rpsblast - 云端在线

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bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、rpsblast、
seedtop - 基本的本地对齐搜索工具

概要

BL2序列 [-[-A[-D N[-E N[-F STR[-G N[-I "开始 停止"] [-J "开始 停止"] [-M STR]
[-S N[-T[-U[-V[-W N[-X N[-Y X[-a 文件名[-d N[-e X[-g F] -i 文件名
-j 文件名 [-m[-o 文件名] -p STR [-q N[-r N[-t N]

爆炸2 [-[-B N[-D N[-C x[-E N[-F STR[-G N[-H[-I "开始 停止"]
[-J "开始 停止"] [-K N[-L[-M STR[-N[-P X[-Q N[-R[-S N[-T N[-W N[-X N]
[-Y X[-Z N[-a N[-b N[-c[-d STR[-e X[-f X[-g[-h N[-i 文件名]
[-j 文件名[-k STR[-m N[-n[-o 文件名] -p STR [-q N[-r N[-s] [-t N] [-u]
[-v N] [-w N] [-y N] [-z N]

爆破 [-[-A N[-B N[-C x[-D N[-E N[-F STR[-G N[-I[-J[-K N]
[-L 开始，停止[-M STR[-O 文件名[-P N[-Q N[-R 文件名[-S[-T[-U[-V]
[-W N[-X N[-Y X[-Z N[-a N[-b N[-d STR[-e X[-f X[-g F[-i 文件名]
[-l STR[-m N[-n[-o 文件名] -p STR [-q N[-r N[-s[-t N[-v N[-w N[-y X]
[-z X]

Blastall_old [-[-A N[-B N[-C x[-D N[-E N[-F STR[-G N[-I[-J[-K N]
[-L 开始，停止[-M STR[-O 文件名[-P N[-Q N[-R 文件名[-S[-T[-U[-W N]
[-X N[-Y X[-Z N[-a N[-b N[-d STR[-e X[-f X[-g F[-i 文件名[-l STR]
[-m N[-n[-o 文件名] -p STR [-q N[-r N[-s[-t N[-v N[-w N[-y X[-z X]

爆炸CL3 [-[-A N[-C x[-D N[-E N[-F STR[-G N[-I[-J[-K N[-L 开始，停止]
[-M STR[-O 文件名[-Q N[-R[-S[-T[-U[-W N[-X N[-Y X[-Z N[-a N]
[-b N[-d STR[-e X[-f X[-g F[-i 文件名[-m N[-n[-o 文件名] -p STR [-q N]
[-r N[-s[-t N[-u STR[-v N[-w N[-y X[-z X]

爆炸头 [-[-A N[-B 文件名[-C 文件名[-E N[-F T[-G N[-H N[-I[-J]
[-K N[-L N[-M STR[-N X[-O 文件名[-P N[-Q 文件名[-R 文件名[-S N[-T]
[-U[-W N[-X N[-Y X[-Z N[-a N[-b N[-c N[-d STR[-e X[-f N[-h X]
[-i 文件名[-j N[-k 文件名[-l STR[-m N[-o 文件名[-p STR[-q N[-s]
[-t N[u]][-u N[-v N[-y X[-z N]

黑斑羚 [-[-E N[-F STR[-G N[-H[-I[-J[-M STR[-O 文件名[-P 文件名]
[-a N[-b N[-c N[-d STR[-e X[-h X[-i 文件名[-j N[-m N[-o 文件名]
[-v N[-y X[-z N]

巨细胞 [-[-A N[-D N[-E N[-F STR[-G N[-H N[-I[-J[-L 开始，停止[-M N]
[-N N[-O 文件名[-P N[-Q 文件名[-R[-S N[-T[-U[-V[-W N[-X N[-Y X]
[-Z N[-a N[-b N[-d STR[-e X[-f[-g F[-i 文件名[-l STR[-m N[-n]
[-o 文件名[-p X[-q N[-r N[-t N[-s N[-v N[-y N[-z X]

