英语法语西班牙文

OnWorks 网站图标

scythe - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 scythe

这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 scythe,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


大镰刀 - 贝叶斯适配器修剪器

概要


scythe -t sanger -a /path/to/adaptors.fasta [选项]

从序列文件中修剪 3´ 端适配器污染物。 如果没有指定输出文件,
scythe 将使用标准输出。

配置


-p, --prior 之前(默认值:0.300)
-q, --quality-type 质量类型,illumina、solexa 或 sanger(默认值:sanger)
-m, --matches-file 匹配文件(默认:无输出)
-o, --output-file 输出修剪后的序列文件(默认:stdout)
-t, --tag 在标头中添加一个标签,指示 Scythe 切割一个序列(默认:关闭)
-n, --min-match 考虑的最小污染物(默认值:5)
-M, --min-keep 小于或等于此长度的过滤器序列(默认值:35)
--quiet 不输出有关修剪到标准输出的统计信息(默认值:关闭)
--help 显示此帮助并退出
--version 输出版本信息并退出

这些是 scythe 识别的质量编码方案(参见“--质量”)

phred PHRED 质量分数(例如来自 Roche 454)。 ASCII 没有
偏移量,范围:[4, 60]。
sanger Sanger 是 PHRED ASCII 质量,偏移量为 33,
范围:[0, 93]。 来自 NCBI SRA 或 Illumina 管道 1.8+。
solexa Solexa(也是非常早期的Illumina——管道<1.3)。
ASCII 偏移量为 64,范围:[-5, 62]。 使用不同的
质量到概率的转换比其他方案。
1.3 和 1.7 之间的管道版本的 Illumina 输出。
ASCII 偏移量为 64,范围:[0, 62]

使用 onworks.net 服务在线使用镰刀


免费服务器和工作站

下载 Windows 和 Linux 应用程序

  • 1
    PSI
    PSI
    Psi 是跨平台的强大 XMPP
    为有经验的用户设计的客户端。
    有可用于 MS 的构建
    Windows、GNU/Linux 和 macOS.. 受众:
    终端用户...
    下载PSI
  • 2
    Blobby 凌空抽射 2
    Blobby 凌空抽射 2
    著名的官方延续
    Blobby Volley 1.x 街机游戏..
    受众:最终用户/桌面。 用户
    接口:OpenGL、SDL。 编程
    语言:C++、Lua。 C...
    下载泡泡排球 2
  • 3
    SuiteCRM
    SuiteCRM
    SuiteCRM 是屡获殊荣的客户
    关系管理 (CRM)
    作者带给您的应用程序
    和维护人员,SalesAgility。 它是
    世界最...
    下载SuiteCRM
  • 4
    电源管理员
    电源管理员
    Poweradmin 是一个基于 Web 的 DNS
    PowerDNS 服务器的管理工具。
    该界面完全支持大多数
    PowerDNS 的特点。 它有完整的
    支持...
    下载Poweradmin
  • 5
    Gin 网络框架
    Gin 网络框架
    Gin 是一个非常快的 Web 框架
    用 Golang 编写,最多可以执行
    快了 40 倍,这要归功于它的
    类似马提尼的 API 和自定义版本
    http路由...
    下载 Gin Web 框架
  • 6
    CEREUS Linux
    CEREUS Linux
    CEREUS LINUX 和 MX LINUX 控制器
    各种不同的写入方式。 这是
    也可以获取的应用程序

    https://sourceforge.net/projects/cereu...
    下载CEREUS LINUX
  • 更多 ”

Linux 命令

Ad