这是 tbl2asn 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序:
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tbl2asn - 使用 ASCII 特征表准备 GenBank 提交
概要
tbl2asn [-[-A STR[-C STR[-D 文件名[-E[-F STR[-G STR[-H STR[-J[-K[-L]
[-M STR[-N n[-O[-P[-Q STR[-R[-S[-T[-U[-V STR[-W[-X STR]
[-Y 文件名[-Z 文件名[-a STR[-b[-c STR[-f 文件名[-g[-h[-i 文件名]
[-j STR[-k STR[-n STR[-o 文件名[-p STR[-q[-r STR[-s[-t 文件名[-u]
[-v[-w 文件名[-x STR[-y STR[-z]
商品描述
tbl2asn 读取模板以及序列和表文件,并输出 ASN.1
提交给 GenBank。 因此,提交者不需要阅读每组表格和
序列文件到 Sequin 中。 此外,模板文件可以包含生物体和
所有记录共有的提交者信息,无需输入这些数据
每个序列/表对。
配置
下面是选项的摘要。
- 打印使用信息
-a STR 加入
-C STR 基因组中心标签
-D 文件名
描述符文件
-E 递归
-F 功能 ID 链接(o 通过重叠, p 按产品)
-G STR 对齐间隙标志(逗号分隔的字段,例如, p,-,-,-,?,。 ) n 核苷酸或 p
蛋白质、开始、中间、结束间隙字符、缺失字符、匹配字符
对齐中间间隙字符
-H STR 保留直到发布:
y 一年
mm/dd/yyy
到指定日期
-J 延迟基因组产品集
-K 安全生物序列集
-L 强制本地 protein_id/transcript_id
-M STR 主基因组标志:
n 正常
b 大序列
p 电源选项
TSA
-N n 项目版本号
-O 允许连续 ORF
-P 远程出版物查找
-Q mRNA 标题政策
s 特殊 mRNA 标题
r RefSeq mRNA 标题
-R 从 ID 获取远程序列记录
-S 智能特征标注
-T 远程分类查找
-U 删除不必要的基因外部参照
-V STR 验证(组合以下任一字母)
v 以正常严格性进行验证
r 在没有国家检查的情况下进行验证
c 条码验证
b 生成 GenBank 平面文件
g 生成基因报告
t 通过 TSA 检查进行验证
-W 记录进度
-X STR 额外标志(组合以下任一字母)
A 自动定义线生成
C 应用评论 .cmt 文件到所有序列
E 在差异报告中像 Eukarypota 一样对待
-Y 文件名
从中读取注释字符串 文件名
-Z 文件名
写一份差异报告给 文件名
-a STR 文件类型:
任何(默认)
r20u 20+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是未知长度
r20k 20+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是已知长度
r10u 10+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是未知长度
r10k 10+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是已知长度
s FASTA 套装 (s 批, s1 流行音乐, s2 物理, s3 穆特, s4 生态, s9 小基因组)
d FASTA 三角洲
带有隐式间隙的 FASTA Delta
l FASTA+间隙对准(l 批, l1 流行音乐, l2 物理, l3 穆特, l4 生态, l9 小-
基因组)
z 带间隙线的 FASTA
e PHRAP/ACE -
b ASN.1(结合 M
)
-b 生成 GenBank 文件(已弃用,支持 -V b)
-c STR 清理(组合以下任一字母)
d 正确的收集日期(假设从月份开始)
D 正确的收集日期(假设第一天)
b 对与其他编码区重叠的编码区附加注释
产品名称且不包含“ABC”
x 将特征的部分末端延长一个或两个核苷酸以邻接间隙或
序列结束
s 为短内含子添加例外
f 修正产品名称
-f 文件名
单表文件
-g 输入是基因组产品集
-h 将通用 ID 转换为备注
-i 文件名
单个输入文件
-j STR 源限定符
-k STR CDS 标志(组合以下任一字母)
c 注释最长的 ORF
r 允许 Runon ORF
m 允许替代开始
k 设置不匹配冲突
-n STR 生物体名称
-o 文件名
单个输出文件
-p STR 文件路径
-q 从输入文件名设置序列 ID
-r STR 结果的路径
-s 将 FASTA 读取为 Set
-t 文件名
从中读取模板 文件名
-u 将 GenProdSet 转换为 NucProtSet
-v 验证(已弃用,支持 -V v)
-w 文件名
单个结构化注释文件
-x STR 后缀(默认 = .fsa)
-y STR
-z 清理日志文件注释
使用 onworks.net 服务在线使用 tbl2asn