爆炸声 [-[-F STR[-I[-J[-L 开始，停止[-N X[-O 文件名[-P N[-T[-U]
[-X N[-Y X[-Z N[-a N[-b N] -d 文件名 [-e X[-i 文件名[-l 文件名[-m N]
[-o 文件名[-p F[-v N[-y X[-z N]

种顶 [-[-C N[-D N[-E N[-F[-G N[-I[-J[-K N[-M STR[-O 文件名]
[-S N[-X N[-d STR[-e X[-f[-i 文件名[-k 文件名[-o 文件名[-p STR]
[-q N[-r N]

商品描述

本手册页简要记录了命令 BL2序列, 爆破, 爆破, 爆炸CL3,
爆炸头, 黑斑羚, 巨细胞, 爆炸声及 种顶. 这些命令被记录在案
因为他们有很多共同的选择。

BL2序列 使用blastn 或blastp 在两个序列之间进行比较
算法。 两个序列都必须是核苷酸或蛋白质。

爆炸2 将一个序列与本地数据库或第二个序列进行比较； 它
结合了两者的大部分功能 BL2序列 和 爆破，但使用半
实验性的新内部引擎。

爆破 和 Blastall_old 在本地数据库中找到序列的最佳匹配。
爆破 使用较新的引擎 Blastall_old 默认情况下，但支持使用旧的
引擎也是如此（当使用选项调用时 -V F).

爆炸CL3 访问最新的 NCBI BLAST 搜索引擎（2.0 版）。 背后的软件
BLAST 2.0 版是从头开始编写的，以允许 BLAST 应对新挑战
由未来几年的序列数据库构成。 此软件的更新将
在未来几年继续。

爆炸头 执行有间隙的blastp搜索，可用于执行迭代搜索
psi-blast 和 phi-blast 模式。

黑斑羚 搜索由准备的分数矩阵数据库 文案(1)、产生BLAST样
输出。

巨细胞 使用 Webb Miller 等人的贪心算法。 对于核苷酸序列
对齐搜索并连接许多查询以节省扫描数据库的时间。
该程序针对比对因以下原因而略有不同的序列进行了优化
排序或其他类似的“错误”。 它比更常见的快 10 倍
序列相似性程序，因此可用于快速比较两个大集合
相互对立的序列。

爆炸声 （反向 PSI-BLAST）针对配置文件数据库搜索查询序列。
这与 PSI-BLAST 相反，它根据序列数据库搜索配置文件，
因此是“反向”。 爆炸声 使用类似 BLAST 的算法，找到单字或双字
命中，然后对这些候选匹配执行无间隙扩展。 如果一个
产生足够高的无间隙对齐，进行有间隙的延伸
并且报告了那些期望值足够低的（有间隙的）比对。 这个
过程与 IM​​PALA 形成对比，IMPALA 在两个对象之间执行 Smith-Waterman 计算
查询和每个配置文件，而不是使用 word-hit 方法来识别匹配
应该延长。

种顶 回答两个相对简单的问题：
1.给定一个序列和一个模式数据库，哪些模式出现在序列中
在哪里？
2.给定一个模式和一个序列数据库，哪些序列包含模式和
哪里？

其中一些命令支持多种类型的比较，由 -p
（“程序”）标志：

blastp 将氨基酸查询序列与蛋白质序列数据库进行比较。

blastn 将核苷酸查询序列与核苷酸序列数据库进行比较。

blastx 比较核苷酸查询的六帧概念翻译产物
针对蛋白质序列数据库的序列（两条链）。 为了 BL2序列是，
核苷酸应该是给出的第一个序列。

pistblastn 将蛋白质查询序列与核苷酸序列数据库进行比较
使用一个动态翻译在所有六个阅读框架（两条链）中
由 PSI-BLAST 创建的位置特定矩阵。

tblastn 将蛋白质查询序列与核苷酸序列数据库进行比较
在所有六个阅读框架（两条链）中动态翻译。 为了 BL2序列,
核苷酸应该是给出的第二个序列。

tblastx 将核苷酸查询序列的六帧翻译与
核苷酸序列数据库的六帧翻译。

配置

下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-A （bl2seq）
accession.version 形式的输入序列

