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tbl2asn - 云端在线

通过 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行 tbl2asn

这是 tbl2asn 命令,可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行,例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器

程序:

您的姓名


tbl2asn - 使用 ASCII 特征表准备 GenBank 提交

概要


tbl2asn [-[-A STR[-C STR[-D 文件名[-E[-F STR[-G STR[-H STR[-J[-K[-L]
[-M STR[-N n[-O[-P[-Q STR[-R[-S[-T[-U[-V STR[-W[-X STR]
[-Y 文件名[-Z 文件名[-a STR[-b[-c STR[-f 文件名[-g[-h[-i 文件名]
[-j STR[-k STR[-n STR[-o 文件名[-p STR[-q[-r STR[-s[-t 文件名[-u]
[-v[-w 文件名[-x STR[-y STR[-z]

商品描述


tbl2asn 读取模板以及序列和表文件,并输出 ASN.1
提交给 GenBank。 因此,提交者不需要阅读每组表格和
序列文件到 Sequin 中。 此外,模板文件可以包含生物体和
所有记录共有的提交者信息,无需输入这些数据
每个序列/表对。

配置


下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-a STR 加入

-C STR 基因组中心标签

-D 文件名
描述符文件

-E 递归

-F 功能 ID 链接(o 通过重叠, p 按产品)

-G STR 对齐间隙标志(逗号分隔的字段,例如, p,-,-,-,?,。 ) n 核苷酸或 p
蛋白质、开始、中间、结束间隙字符、缺失字符、匹配字符
对齐中间间隙字符

-H STR 保留直到发布:
y 一年
mm/dd/yyy
到指定日期

-J 延迟基因组产品集

-K 安全生物序列集

-L 强制本地 protein_id/transcript_id

-M STR 主基因组标志:
n 正常
b 大序列
p 电源选项
TSA

-N n 项目版本号

-O 允许连续 ORF

-P 远程出版物查找

-Q mRNA 标题政策
s 特殊 mRNA 标题
r RefSeq mRNA 标题

-R 从 ID 获取远程序列记录

-S 智能特征标注

-T 远程分类查找

-U 删除不必要的基因外部参照

-V STR 验证(组合以下任一字母)
v 以正常严格性进行验证
r 在没有国家检查的情况下进行验证
c 条码验证
b 生成 GenBank 平面文件
g 生成基因报告
t 通过 TSA 检查进行验证

-W 记录进度

-X STR 额外标志(组合以下任一字母)
A 自动定义线生成
C 应用评论 .cmt 文件到所有序列
E 在差异报告中像 Eukarypota 一样对待

-Y 文件名
从中读取注释字符串 文件名

-Z 文件名
写一份差异报告给 文件名

-a STR 文件类型:
任何(默认)
r20u 20+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是未知长度
r20k 20+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是已知长度
r10u 10+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是未知长度
r10k 10+ Ns 的运行是间隙,100 Ns 是已知长度
s FASTA 套装 (s 批, s1 流行音乐, s2 物理, s3 穆特, s4 生态, s9 小基因组)
d FASTA 三角洲
带有隐式间隙的 FASTA Delta
l FASTA+间隙对准(l 批, l1 流行音乐, l2 物理, l3 穆特, l4 生态, l9 小-
基因组)
z 带间隙线的 FASTA
e PHRAP/ACE -
b ASN.1(结合 M
)
-b 生成 GenBank 文件(已弃用,支持 -V b)

-c STR 清理(​​组合以下任一字母)
d 正确的收集日期(假设从月份开始)
D 正确的收集日期(假设第一天)
b 对与其他编码区重叠的编码区附加注释
产品名称且不包含“ABC”
x 将特征的部分末端延长一个或两个核苷酸以邻接间隙或
序列结束
s 为短内含子添加例外
f 修正产品名称

-f 文件名
单表文件

-g 输入是基因组产品集

-h 将通用 ID 转换为备注

-i 文件名
单个输入文件

-j STR 源限定符

-k STR CDS 标志(组合以下任一字母)
c 注释最长的 ORF
r 允许 Runon ORF
m 允许替代开始
k 设置不匹配冲突

-n STR 生物体名称

-o 文件名
单个输出文件

-p STR 文件路径

-q 从输入文件名设置序列 ID

-r STR 结果的路径

-s 将 FASTA 读取为 Set

-t 文件名
从中读取模板 文件名

-u 将 GenProdSet 转换为 NucProtSet

-v 验证(已弃用,支持 -V v)

-w 文件名
单个结构化注释文件

-x STR 后缀(默认 = .fsa)

-y STR

-z 清理日志文件注释

使用 onworks.net 服务在线使用 tbl2asn


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