-d 绳子
启动时运行 pymol 命令字符串。

-e 以全屏模式启动。

-f ＃线
控制 OpenGL 中命令和反馈的显示（0=折扣).

-g 文件.png
编写一个 PNG 文件（在评估之前的参数之后）

-i 禁用内部 OpenGL GUI（对象列表、菜单等）

-l 文件.py
在新线程中生成一个 python 程序。

-o 禁用会话文件的安全保护。

-p 在标准输入上监听命令。

-q 安静的发射。 抑制启动画面和其他喋喋不休。

-r 文件.py
运行 Python 程序（在 __主__) 在启动时。

-s 脚本
将命令保存到此 PyMOL 脚本或程序文件。

-t 使用基于 Tcl/Tk 的外部 GUI 模块（PMG_TK).

-u 脚本
加载并附加到此 PyMOL 脚本或程序文件。

-x 禁用外部 GUI 模块。

-B 启用蓝线立体声信号（适用于 Mac 立体声）

-G 以游戏模式开始。

-M 即使存在硬件立体声也强制单声道。

-R 启动 Greg Landrum 的 XMLRPC 侦听器。

-S 如果可能，强制并以立体声发射。

-X INT -Y INT -W INT -H INT -V INT
调整窗口几何形状。

All / 全部 档 提供将在 PyMOL 启动后加载或运行。 他们可以拥有其中之一
以下扩展名：

.pml 启动时运行的 PyMOL 命令脚本
.py[cm] 启动时运行的 Python 程序
.pdb 启动时加载的蛋白质数据库格式文件
.mmod 启动时加载的宏模型格式
.mol 启动时加载的 MDL MOL 文件
.sdf 启动时解析和加载的 MDL SD 文件
.xplor X-PLOR 映射文件 (ASCII) 要在启动时加载
.ccp4 要在启动时加载的 CCP4 映射文件 (BINARY)
.cc[12] ChemDraw 3D 笛卡尔坐标文件
.pkl 腌制 ChemPy 模型（类“chempy.model.Indexed")
.r3d Raster3D 文件
.cex CEX 文件（隐喻）
.top AMBER 拓扑文件
.crd 琥珀色坐标文件
.rst AMBER 重启文件
.trj 琥珀色轨迹
.pse PyMOL 会话文件
.phi Delphi/Grasp 静电势图

对于选项列表，您还可以在命令行中输入以下内容 酚:

帮助 发射

指令

请参阅 PyMols 在线文档，网址为
http://www.pymolwiki.org/index.php/Category:命令 或者它对命令的内部帮助
参考。

使用 onworks.net 服务在线使用 pymol