这是命令 show-diff,可以使用我们的多个免费在线工作站之一(例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器)在 OnWorks 免费托管提供商中运行
程序:
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show-diff - 显示差异信息(mummer 包的一部分)
概要
显示差异 [选项]
商品描述
-f 输出 diff 信息作为 AMOS 特征
-h 显示帮助信息
-H 不显示标题
-q 显示查询的差异信息
-r 显示参考的差异信息(默认)
输出参考和查询中每个序列的结构差异列表,
按位置排序。 对于参考序列R,及其匹配的查询序列Q,
差异分为 GAP(两个相互一致的对齐之间的差距)、DUP
(插入重复)、BRK(其他插入序列)、JMP(重排)、INV
(倒置重排)、SEQ(与另一个序列重排)。 前五名
输出的列是 seq ID、特征类型、特征开始、特征结束和特征
长度。 根据要素类型添加其他列。 负面特征
长度表示重叠的相邻对齐块。
IDR GAP 间隙-起始间隙-结束间隙-长度-R 间隙-长度-Q 间隙-差异
IDR DUP dup 开始 dup 结束 dup 长度
IDR BRK 间隙开始间隙结束间隙长度
IDR JMP 间隙开始间隙结束间隙长度
IDR INV 间隙开始间隙结束间隙长度
IDR SEQ 间隙开始 间隙结束 间隙长度 上一个序列 下一个序列
位置始终引用具有给定 ID 的序列。 第五列的总和
(忽略负值)是插入序列的总量。 第五次总结
删除 DUP 功能后的列是总的唯一插入序列。 注意未对齐
序列不被计算在内,并且可以代表额外的“独特”序列。 看
有关如何解释这些对齐中断功能的提示的文档。
使用 onworks.net 服务在线使用 show-diff