-A N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast）
多次点击窗口大小； 通常默认为 0（对于单击扩展），但
使用不连续模板时默认为 40。

-B N （爆炸2）
生成即时输出：
0 无（默认）
1 个偏移量和质量值表
2 添加序列数据
3 文本 ASN.1
4 二进制 ASN.1

-B N （blastall，blastall_old）
连接查询的数量，以blastn 或tblastn 模式

-B 文件名 (爆破pgp)
用于 PSI-BLAST 重启的输入对齐文件

-C X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
对blastp 或tblastn 使用基于组合的统计数据：
T、t、D 或 d
默认（相当于 1 爆炸2 和 Blastall_old 和 2 爆破
和 爆炸CL3)
0、F 或 f
没有基于成分的统计
1 基于成分的统计 NAR 29:2994-3005, 2001
2 基于作文的分数调整，如 生物信息学 21:902-911, 2005,
以序列属性为条件
3 基于作文的分数调整，如 生物信息学 21:902-911, 2005,
无条件
在blastall、blastall_old 或blastcl3 中启用统计信息时（即, 不是爆炸2),
附加 u （不区分大小写）模式允许使用统一的 p 值
仅在第 1 轮中结合对齐和组合 p 值。

-C 文件名 (爆破pgp)
PSI-BLAST 检查点的输出文件

-C N （种子顶部）
仅评分或不评分（默认值 = 1）

-D N （bl2seq）
输出格式：
0 传统（默认）
1个表格

-D N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
根据遗传密码翻译数据库中的序列 N in
/usr/share/ncbi/data/gc.prt（默认为 1；仅适用于 tblast*）

-D N （巨爆）
输出类型：
0 对齐端点和分数
1 所有无间隙段端点
2 传统 BLAST 输出（默认）
3 制表符分隔的一行格式
4 增量文本 ASN.1
5 增量二进制 ASN.1

-D N （种子顶部）
成本下降以对齐（默认值 = 99999）

-E N （bl2seq、blastcl3、megablast）
扩大差距成本 N （-1 调用默认行为）

-E N （blast2，blastall，blastall_old）
扩大差距成本 N （-1 调用默认行为：如果贪婪则非仿射，2
除此以外）

-E N （blastpgp、黑斑羚、种子顶）
扩大差距成本 N （默认值为1）

-F STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastpgp、
blastcl3、impala、megablast、rpsblast) DUST 或 SEG 的过滤器选项； 默认为
T 对于 bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3 和 megablast，以及 F
blastpgp、impala 和 rpsblast。

-F （种子顶部）
使用 SEG 过滤序列。

-G N （bl2seq、blastcl3、megablast）
拉开差距成本 N （-1 调用默认行为）

-G N （blast2，blastall，blastall_old）
拉开差距成本 N （-1 调用默认行为：如果贪婪则为非仿射，如果为 5
使用动态规划）

-G N （blastpgp、黑斑羚、种子顶）
拉开差距成本 N （默认值为11）

-H （爆炸2）
生成 HTML 输出

-H N (爆破pgp)
查询中所需区域的结束（-1 表示查询结束）

-H （黑斑羚）
打印帮助（不同于使用信息）

-H N （巨爆）
每个数据库序列要保存的最大 HSP 数量（默认为 0，无限制）

-I "开始 停止" (bl2seq,blast2)
第一个（查询）序列上的位置（仅当文件指定为 -i 包含
单个序列）

-I （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、
rpsblast，seedtop) 在定义中显示 GI

