gt-csa - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gt-csa - تحويل المحاذاة المقسمة من ملف GFF3 إلى محاذاة متفق عليها.

موجز

gt CSA [خيار ...] [GFF3_file]

الوصف

-طول الانضمام [قيمنا]
تعيين طول الصلة لمجموعة المحاذاة المقسمة (الافتراضي: 300)

-v [نعم | لا]
تكون مطولة (الافتراضي: لا)

-o [اسم الملف]
إعادة توجيه الإخراج إلى ملف محدد (الافتراضي: غير محدد)

-gzip [نعم | لا]
كتابة ملف الإخراج المضغوط gzip (الافتراضي: لا)

-bzip2 [نعم | لا]
كتابة ملف إخراج مضغوط bzip2 (الافتراضي: لا)

-فرض [نعم | لا]
فرض الكتابة إلى ملف الإخراج (الافتراضي: لا)

-مساعدة
عرض المساعدة والخروج

-الإصدار
عرض معلومات الإصدار والخروج

EXAMPLE:

لنفترض أن لدينا ملف GFF3 csa_example_spliced_alignments.gff3 يحتوي على
بعد أربع محاذاة متداخلة متداخلة (ممثلة كجينات ذات إكسونات مثل
أطفال):

## gff-الإصدار 3
##منطقة التسلسل 1
تسلسل. الجين 1 . + . المعرف = الجين 209
تسلسل. اكسون 1 + . الأصل = الجين 90
تسلسل. اكسون 110 + . الأصل = الجين 190
تسلسل. اكسون 201 + . الأصل = الجين 209
# # #
تسلسل. الجين 1 . + . المعرف = الجين 290
تسلسل. اكسون 1 + . الأصل = الجين 90
تسلسل. اكسون 101 + . الأصل = الجين 190
تسلسل. اكسون 201 + . الأصل = الجين 290
# # #
تسلسل. الجين 10 . + . المعرف = الجين 290
تسلسل. اكسون 10 + . الأصل = الجين 90
تسلسل. اكسون 110 + . الأصل = الجين 190
تسلسل. اكسون 201 + . الأصل = الجين 290
# # #
تسلسل. الجين 181 . + . المعرف = الجين 290
تسلسل. اكسون 181 + . الأصل = الجين 190
تسلسل. اكسون 201 + . الأصل = الجين 290
# # #

لحساب المحاذاة المقسمة بالإجماع نسميها:

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

الذي يعود:

## gff-الإصدار 3
##منطقة التسلسل 1
seq gt csa الجينات 1 290 + . المعرف = الجين 1
تسلسل جي تي وكالة الفضاء الكندية مرنا 1 290. + . المعرف = mRNA1؛ الوالد = الجين 1
Seq GT CSA إكسون 1 90 + . الأصل = mRNA1
Seq GT CSA إكسون 110 190 + . الأصل = mRNA1
Seq GT CSA إكسون 201 290 + . الأصل = mRNA1
تسلسل جي تي وكالة الفضاء الكندية مرنا 1 290. + . المعرف = mRNA2؛ الوالد = الجين 1
Seq GT CSA إكسون 1 90 + . الأصل = mRNA2
Seq GT CSA إكسون 101 190 + . الأصل = mRNA2
Seq GT CSA إكسون 201 290 + . الأصل = mRNA2
# # #

كما يمكن للمرء أن يرى، فقد تم دمجها في محاذاة متفق عليها (ممثلة كـ
الجينات التي تحتوي على mRNAs كأطفال والتي بدورها تحتوي على إكسونات كأطفال) مع بديلين
أشكال لصق. تم دمج المحاذاة المقسمة الأولى والثالثة في الأولى
شكل لصق بديل (mRNA1) والمحاذاة الثانية والرابعة تقسم إلى
نموذج اللصق البديل الثاني (mRNA2).

كما يمكن للمرء أن يرى، فإن الإكسون الثاني من نموذج الوصلة البديل الأول أقصر من الإكسون
إكسون المقابل من نموذج لصق البديل الثاني.

التبليغ بق

إبلاغ عن الأخطاء إلىgt-users@genometools.org>.

استخدم gt-csa عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net