rabema_build_gold_standard - 云端在线

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rabema_build_gold_standard - RABEMA 黄金标准生成器

概要

rabema_build_gold_standard [选项] --out-gsi 输出文件 - 参考 参考文献fa --in-sam
PERFECT.sam rabema_build_gold_standard [选项] --out-gsi 输出文件 - 参考
参考文献fa --in-bam 完美.bam

商品描述

该程序允许建立 RABEMA 黄金标准。 输入是参考FASTA
文件和完美的 SAM/BAM 映射（例如使用 RazerS 3 以全灵敏度创建
模式）。

输入的 SAM/BAM 文件必须按坐标排序。 该程序将创建一个
FASTA 索引文件 REF.fa.fai 用于快速随机访问参考。

-h, - 帮帮我

显示此帮助消息。

- 版

显示版本信息

-v, --详细

启用详细输出。

-vv, --非常详细

启用更详细的输出。

输入/输出：

-o, --out-gsi GSI

将生成的 GSI 文件写入的路径。 有效的文件类型为：gsi 和 gsi.gz。

-r, - 参考 FASTA

从中加载引用 FASTA 的路径。 有效的文件类型是：fa 和 fasta。

-s, --in-sam SAM

从中加载“完美”SAM 文件的路径。 有效的文件类型是：sam。

-b, --in-bam BAM的

从中加载“完美”BAM 文件的路径。 有效的文件类型是：bam。

黄金标准参数：

--oracle 模式

启用预言机模式。 当输入 SAM/BAM 文件时，这用于模拟数据
正好给出一个被认为是真实样本位置的位置。

--匹配-N

设置后，N 匹配所有字符而不会受到惩罚。

--距离度量 公制

设置距离度量。 有效值：汉明、编辑。 默认：编辑。 汉明和
编辑。 默认：编辑。

-e, --最大错误 率

以百分比为单位建立黄金标准的最大错误率。 这个参数是一个
整数和相对于读取长度。 在oracle模式的情况下，错误率
使用采样位置的读数，并将 RATE 用作截止阈值。
默认值：0

返回值

返回值 0 表示成功，任何其他值表示错误。

示例

rabema_build_gold_standard -e 4 -o 输出文件 -s 山姆 -r 参考文献fa

从包含所有映射位置和 FASTA 的 SAM 文件 IN.sam 构建黄金标准
将 REF.fa 引用到 GSI 文件 OUT.gsi，最大错误率为 4。

rabema_build_gold_standard --距离度量 编辑 -e 4 -o 输出文件 -b 巴姆 -r
参考文献fa

同上，但使用汉明而不是编辑距离和 BAM 作为输入。

rabema_build_gold_standard --oracle 模式 -o 输出文件 -s 山姆 -r 参考文献fa

从具有原始样本位置的 SAM 文件 IN.sam 构建黄金标准，例如
由读取模拟器 Mason 导出。

内存要求

从 1.1 版开始，我们非常小心地将内存要求保持在较低的水平
尽可能。 需要的内存是最大染色体大小的两倍
为每场比赛加上一些恒定的记忆。

例如，以 100% 的错误率读取 5bp 人类基因组的内存使用量为
1.7GB。 其中，大约 400GB 来自染色体，1.3GB 来自匹配。

参考文献：

M. Holtgrewe, A.-K. Emde、D. Weese 和 K. Reinert。 一个新的和定义明确的
第二代读取映射的基准方法，BMC 生物信息学 2011，
12：210。

http://www.seqan.de/rabema

拉贝玛主页

http://www.seqan.de/mason

梅森主页

VERSION

rabema_build_gold_standard 版本：1.2.0 最后更新 14 年 2013 月 XNUMX 日

使用 onworks.net 服务在线使用 rabema_build_gold_standard