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AmpliconNoise - 从高通量核苷酸序列数据中去除噪音

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本文档指的是 1.22 版

概要

参见 /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz 有关如何运行的详细信息。

商品描述

包括以下工具。 例如，它们中的大多数具有 MPI 等效项
SeqNoise 有一个等效的 SeqNoiseM，可以与 mpirun 一起使用。

Fasta独特的 - 去复制 fasta 文件
-in 字符串输入文件名
选项：

集群
-in 字符串距离输入文件名
-out 字符串输出文件存根
选项：
-r 分辨率
-平均链接
-w 使用权重
-i 读取标识符
-s 规模分布。

目录 - 来自 fasta 文件的成对 Needleman-Wunsch 序列距离矩阵
-in 字符串 fata 文件名
选项：
-i 输出标识符

英仙座 - 杀死怪物
-sin 字符串 seq 文件名
选项：
-tin 字符串参考序列文件
-a 输出对齐
-d 使用不平衡
-rin 字符串查找文件名

焦距 - 来自流程图的成对距离矩阵
-in 字符串流文件名
-out 存根输出文件存根
选项：
-ni dat 文件中没有索引
-rin 字符串查找文件名

火焰噪声 - 没有对齐的集群流程图
-din 字符串流文件名
-out 字符串簇输入文件名
-lin 字符串列表文件
选项：
-v 详细
-c 双初始截止
-ni dat 文件中没有索引
-s 双精度
-rin 文件查找文件名

序列分布 - 来自 fasta 文件的成对距离矩阵
-in 字符串 fasta 文件名
选项：
-i 输出标识符
-rin 字符串查找文件名

序列噪声 - 聚类序列
-in 字符串序列文件名
-din 字符串距离矩阵文件名
-out 字符串簇输入文件名
-lin 字符串列表文件
选项：
-min 映射文件
-v 详细
-c 双初始截止
-s 双精度
-rin 字符串查找文件名

分裂集群偶数
-din 字符串数据文件名
-min 字符串映射文件名
-tin 字符串树文件名
-s 分割大小
-m 最小尺寸

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