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rastep -（Raster3D 热椭球程序）

概要

粗暴 [-h] [-iso] [-B色 最小 BMAX] [-概率 级别] [-花式[0-3]] [-半径 R] <
输入文件 > 椭圆体.r3d

粗暴 -制表 [标签文件] [-按原子类型] [-com [comtab文件]] < 输入文件 >
统计.text

锐步 读取 PDB 坐标文件。 该文件必须包含描述
原子各向异性精炼。 锐步 可以为 Raster3D 创建输入文件
渲染程序或执行各种原子各向异性的统计分析
输入原子的类别。 默认情况下，程序创建一个椭球+棒场景
描述，其中每个原子都由一个包含等值面的椭球表示
概率密度函数。 这些通常被称为热椭球。

该程序可以在备用模式下运行，由 -tabulate 选项控制，其中
stdout 的主要输出是 Uij 矩阵的特征值列表，后跟
对应的原子各向异性和各向同性 Ueq，对于输入文件中的每个原子
具有 ATOM 记录和匹配的 ANISOU 记录。 该模式由
验证工具 Parvati 和 Skittls。

示例

以 50% 的概率水平描述热椭球，使用默认 CPK 颜色，以及
将其发送以立即渲染为 PNG 文件

rastep < infile.pdb | 渲染-png图片.png

为了描述由 Biso 着色的相同椭球，省略标题记录，以便
生成的输入文件可以与其他场景组件合并

rastep -h -Bcolor 10. 30. <infile.pdb> ellipsoids.r3d
cat header.r3d ellipsoids.r3d othersstuff.r3d | 渲染 > 图片.png

配置

-汽车

自动选择视角，选择以最大限度地减少原子沿视图的扩散
方向。

-B色 最小 BMAX

根据 B 值分配颜色，而不是根据输入或默认值计算 ATOM 记录
颜色记录。 B <= Bmin 的原子将显示为深蓝色； B >= Bmax 的原子将
颜色为浅红色； Bmin < B < Bmax 的原子将被平滑地分配颜色阴影
通过从蓝色到红色的光谱。

-花式[0-6]

干燥 -花式 选项选择渲染椭球越来越复杂的表示。
-fancy0 [默认] = 实体表面
-fancy1 = 椭球的主轴，具有透明边界面
-fancy2 = 椭圆体的彩色赤道平面
-fancy3 = 带有透明边界表面的彩色赤道平面
-fancy4 = 包含最长主轴的透明边界表面
-fancy5 = 对于 ORTEP 爱好者，一个缺少一个八分圆的实心椭球
-fancy6 = 适用于希望以单独颜色显示缺失八分圆的 ORTEP 爱好者

-h

抑制输出中的标题记录。 默认情况下 粗暴 将产生一个输出文件
从包含一组默认缩放和处理选项的标题记录开始。
干燥 -h flag 将抑制这些标题记录。 此选项对于生成文件很有用
仅描述场景的一部分，稍后将与描述符组合
其他程序生成的文件。

-iso

强制各向同性概率面（球体）。 默认情况下 rastep 会寻找 ANISOU
PDB 文件中的记录并使用这些记录生成椭圆体。 如果没有 ANISOU 记录是
对于给定的原子，在 ATOM/HETATM 记录中给出的 B 值将用于
而是生成一个球体。 选择 -iso 选项将强制程序使用 B
即使还存在 ANISOU 记录，ATOM 记录中的值也是如此。

-微型

自动方向（如 -auto）和小尺寸图 (176x208)。

-无氢

不要绘制氢，即使存在于 PDB 文件中。

-概率 级别

默认情况下，绘制等值面以包含密度中的 50% 概率级别
由 ANISOU 记录中的 Uij 值描述的函数。 这 -概率 选项允许你
选择不同的概率水平。 如果 0 < Plevel < 1 这个值被解释
作为分数； 如果 Plevel > 1，则该值被解释为百分比。

-半径 R

默认情况下，rastep 使用相同的方法在相邻原子之间绘制半径为 0.10A 的键。
算法作为杆。 此选项允许您更改键的半径。 如果半径
设置为 0 不绘制债券。

-制表 [标签文件]

-tabulate 选项要求程序在
输入文件中原子之间的各向异性分布，而不是产生输入
用于渲染的文件。 每个原子的主轴和各向异性被写入标准输出。 一个
如果指定，则整体统计摘要将写入 tabfile，否则写入 stdout。

-按原子类型

-by_atomtype 选项是 -tabulate 的修饰符。 它导致进一步细分
原子按原子类型编制统计摘要。 原子类型取自
PDB ATOM 记录的第 77:78 列。

-com [comtab文件]

将壳中各向异性的分布按距质心的距离制成表格。 输出到
如果指定，则为comtabfile，否则为标准输出。

附注

写出的各种程序之间的格式几乎没有一致性（如果有的话）
各向异性位移参数。 该程序按顺序解释 Uij 值
为 PDB 格式的 ANISOU 记录指定。 也就是说，PDB 记录的第 29-70 列是
解释为代表 10000 * Uij 的整数，顺序为 U11 U22 U33 U12 U13 U23。
特别注意，交叉项的顺序与 ORTEP 使用的顺序不同
或 shelx，它们都不使用 PDB 格式。 但是，程序 shelxpro 将
从 shelx 坐标文件生成格式正确的 PDB 记录。

源

卷筒纸 网址：
http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/raster3d.html 联系方式：
伊森·梅里特
华盛顿大学西雅图分校 WA 98195
[电子邮件保护]

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