-J "开始 停止" (bl2seq,blast2)
第二个（主题）序列上的位置（仅当文件指定为 -j
包含单个序列）

-J （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、megablast、
rpsblast, seedtop) 相信查询定义

-K N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp）
要保留的区域的最佳命中数。 默认关闭。 如果使用值为 100
被推荐。 非常高的值 -v or -b 也建议。

-K N （种子顶部）
内部命中缓冲区大小乘数（wrt 查询长度；默认值 = 2）

-L （爆炸2）
使用宽度为 12 的（经典 Mega BLAST）查找表

-L 开始，停止 （blastall，blastall_old，blastcl3，megablast，
rpsblast) 查询序列上的位置（对于 rpsblast，仅在blastp 模式下有效）

-M STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、impala、seedtop) 使用矩阵 STR （默认 = BLOSUM62）

-M N （巨爆）
单个搜索的最大查询总长度（默认值 = 5000000）

-N （爆炸2）
在表格输出中仅显示序列 ID 的加入

-N X （blastpgp，rpsblast）
触发间隙的位数（默认值 = 22.0）

-N N （巨爆）
不连续词模板的类型：
0 编码（默认）
1 最优
2 两个同时

-O 文件名 （blastall，blastall_old，blastcl3，
blastpgp、impala、megablast、rpsblast、seedtop）写入（ASN.1）序列比对
至 文件名; 仅对blastpgp、impala、rpsblast 和seedtop 有效 -J及
只对megablast有效 -D2.

-P X （爆炸2）
身份百分比截止

-P N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、rpsblast）
设置为 1 表示单击模式或 0 表示多击模式（默认）。 不适用
爆炸。

-P 文件名 （黑斑羚）
从数据库中读取矩阵配置文件 文件名

-P N （巨爆）
哈希值的最大位置数（设置为 0 [默认] 以忽略）

-Q N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
根据遗传密码翻译查询 N 在 /usr/share/ncbi/data/gc.prt（默认
是 1)

-Q 文件名 (爆破pgp)
ASCII 格式的 PSI-BLAST 矩阵的输出文件

-Q 文件名 （巨爆）
屏蔽查询输出； 需要 -D 2

-R （爆炸2）
计算局部最优 Smith-Waterman 对齐。 （此选项仅适用于
对于有间隙的 tblastn。）

-R 文件名 （blastall，blastall_old）
读取 PSI-TBLASTN 检查点文件 文件名

-R (blastcl3)
RPS 爆炸搜索

-R 文件名 (爆破pgp)
PSI-BLAST 重启的输入文件

-R （巨爆）
输出结束时报告日志信息

-S N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
megablast) 查询链以在数据库中搜索blastn、blastx、tblastx：
1顶部
2底部
3 两者（默认）

-S N (爆破pgp)
查询中所需区域的开始（默认值 = 1）

-S N （种子顶部）
截止成本（默认值 = 30）

-T （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast、
rpsblast) 生成 HTML 输出

-T N （爆炸2）
不连续词模板的类型：
0 编码（默认）
1 最优
2 两个同时

-U （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、megablast、
rpsblast) 对查询序列使用小写过滤

-V （bl2seq、blastall、megablast）
强制使用旧引擎

-V （爆炸2）
使用可变字长方法进行数据库扫描

-W N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp, megablast, rpsblast) 使用大小词 N （最佳完美匹配的长度；
零调用默认行为，除了 megablast，默认为 28，和
blastpgp，默认为 3。其他命令的默认值不同
“程序”：11 表示blastn，28 表示megablast，3 表示其他所有内容。）

-X N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp、megablast、rpsblast、seedtop) 间隙对齐的 X 衰减值（在
位）（零调用默认行为，除了 megablast，默认为 20，
以及 rpsblast 和 seedtop，默认为 15。其他的默认值
命令因“程序”而异：30 表示blastn，20 表示megablast，0 表示tblastx，以及
15 为其他一切。）

