هذا هو الأمر poa الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
poa - محاذاة مجموعة من التسلسلات أو المحاذاة.
موجز
توقيع الطلب [والخيارات] [ملف المصفوفة]
واحد من -قراءة, -قراءة أو -قراءة_مساء_قائمة يجب استخدام الوسيطات ، منذ أ
مطلوب ملف تسلسل أو محاذاة.
الوصف
POA هو Partial Order Alignment ، وهو برنامج سريع لمحاذاة التسلسل المتعدد (MSA) بتنسيق
المعلوماتية الحيوية. مزاياه هي السرعة وقابلية التوسع والحساسية والمتفوقة
القدرة على التعامل مع المتفرعة / indels في المحاذاة. ترتيب المحاذاة الجزئية هو ملف
نهج MSA ، والذي يمكن دمجه مع الأساليب الحالية مثل التقدمي
انتقام. يقوم POA بمحاذاة زوج من MSA على النحو الأمثل وبالتالي يمكن تطبيقه مباشرة
لأساليب المحاذاة التدريجية مثل CLUSTAL. بالنسبة للمحاذاة الكبيرة ، يكون التوكيل التدريجي
10 إلى 30 مرة أسرع من CLUSTALW.
أمثلة
توقيع الطلب -قراءة multidom.seq -كلوستال م blosum80.mat
على أنظمة دبيان ، توقيع الطلب يمكن اختباره باستخدام الأمر التالي:
توقيع الطلب -قراءة /usr/share/doc/poa/examples/multidom.seq -كلوستال / ديف / stdout -v
/usr/share/poa/blosum80.mat
OPTIONS
INPUT
-قراءة FILE
اقرأ في ملف تسلسل FASTA.
-قراءة FILE
اقرأ في ملف محاذاة MSA.
-قراءة 2 FILE
اقرأ في ملف MSA الثاني.
- مجموعة فرعية FILE
قم بتصفية MSA لتضمين قائمة التسلسلات في الملف.
-المجموعة الفرعية 2 FILE
تصفية MSA الثاني لتضمين قائمة التسلسلات في الملف.
-إزالة FILE
قم بتصفية MSA لتضمين قائمة التسلسلات في الملف.
-إزالة 2 FILE
تصفية MSA الثاني لتضمين قائمة التسلسلات في الملف.
-قراءة_مساء_قائمة FILE
اقرأ MSA من كل اسم ملف مدرج في الملف.
-لخفض
فرض تسلسل FASTA / MSA إلى أحرف صغيرة (النيوكليوتيدات في ملفات المصفوفة الخاصة بنا).
-العلوية
فرض تسلسل FASTA / MSA على الأحرف الكبيرة (الأحماض الأمينية في ملفات المصفوفة الخاصة بنا).
انتقام
-عمل_العالم
هل المحاذاة العالمية.
-تقدمي
قم بإجراء محاذاة تدريجية باستخدام شجرة دليل تم إنشاؤها بواسطة الجار الذي ينضم من مجموعة
من درجات تشابه تسلسل التسلسل.
-قراءة_أزواج FILE
قراءة ملف محدد بعلامات جدولة لدرجات التشابه (إذا لم يتم توفيرها ، يتم إنشاء الدرجات
باستخدام محاذاة التسلسل الزوجي.)
-fuse_all
صهر الأحرف المتطابقة على حلقات المحاذاة.
تحليل
-ح
قم بإجراء تجميع أثقل لتوليد التوافق.
-حبمين VALUE
قم بالتضمين في تسلسلات الحزم الأثقل بمعرف النسبة المئوية (ككسر)> = VALUE.
OUTPUT
-بير FILE
اكتب MSA بتنسيق PIR.
-كلوستال FILE
اكتب MSA بتنسيق CLUSTAL.
-بو FILE
اكتب MSA بتنسيق PO.
-احتفظي بالطلب
اكتب MSA مع التسلسلات بترتيب الإدخال.
-برماتريكس خطابات
طباعة مصفوفة النقاط إلى stdout.
-الأفضل
قصر إخراج MSA على الحزم الأثقل (PIR فقط).
-v
قم بالتشغيل في الوضع المطول (مثل عقوبات فجوة الإخراج).
REFERENCE
يُرجى الاستشهاد بـ Grasso C ، Lee C. (2004) الجمع بين محاذاة الترتيب الجزئي والتقدمي
تعمل محاذاة التسلسل المتعدد على زيادة سرعة المحاذاة وقابلية التوسع إلى حجم كبير جدًا
مشاكل المحاذاة. المعلوماتية الحيوية. 2004 يوليو 10 ؛20(10): 1546-56. Epub 2004 12 فبراير.
استخدم poa عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
