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seqtk - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 seqtk

这是可以在 OnWorks 免费托管服务提供商中使用我们的多个免费在线工作站之一运行的命令 seqtk,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

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seqtk - 采样、修整、fastq2fasta、子序列、反向补码

概要


序列号

商品描述


目前,seqtk 支持使用 phred 算法的基于质量的修剪,转换
fastq 到 fasta,反向互补序列,提取或屏蔽子序列
BED/名称列表文件中给出的区域,等等。 它包含一个子采样模块
精确采样 n 个序列或一部分序列。

Seqtk 支持 fasta 和 fastq 输入文件,可以选择 gzip 压缩。

指令


命令:FASTA/Q的seq常用变换

补偿 得到FASTA/Q的核苷酸组成

样品 子样本序列

子序列 从 FASTA/Q 中提取子序列

微调 使用 Phred 算法修剪 FASTQ

嘿嘿 区域杂合度

穆法 在指定位置点突变 FASTA

合并发
合并两个 FASTA/Q 文件

随机数
从 het 中选择一个随机基数

切N 在长 N 处切割序列

清单
提取每个het的位置

使用 onworks.net 服务在线使用 seqtk


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Linux 命令

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