gmx-traj - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-traj - ارسم x وv وf والصندوق ودرجة الحرارة والطاقة الدورانية من المسارات

موجز

جي ام اكس تراج [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ثور [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc / .trr / ...>]] [-ov [<.xvg>]]
[-من [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-لا [<.xvg>]] [-إلخ [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-vd [<.xvg>]] [- سيرة ذاتية [<.pdb>]] [-راجع [<.pdb>]]
[-من [<.xvg>]] [-أف [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [انت ] [-[حاليا] [-xvg ] [-[لا كوم]
[- [لا] pbc] [- [لا] مول] [- [لا] nojump] [-[لا]س] [-[لا]ذ]
[- [لا] ض] [-ng ] [-[لا]لين] [-[لا]FP] [-سلة مهملات ]
[-الوقت ] [-مقياس ]

الوصف

GMX تراج إحداثيات المؤامرات والسرعات والقوى و/أو الصندوق. مع -كوم الاحداثيات،
يتم حساب السرعات والقوى بالنسبة لمركز كتلة كل مجموعة. متى -مول is
يتم تفسير الأرقام الموجودة في ملف الفهرس على أنها أرقام جزيئية ونفس الشيء
الإجراء كما هو الحال مع -كوم يستخدم لكل جزيء.

خيار -لا يرسم درجة حرارة كل مجموعة، بشرط وجود السرعات في
ملف المسار. لا يتم إجراء أي تصحيحات لدرجات الحرية المقيدة! هذا
يدل -كوم.

مزيد من الخيارات -إلخ -ekr رسم الطاقة الحركية الانتقالية والدورانية لكل مجموعة،
السرعات المقدمة موجودة في ملف المسار. هذا يعني -كوم.

مزيد من الخيارات - سيرة ذاتية -راجع اكتب السرعات المتوسطة والقوى المتوسطة كعوامل درجة الحرارة
ل .pdb ملف بإحداثيات المتوسط ​​أو الإحداثيات في -الوقت. درجة الحرارة
يتم قياس العوامل بحيث يكون الحد الأقصى هو 10. ويمكن تغيير القياس باستخدام
خيار -مقياس. للحصول على سرعات أو قوى إطار واحد، قم بضبط كليهما -b -e إلى
وقت الإطار المطلوب. عند حساب المتوسط ​​على الإطارات، قد تحتاج إلى استخدام -nojump خيار
للحصول على الإحداثيات المتوسطة الصحيحة. إذا قمت بتحديد أي من هذه الخيارات
تتم كتابة متوسط ​​القوة والسرعة لكل ذرة إلى .xvg الملف أيضًا (محدد
مع -من or -أف).

خيار -vd يحسب توزيع السرعة، أي يتم رسم قاعدة المتجه. في
بالإضافة إلى ذلك، في نفس الرسم البياني يتم إعطاء توزيع الطاقة الحركية.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-ثور [<.xvg>] (coord.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-oxt [<.xtc / .trr / ...>] (coord.xtc) (اختياري)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-ov [<.xvg>] (veloc.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-من [<.xvg>] (force.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ob [<.xvg>] (box.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-لا [<.xvg>] (درجة الحرارة.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-إلخ [<.xvg>] (ektrans.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-ekr [<.xvg>] (ekrot.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-vd [<.xvg>] (veldist.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

- سيرة ذاتية [<.pdb>] (فيلوك.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

-راجع [<.pdb>] (القوة.pdb) (اختياري)
ملف بنك بيانات البروتين

-من [<.xvg>] (all_veloc.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

-أف [<.xvg>] (all_force.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-[لا كوم (لا)
رسم البيانات لكوم من كل مجموعة

- [لا] pbc (نعم)
اجعل الجزيئات كاملة لـ COM

- [لا] مول (لا)
يحتوي الفهرس على أرقام الجزيئات وأرقام الذرة

- [لا] nojump (لا)
إزالة القفزات من الذرات عبر منطقة الجزاء

-[لا]س (نعم)
مؤامرة X المكون

-[لا]ذ (نعم)
مؤامرة Y-المكون

- [لا] ض (نعم)
مؤامرة Z المكون

-ng (1)
عدد المجموعات للنظر فيها

-[لا]لين (لا)
طول ناقلات المؤامرة

-[لا]FP (لا)
إخراج الدقة الكاملة

-سلة مهملات (1)
عرض Binwidth للرسم البياني للسرعة (nm/ps)

-الوقت (-1)
استخدم الإطار في هذا الوقت لـ x in - سيرة ذاتية -راجع بدلاً من المتوسط ​​x

-مقياس (0)
عامل الحجم ل .pdb الإخراج، 0 هو مقياس تلقائي

استخدم gmx-traj عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net