适用于 Linux 的 MICA-aligner 下载

这是名为 MICA-aligner 的 Linux 应用程序,其最新版本可以下载为 mica-GPLv3.zip。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。

 
 

免费下载并在线运行这个名为 MICA-aligner with OnWorks 的应用程序。

请按照以下说明运行此应用程序:

- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。

- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。

- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。

- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。

- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统,使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。

- 6. 下载应用程序,安装并运行。

MICA对准器



描述:

GitHub 中的最新代码:
https://github.com/aquaskyline/MICA-aligner

为了更好地利用支持 MIC 的计算机进行 NGS 数据分析,我们开发了一种新的短读对齐器 MICA,它针对 MIC 的局限性和每个 MIC 内核内部的额外并行性进行了优化。 对齐 150bp 双端读取的实验表明,使用一块 MIC 板的 MICA 比基​​于 CPU(多核)的 BWA-MEM 快约 4.85 倍,并且与基于 GPU 的 SOAP3-dp 的速度大致相同。 此外,当在一个节点中使用多个 MIC 板时,MICA 的简单性允许非常有效的扩展(3 个卡的速度比 14 核 BWA-MEM 提高 6 倍)。



目的

科学/研究、教育、工程


用户界面

命令行


程式语言

C + +中


数据库环境

平面文件



分类

生物信息学

这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/mica-aligner/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中,以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。



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