-Y X （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
blastpgp, megablast, rpsblast) 搜索空间的有效长度（使用零表示
实际尺寸）

-Z N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
megablast, rpsblast) 最终 [动态编程？] 的 X 衰减值有间隙
以位为单位对齐（blastn 和 megablast 默认为 100，tblastx 为 0，tblastx 为 25
其他）

-a 文件名 （bl2seq）
将文本 ASN.1 输出写入 文件名

-a N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala, megablast, rpsblast) 要使用的线程数（默认为 XNUMX）

-b N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala, megablast, rpsblast) 显示比对的数据库序列数
(B)（默认为 250）

-c （爆炸2）
掩码小写

-c N （黑斑羚）
多通道版本的伪计数常数； 0（默认）使用熵方法；
否则建议使用接近 30 的值

-c N （黑斑羚）
多通道版本的伪计数常量（默认为 10）

-d N （bl2seq）
使用理论数据库大小 N （零代表实际尺寸）

-d STR （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala、megablast、seedtop）要使用的数据库（所有可执行文件的默认值为 nr）
除了blast2，如果未设置，则需要第二个FASTA序列）

-d 文件名 （转播）
RPS BLAST 数据库

-e X 期望值 (E)（默认值 = 10.0）

-f X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
扩展命中的阈值，如果为零则默认为：0 表示blastn 和megablast，11 表示
blastp，12 个用于blastx，13 个用于tblasn 和tblastx。

-f N (爆破pgp)
扩展命中的阈值（默认 11）

-f （巨爆）
在输出中显示完整 ID（默认：仅 GI 或加入）

-f （种子顶部）
强制搜索模式，即使它们很可能

-g F （bl2seq、blastall、blastall_old、blastcl3）
不执行间隙对齐（tblastx 不适用）

-g （爆炸2）
对有间隙的扩展使用贪心算法

-g F （巨爆）
使不连续的 megablast 为数据库的每个碱基生成单词
（对于当前的 BLAST 引擎是必需的）

-h N （爆炸2）
帧外间隙的帧偏移惩罚（仅适用于blastx、tblastn；默认值为
零）

-h X (blastpgp, 黑斑羚)
包含在多通道模型中的 e 值阈值（blastpgp 的默认值 = 0.002，
黑斑羚为 0.005）

-i 文件名
读取（首先，查询）序列或从 文件名 （默认为标准输入；不需要
blastpgp（如果从 scoremat 重新启动）

-j 文件名 （bl2seq，blast2）
读取第二个（主题）序列或从 文件名

-j N (爆破pgp)
在多通道版本中使用的最大通道数（默认 = 1）

-k STR （爆炸2）
PHI-BLAST 的图案

-k 文件名 （blastpgp，种子顶部）
PHI-BLAST 的输入命中文件（默认 = hit_file）

-l STR （blastall、blastall_old、blastpgp、megablast）
将数据库搜索限制为 GI 列表 [String]

-l 文件名 （转播）
将消息记录到 文件名 而不是标准误。

-m （bl2seq）
使用 Mega Blast 进行搜索

-m N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala、megablast、rpsblast）对齐视图选项：
0 成对（默认）
1 查询锚定显示身份
2 查询锚定，无身份
3 平面查询锚定，显示身份
4 平面查询锚定，无身份
5 查询锚定，没有身份和钝端
6 平面查询锚定，没有身份和钝端
7 XML Blast 输出（不适用于impala）
8 表格（不适用于impala）
9 个带注释行的表格（不适用于impala）
10 ASN.1 文本（不适用于impala 或rpsblast）
11 ASN.1 二进制文件（不适用于 impala 或 rpsblast）

