这是名为 trj_cavity 的 Linux 应用程序，其最新版本可以下载为 trj_cavity_v2.1.tar.gz。 它可以在工作站的免费托管服务提供商 OnWorks 中在线运行。
使用 OnWorks 免费下载并在线运行这个名为 trj_cavity 的应用程序。
请按照以下说明运行此应用程序：
- 1. 在您的 PC 中下载此应用程序。
- 2. 在我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX 中输入您想要的用户名。
- 3. 在这样的文件管理器中上传这个应用程序。
- 4. 从此网站启动OnWorks Linux online 或Windows online emulator 或MACOS online emulator。
- 5. 从您刚刚启动的 OnWorks Linux 操作系统，使用您想要的用户名转到我们的文件管理器 https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX。
- 6. 下载应用程序，安装并运行。
SCREENSHOTS
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trj_腔体
商品描述
trj_cavity 在整个分子动力学 (MD) 模拟轨迹中查找蛋白质空腔。 该程序适用于 PDB 格式的文件，但它也可以读取/生成 GROMACS 兼容格式，例如 XTC。
同一个项目可以编译为 GROMACS 工具或独立版本。 安装说明在项目的 INSTALL 文件和 https://sourceforge.net/p/trjcavity/wiki/Home/#ffad
如果您需要使用此工具的支持（或报告错误），请将其发布到论坛中。
备注：v2并行运行，支持GROMACS v5.1+系列。 如果您想继续使用 GROMACS v4.x，请使用 trj_cavity_v1.1。
产品优势
- 在 MD 模拟轨迹中查找蛋白质空腔。
- 产生蛋白质腔与时间的 MD 轨迹。
- 提供蛋白质腔分布的统计数据。
- 计算腔体积描述符。
- 法向轴孔隙隧道半径剖面。
程式语言
C + +中
分类
这是一个也可以从 https://sourceforge.net/projects/trjcavity/ 获取的应用程序。 它已托管在 OnWorks 中，以便从我们的免费操作系统之一以最简单的方式在线运行。
