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rdkit2fps - rdkit2fps

商品描述

用法：rdkit2fps [-h] [--fpSize INT] [--RDK] [--minPath INT] [--maxPath INT]

[--nBitsPerHash INT] [--useHs 0|1] [--morgan] [--radius INT] [--useFeatures 0|1]
[--useChirality 0|1] [--useBondTypes 0|1] [--torsions] [--targetSize INT] [--pairs]
[--minLength INT] [--maxLength INT] [--maccs166] [--substruct] [--rdmaccs]
[--id-tag NAME] [--in FORMAT] [-o 文件名] [--errors {strict,report,ignore}]
[文件名 [文件名...]]

使用 RDKit 从结构文件生成 FPS 指纹

阵地 参数：
档名
输入结构文件（默认为标准输入）

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

--fp大小 INT
指纹中的位数（适用于 RDK、Morgan、拓扑扭转和
原子对指纹（默认值 = 2048）

--id 标签 您的姓名
包含记录 ID 的标签名称（仅限 SD 文件）

- 在 FORMAT
输入结构格式（默认从文件名猜测）

-o 文档名称， - 输出 文件名
将指纹保存到 FILENAME (default=stdout)

--错误 {严格，报告，忽略}
应该如何处理结构解析错误？ （默认=严格）

开发工具包 拓扑 指纹：
--RDK 生成RDK指纹（默认）

--最小路径 INT
包含在子图中的最小债券数（默认值 = 1）

--最大路径 INT
包含在子图中的最大债券数（默认值 = 7）

--nBitsPerHash INT
每条路径设置的位数（默认值=4）

--useHs 0 | 1
包括有关每个原子上氢数的信息（默认值 = 1）

开发工具包 摩根 指纹：
- 摩根
生成摩根指纹

- 半径 INT
Morgan 算法的半径（默认值 = 2）

--使用功能 0 | 1
使用化学特征不变量（默认值=0）

--使用手性 0 | 1
包括手性信息（默认值=0）

--useBondTypes 0 | 1
包括键类型信息（默认值=1）

开发工具包 拓扑 扭转 指纹：
--扭转
生成拓扑扭转指纹

--目标大小 INT
指纹中的位数（默认值 = 4）

开发工具包 原子 一对 指纹：
--对
生成原子对指纹

--最小长度 INT
一对的最小键数（默认值 = 1）

- 最长长度 INT
一对的最大键数（默认值 = 30）

166 位 反贪会 子结构 按键：
--maccs166
生成 MACCS 指纹

881 位 子结构 按键：
--子结构
生成 ChemFP 子结构指纹

化学FP 版本 of 此 166 位 RD套件/MACCS 按键：
--rdmaccs
生成 166 位 RDKit/MACCS 指纹

该程序根据文件扩展名猜测输入结构格式。 如果
数据来自标准输入，或扩展名我们未知，然后使用“--in”更改
默认输入格式。 支持的格式扩展是：

文件类型
有效的格式（如果压缩，请使用 gz）

--------- ------------------------------------

SMILES
smi, ism, 可以, smi.gz, ism.gz, can.gz

自卫队 sdf、mol、sd、mdl、sdf.gz、mol.gz、sd.gz、mdl.gz

使用 onworks.net 服务在线使用 rdkit2fps