这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的 sigma 命令，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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sigma - 非编码 DNA 序列的简单贪婪多重比对
概要
西格玛 [选项] [输入文件.fasta[输入文件2.fasta ...]
每个 fasta 文件可能包含单个序列或多个序列； 所有序列都将是
对齐在一起。
商品描述
西格玛 ("Simple greedy multiple alignment") 是一个新算法的对齐程序
和专门为非编码 DNA 序列设计的评分方案。 它使用一种策略
寻求最好的无间隙局部对齐，在每一步都做出最好的
可能的对齐方式与现有的对齐方式一致，并对结果的重要性进行评分
基于对齐片段的长度和背景模型进行对齐
由基因间 DNA 的辅助文件提供或估计。 使用真实数据，同时
“正确性”不能直接量化比对，运行 PhyloGibbs 主题
预比对序列上的 finder 表明 Sigma 的比对更胜一筹。
配置
-A --对齐输出
对齐的、漂亮的打印输出（与 -F 选项）（默认值：仅此）。 也可以看看
-C.
-b --bgprob文件 文件名
从中读取背景序列的辅助文件（fasta 格式）（由
-B）。 通常这是一个包含大量类似非编码的文件
序列，从中可以得出单核苷酸和双核苷酸的背景概率
估计。
-B --bgseq文件 文件名
包含背景概率的文件。 下面进一步描述该格式。
-C --仅大写字母
在输出序列中只使用大写字母，以兼容某些输出
其他程序，如 ClustalW 和 MLagan。 默认情况下，输出是大小写混合的（如
Dialign），并且小写的基数被视为未对齐。
-F --fasta_输出
多 fasta 输出（可以同时使用 -A 和 -F 以任一顺序）。 也可以看看 -C.
-n --n相关性 数
背景相关性（默认 2=二核苷酸； 1=单站点基数， 0=0.25 每
根据）。
-x, - 意义 数
设置匹配概率的限制（默认 0.002，更小=更多
严格）。
-h, - 帮帮我
显示此选项列表。
了解更多 帮助
“重要性”参数（-x) 确定是否接受局部对齐或
拒绝了。 目前的默认值为 0.002。 合成数据的实验（在
论文）建议 0.002 是 sigma 无法对齐的阈值
具有中等（酵母样）二核苷酸相关性的系统发育无关数据。
使用适合被比对的序列的“背景模型”可以大大减少
合成数据上的虚假对齐（有人希望，真实数据也是如此）。 最简单的方法
为确保供应，通过 -b 参数，一个包含大的 FASTA 格式的文件
大量相似序列数据（例如，如果比对酵母序列，请提供一个文件
包含所有基因间酵母序列）。
取而代之的是，如果单点频率和二核苷酸频率已知，则它们
可以通过文件提供 -B 选项。 文件格式应为：每个条目一个
行，单核苷酸或二核苷酸（不区分大小写）后跟
频率。 （例如，连续行中的“A 0.3”、“AT 0.16”等。）示例文件位于
源代码分发的“背景”子目录（在 Debian 系统上，这个文件可以是
发现于 /usr/share/doc/sigma-align/背景 目录）。 像这样的文件
MEME 源代码分发的“tests”子目录中的“yeast.nc.3.freq”工作正常
（三核苷酸计数被忽略）。
参考
请引用 Sigma: Rahul Siddharthan (2006) 弱保守的多重对齐
非编码 DNA 序列 BMC Bioinformatics 2006, 7:143 doi:10.1186/1471-2105-7-143
16 年 2006 月 XNUMX 日发布，可在线获取： http://www.biomedcentral.com/1471-2105/7/143/
作者
拉胡尔 悉达多 <[电子邮件保护]>
写西格玛。 如果您使用 Sigma 进行实际研究，请告知作者
他可以提醒您有关错误修正或新版本的信息。
查尔斯 普莱西 <[电子邮件保护]>
用 DocBook XML 为 Debian 发行版编写了联机帮助页。
版权
版权所有 © 2006-2007 Rahul Siddharthan
版权所有 © 2006-2007 Charles Plessy
Sigma 是免费软件。 您可以根据以下条款重新分发和/或修改它
由自由软件基金会发布的 GNU 通用公共许可证。
在 Debian 系统上，可以在以下位置找到 GNU 通用公共许可证的完整文本
/usr/share/common-licenses/GPL。
使用 onworks.net 服务在线使用 sigma
