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seqalign - 使用序列（DHF 文件）扩展对齐（DAF 文件）。

概要

序列对齐 -模式 名单 -dhfinpath 目录 -dafin路径 目录 -dhfindir 目录 -模式 名单
[-力型 布尔] -dafoutdir 外向 -日志文件 输出文件

序列对齐 -救命

商品描述

序列对齐 是来自 EMBOSS（“欧洲分子生物学公开赛”）的命令行程序
软件套件”）。 它是“蛋白质：3D 结构”命令组的一部分。

配置

输入 部分
-模式 名单
此选项指定 SEQALIGN 操作的模式。 SEQALIGN 将输入 a
i. 的目录单序列，ii。 一组序列（未对齐或对齐，
但通常在域对齐文件中对齐序列））。 用户必须
指定哪个。 默认值：1

-dhfinpath 目录
此选项指定序列的位置，例如 DHF 文件（域命中文件）
（输入）。 SEQALIGN 将 i 的数据库作为输入。 单序列，ii。 套
未对齐的序列或 iii. 对齐序列集，例如域对齐文件。 一种
“域对齐文件”包含属于同一域的序列比对
SCOP 或 CATH 系列。 该文件是用域系列注释的 clustal 格式
分类信息。 使用 SCOPALIGN 生成的文件将包含一个
仅对已知结构的结构域进行基于结构的序列比对。 这种对齐方式
可以通过使用 SEQALIGN 用序列亲属（结构未知）扩展。
默认值： 。/

-dafin路径 目录
此选项指定序列的位置，例如 DAF 文件（域对齐
文件）（输入）。 SEQALIGN 将 i 的数据库作为输入。 单序列，ii。
一组未对齐的序列或 iii. 对齐序列集，例如域对齐
文件。 “域对齐文件”包含域的序列对齐属于
相同的 SCOP 或 CATH 系列。 该文件是带有域注释的 clustal 格式
家庭分类信息。 使用 SCOPALIGN 生成的文件将包含
仅已知结构域的基于结构的序列比对。 这样的
可以使用序列亲属（未知结构的）扩展比对
序列对齐。 默认值： 。/

-dhfindir 目录
此选项指定 DHF 文件（域命中文件）（输入）的位置。 一个'域
命中文件'包含具有域分类信息的数据库命中（序列），
DHF 格式（FASTA 或类似 EMBL）。 命中与 SCOP 或 CATH 相关
族，是从序列数据库的搜索中找到的。 包含命中的文件
PSIBLAST 检索到的数据是通过使用 SEQSEARCH 生成的。 默认值： 。/

其他要求 部分
-模式 名单
此选项指定要使用的对齐算法。 默认值：1

额外 部分
-力型 布尔
此选项指定是否强制最小域分类数据
在单线态序列作为输入文件给出的情况下写入输出文件
并且没有可用的分类数据 默认值：N

输出 部分
-dafoutdir 外向
此选项指定 DAF 文件（域对齐文件）（输出）的位置。 一种
“域对齐文件”包含属于同一域的序列比对
SCOP 或 CATH 系列。 该文件是用域系列注释的 clustal 格式
分类信息。 使用 SCOPALIGN 生成的文件将包含一个
仅对已知结构的结构域进行基于结构的序列比对。 这种对齐方式
可以通过使用 SEQALIGN 用序列亲属（结构未知）扩展。
默认值： 。/

-日志文件 输出文件
此选项指定构建的日志文件的名称。 日志文件包含
有关 SEQALIGN 运行时出现的任何错误的消息。 默认值：seqalign.log

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