subjunc - 云端在线

程序：

您的姓名

subjunc - 适用于所有 RNA-seq 分析目的的 RNA-seq 对齐器

用法

副线 [选项] -i -r -o

必需的参数：

-i
索引的基本名称。

-r
输入文件的名称。 输入格式包括 gzip 压缩的 fastq、fastq 和 fasta 可以
被自动检测。 如果配对结束，这应该给出文件的名称
包括第一次阅读。

可选参数：

-o
输出文件的名称。 默认情况下，输出为 BAM 格式。

-n
所选子阅读的数量，默认为 14。

-m
报告命中的共识阈值（映射到的最小子读数数）
共识） 。 如果是双端，这给出了锚读取的共识阈值。
默认为1

-M
指定比对中允许的最大错配碱基数。 3 由
默认。 在 softclipped 碱基中发现的错误匹配不计算在内。

-T
使用的 CPU 线程数，默认为 1。

-I
可以检测到的插入缺失的最大长度（以 bp 为单位）。 5 默认。 该程序
可以检测长达 200bp 的插入缺失。

-B
要报告的同等最佳映射位置的最大数量。 默认为 1。 笔记
这 -u 选项优先于 -B.

-P <3:6>
输入文件中使用的 Phred 分数格式，“3”表示 phred+33，“6”表示 phred+64。
默认为“3”。

-u 仅报告唯一映射的读取。 错配碱基的数量用于破坏
领带。

-b 在映射输出中将颜色空间读取碱基转换为基本空间读取碱基。 笔记
读取映射是在颜色空间执行的。

--SAM输入
输入读取采用 SAM 格式。

--BAM输入
输入读取采用 BAM 格式。

--SAM输出
以 SAM 格式保存映射结果。

--修剪5
修剪每次读取 5' 端的碱基数。 默认为 0。

--修剪3
修剪每次读取 3' 端的碱基数。 默认为 0。

--rg-id
将读取组 ID 添加到输出。

--rg
添加到输出中的读取组 (RG) 标头。

--DPGapOpen 在短插入缺失检测中对间隙开放的惩罚。 -1 by
默认。

--DPGapExt
短插入缺失检测中间隙扩展的惩罚。 默认为 0。

--DP不匹配 对短插入/缺失检测中不匹配的惩罚。 0 由
默认。

--DP匹配
短插入缺失检测中匹配碱基的得分。 2 默认。

--allJunctions
检测外显子-外显子连接（规范和非规范连接）和
RNA-seq 数据中的结构变异。 请参阅用户指南以报告
连接点和融合点。

--complexIndels
检测在一个小的基因组区域中同时发生的多个短插入缺失
（这些插入缺失可能相距近 1bp）。

-v 程序的输出版本。

双端读取的可选参数：

-R
文件名，包括第二次读取。

-p
非锚读的共识阈值（收到的选票少于锚读）
从同一对读取）。 默认为 1。

-d
最小片段/插入长度，默认为 50bp。

-D
最大片段/插入长度，默认为 600bp。

-S
第一次和第二次读取的方向，默认为“fr”（正向/反向）。

有关参数的详细说明，请参阅用户手册。

使用 onworks.net 服务在线使用 subjunc