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程序:
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斯奎兹 - 序列格式检查器
概要
斯奎兹 [-骨灰质蛋白[-c 格式[-f 格式] 文件
配置
允许使用以下命令行选项:
-A 限制对对齐格式的检测/验证(与 -S 选项)。
-S 限制对序列格式的检测/验证(与 -A 选项)。
-c 格式
将检测到的序列/比对转换为 格式. 此选项意味着严格对齐
检查。
-f 格式
假设输入格式是 格式. 不要尝试检测格式,只需验证
给出一个是正确的。
-h 使用情况显示。
-l 列出所有支持的格式。
-n 计数并报告检测到的条目。 此选项仅在检测为
仅限于单一类型(与 -A or -S 选项)和严格检查(没有 -s
选项)已启用。
-s 禁用严格的格式检查(默认启用)。
商品描述
斯奎兹 是一个序列格式文件检查器,但它也有一些转换功能。
斯奎兹 可以检测最常见的序列和比对格式:
* 数据, 欧洲分子生物学实验室, FASTA, GCG, GDE, 基因库, IG, 国家研究基金会 (皮尔), 未处理及 瑞士PROT.
* 科斯塔尔, FASTA, 无国界医生, 关系, 飞利浦 (交错和顺序)和 斯德哥尔摩.
斯奎兹 如果格式支持输入格式,也可以进行一些转换。 只有 3
可用的类型有:序列到序列、比对到比对和比对到
序列(最后一个,序列比对,需要多个比对算法和
不能用格式化工具处理)。
严格的格式检查通过使一些理智来验证先前检测到的对象
检查:
- 序列字符串必须存在。
- 比对由多个序列组成。
- 对齐序列字符串必须具有相同的长度。
- 比对序列名称必须存在,并且是唯一的。
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