أباكا - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

abacas - تتابع تلقائي قائم على الخوارزمية للتسلسلات المجمعة

موجز

العدادات -r المرجع -q qs -p بروغ [والخيارات]

OR

العدادات -r المرجع -q قوات الأمن الفلسطينية -e

المرجع تسلسل مرجعي في ملف فاستا واحد

qs contigs في شكل متعدد فاستا

ROG برنامج MUMmer المراد استخدامه: "nucmer" أو "promer"

قوات الأمن الفلسطينية جزيء كاذب / ملف تسلسل مرتب بتنسيق Fasta

OPTIONS

-h استخدام الطباعة

-d استخدام المعلمات الافتراضية nucmer / promer

-s الحد الأدنى لطول الكلمة المطابقة تمامًا (nucmer الافتراضي = 12 ، العرض الافتراضي للعلامة التجارية
= 4)

-m طباعة contigs أمرت إلى ملف بتنسيق multifasta

-b طباعة contigs في بن إلى ملف

-N طباعة جزيء زائف بدون "N" s

-i هوية النسبة المئوية القصوى int [الافتراضي 40]

-v الحد الأدنى لتغطية contig [الافتراضي 40]

-V الحد الأدنى من فرق تغطية contig int [الافتراضي 1]

-l الحد الأدنى لطول contig [الافتراضي 1]

-t قم بتشغيل tblastx على contigs التي لم يتم تعيينها

-g سلسلة (اسم ملف) طباعة مناطق مكشوفة (فجوات) على الإشارة إلى اسم الملف

-a إلحاق contigs في بن للجزيء الكاذب

-o ستحتوي ملفات إخراج البادئة على هذه البادئة

-P اختر مجموعات البرايمر لسد الفجوات

-f عدد القواعد المرافقة على جانبي الفجوة لتصميم التمهيدي (الافتراضي
350)

-R int Run mummer [الافتراضي 1 ، استخدم -R 0 لتجنب تشغيل التمثيل الإيمائي]

-e هروب كونتيج ترتيب أي الذهاب إلى تصميم التمهيدي

-c التسلسل المرجعي دائري

الوصف

يهدف ABACAS إلى الاتصال بسرعة (المحاذاة والترتيب والتوجيه) والتصور والتصميم
البادئات لسد الفجوات على كونتيجس مجمعة بالبندقية بناءً على تسلسل مرجعي.

يستخدم ABACAS MUMmer للعثور على مواضع المحاذاة وتحديد العناصر المخلوطة للكونتيجات المجمعة
ضد المرجع. ثم تتم معالجة المخرجات لتوليد أخذ جزيء كاذب
تداخل contigs والفجوات في الحساب. ينشئ ABACAS ملف مقارنة يمكنه إجراء ذلك
تستخدم لتصور contigs المرتبة والموجهة في ACT. يتم تمثيل Synteny باللون الأحمر
أشرطة حيث تتناقص شدة اللون بقيم أقل من النسبة المئوية المتطابقة بينها
كتل مماثلة. معلومات عن contigs مثل الاتجاه ، هوية النسبة المئوية ،
يمكن أيضًا تصور التغطية والتداخل مع contigs الأخرى عن طريق تحميل الإخراج
ملف ميزة على ACT.

استخدم العدادات عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net