-n （爆炸2）
在序列 ID 中显示 GI

-n （blastall，blastall_old，blastcl3）
MegaBlast 搜索

-n （巨爆）
对仿射差距分数使用非贪婪（动态规划）扩展

-o 文件名
将最终校准报告写入 文件名 而不是标准输出

-p STR （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
使用“程序”（比较类型） STR。 该 商品描述 部分涵盖了这一点
更详细的选项。

-p STR (爆破pgp)
PHI-BLAST 的程序选项（默认 =blastpgp）

-p X （巨爆）
身份百分比截止（默认值 = 0）

-p F （转播）
查询序列是核苷酸，不是蛋白质

-p STR （种子顶部）
程序名称：
patmatchp 指示序列中出现哪些模式
patternp 指示哪些序列包含模式

-q N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
megablast，seedtop）核苷酸不匹配的惩罚（仅限blastn）（默认= -10
对于种子顶部，-3 用于其他所有内容）

-q N (爆破pgp)
检查点数据的ASN.1 Scoremat输入：
0 无记分输入（默认）
1 从 ASCII scoremat 检查点文件重新启动
2 从二进制 scoremat 检查点文件重新启动

-r N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、
megablast，seedtop）核苷酸匹配的奖励（仅限blastn）（默认= 10
种子顶部，-10 为其他所有）

-s （爆炸2）
无操作（以前要求为数据库的每个碱基生成单词）

-s （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp）
计算局部最优 Smith-Waterman 对齐。 对于blastall、blastall_old 和
blastcl3，这仅在间隙 tblastn 模式下可用。

-s N （巨爆）
要报告的最小命中分数（默认行为为 0）

-t N （bl2seq、blast2、blastall、blastall_old、blastcl3）
不连续词模板的长度（翻译中允许的最大内含子）
连接多个不同分配时的核苷酸序列； 默认值 = 0;
负值禁用blastall、blastall_old 和blastcl3 的链接。）

-t N[u] (爆破pgp)
基于作文的分数调整。 第一个字符解释如下：
0、F 或 f
没有基于成分的统计
1 基于组合的统计数据 NAR 29:2994-3005, 2001
2、T 或 t
基于作文的分数调整，如 生物信息学 21:902-911, 2005,
以第 1 轮中的序列属性为条件（默认）
3 基于作文的分数调整如 生物信息学 21:902-911, 2005,
第一轮无条件

当使用基于组合的统计数据时，附加 u （不区分大小写）到
参数要求统一的 p 值结合对齐 p 值和组合 p-
仅在第 1 轮中的值。

-t N （巨爆）
不连续单词模板的长度（连续单词如果 0 [默认]）

-u （爆炸2）
仅进行无间隙对齐（对于 tblastx 始终为 TRUE）

-u STR (blastcl3)
将数据库搜索限制为 Entrez2 查找结果

-u N (爆破pgp)
检查点数据的 ASN.1 Scoremat 输出：
0 没有 scoremat 输出（默认）
1 个输出 ASCII scoremat 检查点文件（需要 -J)
2 输出二进制 scoremat 检查点文件（需要 -J)

-v N （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala, megablast, rpsblast) 要显示的单行描述数 (V)（默认值 =
500）

-w N （爆炸2）
窗口大小（一对初始命中之间的最大允许距离；0 调用
默认行为，-1 关闭多次点击）

-w N （blastall，blastall_old，blastcl3）
帧移位惩罚（blastx 的 OOF 算法）

-y X （blast2、blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、
impala, rpsblast) 以位为单位的无间隙扩展的 X 衰减（0.0 调用默认值）
行为：20 为blastn，10 为megablast，7 为所有其他。）

-y N （巨爆）
无间隙扩展的 X 衰减值（默认为 10）

-z N （爆炸2）
不均匀间隙 HSP 连接的最长内含子长度（仅限 tblastn；默认值为 0）

-z N （blastall、blastall_old、blastcl3、blastpgp、impala、
megablast, rpsblast) 数据库的有效长度（实际大小使用零）

使用 onworks.net 服务在线使用 rpsblast