这是名为 BisSNP 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 BisSNP-1.0.0.jar。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 BisSNP 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
双SNP
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商品描述
现在在 Github： https://github.com/dnaase/Bis-tools/tree/master/Bis-SNP
BisSNP 是一个基于基因组分析工具包 (GATK) map-reduce 框架的软件包，用于在 Illumina 平台上对亚硫酸氢盐处理的大规模平行测序（亚硫酸氢盐序列、NOMe-seq 和 RRBS）进行基因分型。 它使用贝叶斯推理和手动指定或自动估计的不同胞嘧啶上下文的甲基化概率（不仅是亚硫酸氢盐序列中的 CpG、CHH、CHG，还有其他亚硫酸氢盐处理的测序中的 GCH 等）来同时确定基因型和甲基化水平. 它适用于单端和双端读取。特异性和灵敏度已通过 Illumina IM SNP 阵列验证。 在默认阈值 30X 数据（Phred 量表得分 > 20）中，它可以检测 92.21% 的杂合 SNP，假阳性率为 0.14% 胞嘧啶调用不仅基于参考上下文，因此它可以检测非参考胞嘧啶上下文。 谷歌组寻求帮助： http://goo.gl/zL7Nj
产品优势
- SNP 调用者
- 甲基化调用者
- 亚硫酸氢盐-seq/NOMe-seq/RRBS
- 基因分型
目的
学术/科研
用户界面
命令行
程式语言
Perl，Java
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/bissnp/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
