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rdkit2fps - rdkit2fps

商品描述

用法：rdkit2fps [-h] [--fpSize INT] [--RDK] [--minPath INT] [--maxPath INT]

[--nBitsPerHash INT] [--useHs 0|1] [--morgan] [--radius INT] [--useFeatures 0|1]
[--useChirality 0|1] [--useBondTypes 0|1] [--torsions] [--targetSize INT] [--pairs]
[--minLength INT] [--maxLength INT] [--maccs166] [--substruct] [--rdmaccs]
[--id-tag NAME] [--in FORMAT] [-o 文件名] [--errors {strict,report,ignore}]
[文件名 [文件名...]]

使用 RDKit 从结构文件生成 FPS 指纹

阵地 参数：
档名
输入结构文件（默认为标准输入）

可选 参数：
-h, - 帮帮我
显示此帮助信息并退出

--fp大小 INT
指纹中的位数（适用于 RDK、Morgan、拓扑扭转和
原子对指纹（默认值 = 2048）

--id 标签 您的姓名
包含记录 ID 的标签名称（仅限 SD 文件）

- 在 FORMAT
输入结构格式（默认从文件名猜测）

-o 文档名称， - 输出 文件名
将指纹保存到 FILENAME (default=stdout)

--错误 {严格，报告，忽略}
应该如何处理结构解析错误？ （默认=严格）

开发工具包 拓扑 指纹：
--RDK 生成RDK指纹（默认）

--最小路径 INT
包含在子图中的最小债券数（默认值 = 1）

--最大路径 INT
包含在子图中的最大债券数（默认值 = 7）

--nBitsPerHash INT
每条路径设置的位数（默认值=4）

--useHs 0 | 1
包括有关每个原子上氢数的信息（默认值 = 1）

开发工具包 摩根 指纹：
- 摩根
生成摩根指纹

- 半径 INT
Morgan 算法的半径（默认值 = 2）

--使用功能 0 | 1
使用化学特征不变量（默认值=0）

--使用手性 0 | 1
包括手性信息（默认值=0）

--useBondTypes 0 | 1
包括键类型信息（默认值=1）

开发工具包 拓扑 扭转 指纹：
--扭转
生成拓扑扭转指纹

--目标大小 INT
指纹中的位数（默认值 = 4）

开发工具包 原子 一对 指纹：
--对
生成原子对指纹

--最小长度 INT
一对的最小键数（默认值 = 1）

- 最长长度 INT
一对的最大键数（默认值 = 30）

166 位 反贪会 子结构 按键：
--maccs166
生成 MACCS 指纹

881 位 子结构 按键：
--子结构
生成 ChemFP 子结构指纹

化学FP 版本 of 这些因素包括原料奶的可用性以及达到必要粉末质量水平所需的工艺。 166 位 RD套件/MACCS 按键：
--rdmaccs
生成 166 位 RDKit/MACCS 指纹

该程序根据文件扩展名猜测输入结构格式。 如果
数据来自标准输入，或扩展名我们未知，然后使用“--in”更改
默认输入格式。 支持的格式扩展是：

文件类型
有效的格式（如果压缩，请使用 gz）

--------- ------------------------------------

SMILES
smi, ism, 可以, smi.gz, ism.gz, can.gz

自卫队 sdf、mol、sd、mdl、sdf.gz、mol.gz、sd.gz、mdl.gz

使用 onworks.net 服务在线使用 rdkit2fps