这是名为 fcGENE 的 Linux 应用程序：可在 Linux 在线运行的基因型格式转换器，其最新版本可作为 fcgene-1.0.7.zip 下载。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
下载并在线运行这个名为 fcGENE：基因型格式转换器的应用程序，以便通过 OnWorks 免费在 Linux 中运行。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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fcGENE：可在 Linux 在线运行的基因型格式转换器
商品描述
主要应用有两个：一是将基因型SNP数据转换为不同插补工具的格式，如PLINK MACH、IMPUTE、BEAGLE和BIMBBAM；二是将插补数据转换为不同的文件格式，如PLINK、HAPLOVIEW、EIGENSOFT和SNPTEST。可读文件格式：plink-pedigree（ped 和 map）、plink-raw、plink-dosage、mach、minimac、impute、snptest、beagle 和 bimbam。 同样，也接受各种产出的估算。
fcGENE 可以生成的格式：plink-pedigree、plink-raw、plink-dosage、mach-inputs、minimac-inputs、impute-inputs、beagle-inputs 和 bimbam-inputs、HAPLOVIEW-inputs、EIGENSOFT-inputs。
进一步应用：
- 获取必要的插补命令和其他插补工具命令的模板
- 根据 MAF、HWE 和 CALLRATE 进行质量控制。
关键词：基因型转化，基因型格式转换，插补输出，PLINK，IMPUTE，MACH，minimac，HAPLOVIEW，BEAGLE，BIMBAM，EIGENSOFT。
产品优势
- 可以进行 SNP-wise 和 Individual-wise 质量控制，并可以在转换数据的同时过滤不合格的 SNP 和个体
- 可以进行基因型SNP数据的双向格式转换（如PLINK->插补工具和插补工具->PLINK）。 它可以读写 plink 格式的谱系和二进制文件
- 可以根据插补质量分数过滤插补的 SNP
- 可以生成命令模板 GWA 分析工具
- 将基因型数据从一种插补工具的格式转换为另一种。
- 将插补引用转换为 plink 格式。 这有助于将基因型数据与参考面板进行比较。
- 可以从最初以其他不同格式给出的数据创建 GenABEL 格式的 snp 数据
- 可以生成包含预期剂量的次要等位基因频率的不同格式的文件
- 对从事统计遗传学领域的研究人员非常有帮助。
- 用c++编写，使用STL容器
- 可以读写压缩文件
- 可以使用 --fst 命令计算 FST
- 可以读写标准基因型数据，包括等位基因计数和等位基因剂量
- 可以创建用于 BEAGLE4 的 vcf 格式的文件
程式语言
C + +中
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/fcgene/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
