هذا هو الأمر gmx-velacc الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-velacc - حساب وظائف الارتباط التلقائي للسرعة
موجز
فيلاك gmx [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-س [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] م] [- [لا] المتلقي]
[- [لا] مول] [-تقلب ] [- [لا] تطبيع] [-P ]
[- فيتفن ] [-البدء ] [-نظافه ]
الوصف
GMX فيلاك يحسب دالة الارتباط التلقائي السرعة. عندما -m يستخدم الخيار ،
يتم حساب دالة الارتباط التلقائي للزخم.
مع خيار -مول يتم حساب وظيفة سرعة الارتباط الذاتي للجزيئات. في هذا
في حالة يجب أن تتكون مجموعة الفهرس من أرقام جزيئية بدلاً من أرقام ذرية.
تأكد من أن مسارك يحتوي على إطارات بها معلومات السرعة (على سبيل المثال نتفوت وكان
مجموعة في الأصل الخاص بك .mdp ملف) ، وأن الفاصل الزمني بين نقاط جمع البيانات
أقصر بكثير من النطاق الزمني للارتباط التلقائي.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.trr / .cpt / ...>] (تراج.trr)
مسار الدقة الكاملة: مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب الحكومة الوطنية الانتقالية
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (vac.xvg)
xvgr / xmgr
-س [<.xvg>] (طيف. xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
- [لا] م (لا)
احسب دالة الارتباط الذاتي للزخم
- [لا] المتلقي (نعم)
استخدم cm ^ -1 على المحور X بدلاً من 1 / ps للأطياف.
- [لا] مول (لا)
احسب سرعة الجزيئات
-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات
- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF
-P (0)
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3
- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9
-البدء (0)
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط
-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية
استخدم gmx-velacc عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
