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您的姓名

addUnalignedIntervals - mauveAligner 包的一部分
alignmentProjector - mauveAligner 包的一部分
backbone_global_to_local - mauveAligner 包的一部分
bbAnalyze - mauveAligner 包的一部分
createBackboneMFA - mauveAligner 包的一部分
getAlignmentWindows - mauveAligner 包的一部分
getOrthologList - mauveAligner 包的一部分
makeBadgerMatrix - mauveAligner 包的一部分
mauveToXMFA - mauveAligner 包的一部分
mfa2xmfa - mauveAligner 包的一部分
projectAndStrip - mauveAligner 包的一部分
randomGeneSample - mauveAligner 包的一部分
scoreAlignment - mauveAligner 包的一部分
stripGapColumns - mauveAligner 包的一部分
stripSubsetLCBs - mauveAligner 包的一部分
toGrimmFormat - mauveAligner 包的一部分
toMultiFastA - mauveAligner 包的一部分
toRawSequence - mauveAligner 包的一部分
uniqueMerCount - mauveAligner 包的一部分
uniquifyTrees - mauveAligner 包的一部分
xmfa2maf - mauveAligner 包的一部分

商品描述

这些工具属于 mauveAligner 包。 它们没有明确记录，但
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添加未对齐间隔 间隔 档案> <输出 间隔 档案>

对齐投影仪 xmfa> <输出 xmfa> <mfa 以次 输入> <mfa 以次 输出> <列表 of
序列 至 包括， 开始 at 0>

骨干全局到本地 <xmfa 档案> <骨干网 档案> <输出 档案>

bb分析 <xmfa 档案> <指南 树> <骨干网 序列号 档案> <骨干网 山坳 档案> <带注释的
以次 索引> <输出 档案>

带注释的 seq 索引从 0 开始。

创建主干MFA 间隔 档案> <输出 外交部 姓名>

获取对齐窗口 <XMFA 对齐> <窗口 长度> <窗口 转移 金额> <基地 产量
文件名>

获取OrthologList 获取OrthologList xmfa> <骨干网 以次 档案> <参考 基因组> <CDS
直系同源 文件名> <CDS 对准 基地 姓名>

制作獾矩阵 制作獾矩阵 xmfa> <输出 獾 档案> <LCB 协调 档案>

紫红色ToXMFA 紫红色ToXMFA <紫红色 对准 输入> <XMFA 输出>

mfa2xmfa <艺术硕士 对准 输入> <XMFA 对准 输出> [未对齐 快速A 输出]

项目和地带 xmfa> <输出 xmfa> ...

数字序列标识符从 0 开始。

随机基因样本 xmfa> <骨干网 以次 档案> <样本 基因组> <数字 of 基因>
<输出 基地 姓名> [随机的 种子]

分数对齐 <正确 对齐> <计算的 对齐> [进化 序列 文件] [口号]

带隙列 XMFA> <输出 XMFA>

条带子集LCB xmfa> bbcols> <输出 xmfa> [分钟 LCB 尺寸] [分钟 基因组]
[随机 子样本 至 X KB]

格式 <紫红色 对齐> <基因组 1 CHR 长度>... N CHR 长度>

到MultiFastA 间隔 档案> <输出 基地 姓名>

到原始序列 序列> <输出 档案>

独特的梅尔计数 <已排序 海 列表>

统一树 <关系 输入 档案> <关系 产量 档案>

输入文件中的所有树必须具有相同数量的分类群和相同的分类单元
标签

xmfa2maf <xmfa 输入> <MAF 输出>

使用 onworks.net 服务在线使用 uniqueMerCount