这是一个名为 CUDAlign 的 Linux 应用程序，可在 Linux 在线运行，其最新版本可以作为 masa-cudalign-3.9.1.1024.tar.gz 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 CUDAlign 的应用程序，可免费使用 OnWorks 在 Linux 中在线运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
CUDAlign 在 Linux 上在线运行
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商品描述
CUDAlign 是一种能够在 CUDA GPU 中对齐大小不受限制的成对 DNA 序列的工具，使用 Smith-Waterman 算法与 Myers-Miller 相结合。 它使用 GTX 1 Ti 在 45 秒内生成 560 万个碱基序列的最佳比对。 正在为此软件开发许多优化。 有关详细信息，请查看以下论文：[1] Edans Sandes，Alba Melo。 使用 GPU 对 Megabase 生物序列进行优化检索 Smith-Waterman 比对。 IEEE 并行和分布式系统交易，卷。 99，预印本，2012
[2] Edans Sandes，Alba Melo。 线性空间中巨大序列与 GPU 的 Smith-Waterman 对齐。 IPDPS 2011：1199-1211
[3] Edans Sandes，Alba Melo。 CUDAlign：使用 GPU 加速兆碱基基因组序列的比较。 PPOPP 2010: 137-146
最新的源代码可以在 Github 中找到。 请参阅 MASA 项目，网址为 https://github.com/edanssandes/MASA-CUDAlign
目的
学术/科研
用户界面
Java Swing，命令行
程式语言
C + +中
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/cudalign/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
