tigr-glimmer3 - 云端在线

程序：

您的姓名

tigr-glimmer — 使用概率模型在基因组文件中查找/评分潜在基因
icm 文件

概要

老虎闪光3 [基因组文件] [icm 文件] [[选项]]

商品描述

老虎微光 是一种在微生物 DNA 中寻找基因的系统，尤其是
细菌和古细菌。 老虎微光 (Gene Locator and Interpolated Markov Modeler) 使用
内插马尔可夫模型 (IMM) 以识别编码区域并将它们与
非编码 DNA。 IMM 方法，在我们的核酸研究论文中描述 老虎-
微光 1.0 和我们随后的论文中 老虎微光 2.0，使用马尔可夫的组合
从一阶到八阶的模型，根据其预测能力对每个模型进行加权。
老虎微光 1.0 和 2.0 在它们的 IMM 中使用 3-周期非齐次 Markov 模型。

老虎微光 是 TIGR 的主要微生物基因发现者，并已被用于注释
B. burgdorferi (Fraser et al., Nature, Dec. 1997), T. pallidum 的完整基因组
（Fraser 等人，Science，1998 年 XNUMX 月）、T. maritima、D. radiodurans、M.tuberculosis 和
非 TIGR 项目，包括沙眼衣原体、肺炎衣原体等。 其分析
其中一些基因组和其他基因组可在 TIGR 微生物数据库站点上找到。

一个特殊版本 老虎微光 专为小型真核生物而设计的 GlimmerM，用于
在疟原虫 P. falciparum 的 2 号染色体中找到基因。 GlimmerM 是
在 SL Salzberg、M. Pertea、AL Delcher、MJ Gardner 和 H. Tettelin 中描述，
“用于真核基因发现的内插马尔可夫模型”，基因组学 59（1999），24-31。
点击这里 （http://www.tigr.org/software/glimmerm/) 访问 GlimmerM 站点，其中
包括有关如何下载 GlimmerM 系统的信息。

这款 老虎微光 系统由两个主要程序组成。 其中第一个是训练
程序，构建-imm。 该程序采用一组输入序列并构建和输出
他们的 IMM。 这些序列可以是完整的基因或只是部分 orfs。 对于一个新
基因组，该训练数据可以由那些具有强大数据库命中的基因以及
非常长的开放阅读框，在统计上几乎可以肯定是基因。 这
第二个程序是 glimmer，它使用这个 IMM 来识别整个
基因组。 老虎微光 通过自动解决大多数重叠基因之间的冲突
选择其中之一。 它还识别被怀疑真正重叠的基因，并且
标记这些以供用户仔细检查。 这些“可疑”基因候选者已经
迄今为止分析的所有基因组总数的很小一部分。 老虎微光
是一个程序...

配置

-C n 使用 n 作为独立模型的 GC 百分比

注意：n 应为百分比，例如 -C 45.2

-f 使用核糖体结合能选择起始密码子

+f 使用 orf 中的第一个密码子作为起始密码子

-g n 将最小基因长度设置为 n

-i 文件名
使用 VHDL 语言编写 文件名 至 选择 地区 of 基础 这 旨在 折扣 限制， so 这 没有 基础
中 这 区 将 be 检查

-l 假设是线性基因组而不是环状基因组，即没有环绕

-L 文件名
使用 filename 指定应该单独评分的 orfs 列表，没有
重叠规则

-M 输入是要单独评分的单独基因的 multifasta 文件，没有
重叠规则

-o n 将最小重叠长度设置为 n。 比这短的重叠将被忽略。

-p n 将最小重叠百分比设置为 n%。 重叠短于这个百分比
*两个* 字符串都被忽略。

-q n 设置可以被拒绝的最大长度 orf
概率得分列到 (n - 1)

-r 不要使用独立概率得分列

+r 使用独立概率得分列

-r 不要使用独立概率得分列

-s s 使用字符串 s 作为核糖体结合模式来查找起始密码子。

+S 使用更严格的独立基因间模型，不会给出概率
框内终止密码子。 （选项已过时，因为这是现在唯一的行为

-t n 将作为基因调用的阈值分数设置为 n。 如果帧内得分 >= n，则
该区域被赋予一个编号，并被认为是一个潜在的基因。

-w n 对 n 或更长的暂定基因使用“弱”分数。 弱分数忽略
独立概率得分。

使用 onworks.net 服务在线使用 tigr-glimmer3